На плафонной фреске с её мажорным звучанием и компактной целостностью гигантской композиции проявления раздвоенности личности не были столь заметны. Эта тенденция в полной мере выражена на алтарной фреске, где отчуждённость обретает космические размеры, а личность, противопоставленная космосу, корчится от ощущения беспредельного ужаса собственной беспомощности и трагического одиночества.
«Страшный суд» отразил весь трагизм эпохи Позднего Возрождения, когда возвеличенный лучшими умами того времени человек так и не стал свободным. В одном из последних сонетов Микеланджело имеются такие строки:
В своём апокалиптическом восприятии мира Микеланджело даёт понять фреской «Страшный суд», что все здравствующие ныне люди по натуре грешны, а потому пребывают в житейском аду. В этом убедится любой человек, рассматривающий алтарную фреску в Сикстинской капелле. Сколь бы ни был высок он ростом, ему не удастся стать вровень с чистилищем, на которое он вынужден смотреть снизу вверх, запрокинув голову. Это неожиданное открытие способно потрясти каждого, заставляя задуматься о своей жизни. Но Микеланджело, преисполненный глубокого сострадания к людям, погрязшим в грехах, не лишает их надежды на спасение.
Слева внизу на фреске среди сгрудившихся тел один из ангелов своею мощной дланью вытаскивает из преисподней, словно на канате, двух раскаявшихся грешников, уцепившихся руками за протянутые им чётки. Значит, путь к спасению имеется, что не может не утешать. А вот справа увлекаемый демонами в преисподнюю другой грешник утратил всякую надежду на спасение. В отчаянии он закрыл лицо рукой, и виден один только широко раскрытый глаз, устремлённый на ныне здравствующих, для которых нет иного пути к спасению, как через раскаяние в грехах. Это широко открытое око, взирающее на мир, выражает трагедию личности, противопоставленной космической бесконечности в своём одиночестве и сознающей собственную беспомощность перед безразличной к нему Вселенной. Возможно, при написании фигуры этого одноокого грешника у Микеланджело появились такие покаянные стихи:
И он ищет эти ключи, глубоко сознавая, что только вера способна вырвать человека из бездны отчаяния, в которую он неминуемо попадает в моменты политических, экономических и духовных катаклизмов. Но как одолеть зло? И Микеланджело снова идёт навстречу людям. В нарушение общего замысла он готов пойти даже на сделку с собственной совестью, показывая, как откуда-то сверху, с потолка Сикстинской капеллы с её ветхозаветными историями на алтарную фреску льётся ослепительный свет надежды на спасение — это, согласно Евангелию от Марка, на людей снисходит Святой Дух в виде голубки.
Безусловно, это была уступка официальной доктрине. Не исключено, что сам папа Павел упросил Микеланджело пойти на этот шаг ради спасения алтарной фрески, вызвавшей смущение у священнослужителей. Но после реставрации, проведённой в Сикстинской капелле в конце прошлого столетия, фреска обрела свой первозданный вид. Память о той уступке с появившейся голубкой хранит копия Марчелло Венусти, одного из учеников мастера, которую тот написал на холсте в серовато-дымчатых тонах (Неаполь, Каподимонте).
Эта копия являет собой первый пример начавшегося повсюду сознательного искажения известного сюжета в угоду требованиям, навязанным искусству идеологами Контрреформации. Появилось множество таких «исправленных» копий в различных странах Европы на волне повсеместного наступления клерикальной реакции. Пожалуй, только Рубенс не пошёл ни на какие уступки и написал в 1614 году в духе Микеланджело свой «Страшный суд» (Мюнхен, Старая пинакотека).