Новый папа был ненамного старше Микеланджело. В отличие от своих предшественников Павла III и Юлия III он не возобновил для Микеланджело
Павел IV не вмешивался в строительство собора Святого Петра и поддерживал главного архитектора и руководителя работ, сознавая, что вряд ли кому-либо, кроме Микеланджело, под силу справиться с такой гигантской работой. Что же касается алтарной фрески в Сикстине, то он спал и видел, когда же она будет, наконец, замазана. Опасаясь за её судьбу, Микеланджело уговорил одного из учеников, Даниэле да Вольтерра, прикрыть наготу некоторых персонажей на фреске. Не смея отказать учителю, тот взялся за дело и за столь неблагодарный труд получил от римлян обидное прозвище
Работа над возведением собора Святого Петра продолжалась. Микеланджело перечеркнул всё то, что успел сделать Сангалло Младший, и вернулся к идее Браманте, то есть храму в форме греческого креста с центральнокупольным перекрытием. Впервые такую форму применил Брунеллески при возведении Старой ризницы в церкви Сан Лоренцо во Флоренции. Центрическому плану отдавал предпочтение теоретик искусства и архитектор Альберти, который считал, что сама природа тяготеет к круглой форме, поскольку космос по тогдашним понятиям представлял собой сферу. Известно, что папа Лев X, назначив Рафаэля главным архитектором, решительно высказался за форму латинского креста, что явствует из рисунка нового назначенца, о котором Микеланджело высказался весьма нелестно.
Однажды ему пришлось крупно поспорить с Павлом IV, когда тот решил подарить пришедший в запустение и оставленный доминиканцами монастырь Сан Сильвестро монашескому ордену театинцев, а ради этого вырубить разросшийся парк и построить новую уродливую лестницу, ведущую наверх. Место это было столь дорогим Микеланджело, что он не сдержался и выразил свое резкое несогласие с решением папы.
— Неужели ты не знаешь, — возмутился Павел IV, — что это был рассадник крамолы и безверия? Его надо выкорчевать с корнем.
Тогда же в споре с ним папа грубо и нелестно высказался о маркизе Колонна, назвав её «заблудшей овцой».
Зато полное понимание Микеланджело находил в работе над проектом базилики Санта Мария дельи Анджели, на осуществление которого папой были отпущены из казны значительные средства.
Последние годы жизни Микеланджело прошли в постоянной борьбе. Хотя его слава достигла апогея и отовсюду приходили восторженные отзывы и лестные предложения, он равнодушно внимал этому, занятый мыслями о соборе Святого Петра. В последние годы его навешали лишь Джанноти, Кавальери, Вазари (глаза и уши ненавистного Козимо Медичи), Челлини, Даниэле да Вольтерра и Тиберио Кальканьи, чьё внимание к себе он высоко ценил. Все они были намного моложе его, их энергия невольно передавалась и ему, а их внимание согревало старику сердце.
Вся Европа выражала ему дань признания и уважения. Чеканились медали с его изображением, копии с произведений мастера шли нарасхват, а он проявлял полное равнодушие и в разговоре с друзьями не скрывал своего желания, чтобы иссяк поток обрушившихся на него похвал, от которого можно свихнуться.
О характерных для позднего Микеланджело настроениях говорит его ответ на полученные от члена Флорентийской академии поэта Никколо Мартелли сонет и восторженные слова о фреске «Страшный суд»: «Ваши слова и сонет, обращённые ко мне, замечательны, и никто не смог бы оказаться настолько привередливым, чтобы найти, к чему в них можно придраться. По правде говоря, мне воздают такую хвалу, будто я заключаю в себе рай; было бы вполне уместно несколько сократить число похвал. Вы вообразили, что я и впрямь тот, каким хотел бы меня видеть Бог. А я бедный малозначащий человек, который изо всех сил трудится в искусстве, данном мне Господом, чтобы продлить, насколько возможно, свою жизнь».
Чего в этом ответе больше — истинного смирения или присущей ему испокон веку гордыни?
Однажды Вазари, посетив его поздно вечером, увидел, как Микеланджело работает над скульптурой «Пьета» в шлеме из картона с прикреплённой к нему горящей свечой. Когда от резкого движения руки свеча упала и свет погас, он сказал:
— Смерть постоянно дёргает меня за полу. Однажды я упаду, как эта свеча, и наступит мрак.