В 1903 г. катаракт на глазу Дмитрия Ивановича настолько созрел, что можно было решиться на операцию. Иностранные врачи, за нее не брались, подозревая не катаракт, а «темную воду», но петербургский профессор Костенич это отрицал и сам предложил операцию. Операция, при которой волновались все, начиная с оперируемого, кончая ассистентам профессора — так нервен был Дмитрий Иванович, — сошла блестяще. Зрение было восстановлено, Дмитрий Иванович, получил возможность работать так же полноценно, как прежде, насколько хватало сил. Впрочем, годы, возраст не поддавались лечению. Дмитрий Иванович заметно слабел.
Вскоре после операции. 27 января 1904 г., уже праздновали его семидесятилетие и пятидесятилетие научной деятельности. Весь ученый мир откликнулся на это событие. Об этом свидетельствовали кучи телеграмм от отдельных ученых и научных объединений. К длинному научному титулу Дмитрия Ивановича, включавшему более семидесяти почетных званий, в этот день прибавилось еще множество новых, которыми и столицы мира, и отдаленные его уголки почтили великого ученого. К чести Российской Академии наук надо сказать, что она одна из первых принесла в лице своего секретаря поздравления Дмитрию Ивановичу. Как ни протестовал Дмитрий Иванович против празднования этого дня, ему было приятно чувствовать себя окруженным вниманием, знать, что пятьдесят лет потрачены недаром, и все это признают. На письма и телеграммы Дмитрий Иванович решил, отвечать сам, не помещая в газетах общей благодарности. «Это бессилие какое-то, — говорил Дмитрий Иванович, — что же печатно признаваться в нем!» — и после, месяца два отвечал на приветствия.
Знаменательный этот день, так тепло отмеченный русской и иностранной общественностью, для Дмитрия Ивановича был омрачен известием о том, что началась война с Японией, что японские миноносцы этой ночью атаковали русскую эскадру в порт-артурском рейде.
Собственно говоря, начало войны не было неожиданностью. Войну ждали давно, но тем не менее русская общественность надеялась до последней минуты, что правительство воевать не будет, не посмеет.
Конфликт подготовлялся задолго, еще с 1891 г., с того времени, когда Николай II, тогда еще наследник, был отправлен отцом на закладку Сибирской дороги и, заехав в Японию, получил головную рану, нанесенную каким-то фанатиком-патриотом. Сначала проектировалось связать дорогой центральную Россию с Владивостоком, проведя путь по русской территории вдоль течения Амура. Впоследствии, найдя этот проект невыгодным, правительство решило проводить напрямик, через Манчжурию, т. е. через китайскую территорию. При этом Китай был вынужден предоставить России право держать в стране свои войска для охраны железнодорожного пути и станций. Кроме того, когда конечный пункт дороги вместо Владивостока отодвинули на юг, то Россия в 1898 г. «арендовала» у Китая морскую крепость Порт-Артур, на которую претендовала Япония, и торговую гавань Дальний. Русские инженеры дополнительно укрепили Порт-Артур, создав военную базу; Дальний Восток сосредоточил в себе торговые операции.
Постройка сибирской дороги, производившаяся преимущественно на русские капиталы и дававшая широкую возможность сбыта русской металлургической промышленности, уже одним этим была важна вдохновителям российского империализма, не говоря о том военном преимуществе, которое получала Россия на Дальнем Востоке. Но там Россия сталкивалась с интересами Японии, стремившейся расширить свои территории захватом части материка, а рынки — путем вытеснения своих торговых конкурентов из Китая. Положение на Дальнем Востоке создавалось такое, что рано или поздно надо было ждать вооруженного столкновения.
Россия усиленно готовилась к войне, увеличивая расходы на армию и флот. Если бы российский империализм довольствовался захватом рынков — войну, быть может, удалось бы оттянуть на неопределенное время, но Николаю II хотелось завоевания, которые увеличили бы бюджет не только страны, но и царствующей фамилии. Подходящим для завоевания куском представлялась ему Корея, с 1895 г. ставшая независимой империей и граничившая с Россией, — с Уссурийским краем. Но и Японии Корея казалась наилучшей возможностью «перейти на материк». По договору Российская империя обязалась не чинить препятствий «преобладанию Японии в сфере торгово-экономических предприятий» в Корее. Но на деле Николай II, наслышанный о колоссальных лесных и минеральных богатствах Кореи, ни в каком случае не желал ими делиться с Японией. В компании с великими князьями и целым рядом других авантюристов царь захватил в Корее знаменитые в свое время лесные концессия на реке Ялу. Двуличная политика обострила отношения между странами и привела их к войне 1904 года.