После вторжения «царевича Дмитрия» во главе армии против самозванца были поставлены Фёдор Мстиславский и Дмитрий Шуйский. Сражение под Новгород-Северским они провели неудачно. Тогда царь Борис послал подкрепление во главе с князем Василием. Усилившаяся армия разбила самозванца под Добрыничами, но развить успех не смогла и застряла под Кромами. Незадолго перед кончиной Борис отозвал из-под Кром Мстиславского и братьев Шуйских, заменив их Басмановым. На пользу замена эта не пошла. После смерти Бориса часть войска под Кромами во главе с Басмановым перешла на сторону самозванца. У Шуйских были основания обижаться на Годуновых. Несмотря на лояльность, им не доверяли. Поэтому, когда гонцы самозванца возмутили москвичей, бояре во главе с Василием Шуйским уговаривали толпу разойтись, «но сердечного отношения отнюдь не чуялось в этой речи». Неудивительно, что мятежники ворвались в Кремль и взяли под стражу царя Фёдора и его мать.
Заговор Шуйского. Когда к «царю Дмитрию» в Серпухов поехали главные бояре, князь Василий остался дома. Этим он привлек внимание Басманова, ведавшего у самозванца сыском, и самого «Дмитрия». По приезде «Дмитрия» в Москву к князю Василию пришло несколько видных купцов поздравить с царской милостью. Шуйский якобы ехал в карете вместе с государем. Выслушав поздравления, князь Василий откровенно сказал: «Чёрт это, а не настоящий царевич; вы сами знаете, что настоящего царевича Борис Годунов приказал убить. Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Кто-то поспешил донести. Взяли слушавших воровские разговоры купцов — Фёдора Коня[64] и Костю Лекаря; их отвели в пыточную, и они показали на Шуйского. Басманов доложил «Дмитрию», и тот приказал арестовать братьев Шуйских. Взяли и простых людей, их пытали, одни отпирались, другие на себя говорили, а двое «ростригу обличаху». Не теряя время их казнили, а над Шуйскими устроили суд. Дмитрий предоставил рассмотрение дела собору из духовенства, бояр и «ис простых людей». Сам он выступил как обвинитель и объявил, что Шуйские «подстерегали, как бы нас, заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы».
Защитников у Шуйских не нашлось — «все на них кричаху». Василий, знавший, как легко князья теряют головы, во всем повинился и лишь твердил: «Виноват я тебе... царь государь: всё это я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» Собор мольбы его не принял: Василия приговорили к смертной казни, а братьев — к ссылке. На другой день его отвели на казнь. Рассказы о героизме князя Василия, перед смертью обличавшего самозванца, скорее всего выдумка. Немоевский пишет, что Шуйский пытался спасти жизнь. С плачем он восклицал: «От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего!» Он умолял народ просить за него — пусть царь «помилует меня от казни, которую заслужил». С Василия сняли кафтан, но он отказался снять сорочку. Исполнение казни затягивалось. Прискакал гонец, остановивший казнь, а затем явился дьяк с грамотой о помиловании. Василия вместе с братьями отправили в ссылку.
Через три месяца самозванец вернул Шуйских в Москву и снял все опалы. Василия он сделал первым лицом в Боярской думе и пожелал женить 50-летнего князя, вынужденного холостяка при Годунове. Василий выбрал княжну Буйносову-Ростовскую и должен был жениться после царской свадьбы. Но князь Василий оставался непримирим. Внешне угождая царю, он стал во главе кружка заговорщиков, куда, кроме Шуйских, вошли братья Голицыны, М. Скопин, Б. Татев, М. Татищев, И. Крюк-Колычев, доверенные дворяне и московские купцы. Немногочисленность заговорщиков обеспечивала скрытность. Они сумели разоблачить самозванца в глазах Сигизмунда III и его канцлеров. Под их влиянием Марфа Нагая через Петра Петрея сообщила королю, что царь «Дмитрий» ей не сын. Заговорщики и прямо обратились к Сигизмунду, передав через посла Ивана Безобразова сожаления, что король поддержал недостойного человека, и высказав пожелание о возведении на российский престол сына Сигизмунда Владислава. Князь Василий не мог тогда предвидеть, что через четыре года он лишится трона именно потому, что в Польше всерьёз отнесутся к этой идее.
Весной у заговорщиков появилась опора в войсках. Заговорщики сумели найти сторонников среди дворян новгородского ополчения, стоявших под Москвой. Им также удалось подкупить офицера из немецкой охраны самозванца (А. Бону) и нескольких стрелецких голов[65]. И всё же шансы заговорщиков казались ничтожно малы. Ведь их было всего около 300 человек. Под Москвой находились отряды не только из Новгорода, но и из лояльного царю Путивля и Рязани. Во главе 5-тысячного гарнизона московских стрельцов стоял верный Басманов. В Москву вместе со свадебным кортежем Марины пришло двухтысячное польское войско. Наконец, народ был скорее склонен защищать царя, чем свергать. И всё же Василий Шуйский решился сыграть игру и её выиграл.