Какими-либо серьезными неприятностями деятельность Бахтина на посту заведующего кафедрой всеобщей литературы отмечена не была. Но периодически — особенно в сталинское время — легких «покусываний» он все-таки удостаивался. Например, в феврале 1951 года заведующий учебной частью МГПИ П. В. Ромадин решил пересмотреть экзаменационные билеты по всем предметам, чтобы выяснить степень их идеологической и методологической чистоты. В билетах, предназначенных для сдачи экзаменов по дисциплинам бахтинской кафедры, он обнаружил вопиющее отсутствие высказываний классиков марксизма-ленинизма и русской революционно-демократической мысли. Проявляя бдительность, П. В. Ромадин инициировал тотальную проверку кафедры всеобщей литературы. С 1 по 17 марта 1951 года специальная комиссия (заведующий кафедрой всеобщей истории А. Я. Коковин, старший преподаватель М. А. Носков, А. Г. Дорофеева) занималась тем, что посещала лекции Бахтина и Естифеевой, анализировала протоколы заседаний кафедры и просматривала другую документацию.
Такой мелкоячеистой сетью трудно было не выловить ряд «существенных недостатков». К ним комиссия, в частности, отнесла следующие факты: «на кафедре не заслушаны студенты об их самостоятельной работе, о работе над курсовыми сочинениями»; «кафедра совершенно не занималась вопросами работы со студентами-заочниками»; «на кафедре неудовлетворителен контроль за реализацией программ, рабочих планов и вообще за преподаванием. М. М. Бахтин в первом полугодии не посетил ни одной лекции тов. Естифеевой и вообще в течение всего истекшего времени учебного года»; «на лекции М. М. Бахтина об испанской драматургии не дано объяснение, на первый взгляд, парадоксальному явлению — расцвету испанской драматургии в конце 16 в. и нач. 17 в. на фоне слабеющей экономически и политически испанской монархии. В лекциях тов. Бахтина М. М. и Естифеевой В. Б. не всегда делаются выводы и обобщения, хотя оценки отдельных сторон творчества того или иного писателя, оценки того или иного произведения даются в ходе изложения лекционного материала. Например, тов. Бахтин, прекрасно осветив творчество Сервантеса и дав подробный анализ его бессмертного произведения “Дон Кихот”, все же в конце лекции не сделал вывода о значении всего творчества писателя. Точно так же и тов. Естифеева не сделала общую оценку творчества Жорж Занд»; «в лекциях как тов. Бахтина, так и тов. Естифеевой отсутствует четкий план с определением политических вопросов, по которым бы и шло изложение лекционного материала».
Отдельным пунктом комиссия отметила, что Бахтин «стоит на неправильной точке зрения, утверждая, что вопросы (методики чтения лекций и ведения практических занятий) не надлежат рассмотрению на кафедре, исходя из того, что лекция — явление строго индивидуальное и не может быть подведена под какой-то шаблон, устанавливаемый на кафедре».