Страсти вокруг «Страшного суда» не утихали веками. Например, Стендаль в «Прогулках по Риму» вспоминает, как в 1828 году ему пришлось видеть, что во время праздничной литургии фреска Микеланджело была стыдливо завешена огромной, во всю стену шпалерой с «Благовещением» Федерико Бароччи, главы римского маньеризма. Восхищаясь фреской, многие сравнивали её с гениальным творением Данте.
При всём родстве душ двух великих итальянцев, к «Божественной комедии» скорее тяготеют рисунки Леонардо да Винчи о конце света или «Потерянный рай» Мильтона, нежели «Страшный суд». Даже в платонической интерпретации Фичино и Ландино «Божественная комедия» не в состоянии прояснить ни одно из откровений Микеланджело на алтарной фреске, вызвавшей неприятие клерикальной реакции. Отголоски Контрреформации, с которой столкнулся Микеланджело, слышны и в «Легенде о Великом инквизиторе» Достоевского.
Тем временем Микеланджело усиленно работал над новым заказом папы — эскизами для фресковой росписи капеллы Паолина рядом с Сикстиной, построенной Антонио Сангалло Младшим. Это было одно из последних проявлений тщеславия стареющего папы, небесным покровителем которого был апостол Павел. В подмогу Микеланджело был приглашён один из самых даровитых учеников Рафаэля Джованни да Удине для украшения лепниной карниза, окаймляющего потолок капеллы. Над двумя большими фресками (каждая 6,25 x 6,61 метра) «Обращение Савла» и «Распятие апостола Петра» работа велась с 1542 по 1550 год с большими перерывами из-за болезни мастера. Только благодаря неимоверному напряжению сил Микеланджело смог завершить роспись.
Эти две фрески принято рассматривать в качестве своего рода живописного завещания художника. Их сюжеты связаны с темами из новозаветной книги «Деяния святых Апостолов». В «Обращении Савла» прослеживается прямая связь с алтарной фреской «Страшный суд». Это особенно заметно в появлении летящей фигуры Христа в окружении целого сонма ангелов, праведников и грешников, охваченных хаотичным вихреобразным движением. Утвердилось даже мнение, что это выражение «господства первородных абстрактных космических сил» над судьбами людей. Существует и другое мнение, согласно которому на фреске представлены две основополагающие христианские концепции: обретение Благодати и Веры.
«Обращение Савла» выделяется мощью, по-прежнему присущей Микеланджело, несмотря на возраст и недуги. Он прекрасно знал, как добиться наибольшей выразительности, и поместил в верхнем углу летящего Христа, настигающего грозным световым лучом скачущего мытаря Савла. Неожиданно упав с лошади, будущий апостол Павел лежит на земле, устремив взгляд в пустоту за пределы картины. Он напряжённо вслушивается в голос, раздавшийся с высоты у него за спиной: «Савл, Савл, почто ты меня гонишь?» В валяющемся в придорожной пыли Савле, возможно, Микеланджело изобразил самого себя — тогдашние критики не раз удивлялись, что молодой мытарь изображён художником стариком. Им трудно было понять душевное состояние престарелого мастера, который постоянно прислушивался к внутреннему голосу собственной совести и просил в молитвах о снисхождении.
Парная композиция «Распятие апостола Петра» построена на тех же кричащих диссонансах. Но, памятуя о злобной критике, обрушившейся на алтарную фреску в Сикстине, и видя, в каком подавленном состоянии пребывал папа Павел, Микеланджело изобразил несколько обнажённых фигур только в окружении летящего Христа, дабы не тревожить особо рьяных ревнителей чистоты веры.
Роспись капеллы Паолина — это последняя живописная работа Микеланджело и, пожалуй, самое выстраданное его творение, в котором не осталось и следа от прежней гармонии, отличающей плафонную роспись Сикстинской капеллы с её мощным жизнеутверждающим началом и верой в человека. Здесь, как и в «Страшном суде», бушуют страсти вне времени и вне веры, а выраженное на обеих фресках беспросветное отчаяние обречено поедать самое себя.
Незаконченная роспись капеллы из-за смерти заказчика и болезни художника пострадала во время пожара, когда рухнул потолок, вскрывший серьёзные недочёты в проекте Сангалло Младшего. К сожалению, сегодня Паолина недоступна для массового зрителя, так как входит в комплекс приватных помещений папы римского.
Работа над фресками продолжалась, и Микеланджело горел одним лишь желанием — закончить оформление частной капеллы папы Павла III, с которым у него были очень добрые отношения. При написании последней фрески «Распятие апостола Петра» он не переставал думать о смерти — эти мысли его начали посещать ещё в юности.