Сразу после «подачи» прошения изо всех сил сопротивлявшемуся исполняющему обязанности ректора Васильеву (до него Менделеев пытался вручить бумагу попечителю, но тот отбился) Дмитрию Ивановичу стало плохо. В той суматохе и свалке, которой сопровождалась полицейская акция, это вполне могло остаться незамеченным и дело могло окончиться совсем плохо. К счастью, обессиленного, рыдающего Менделеева подхватили под руки ученики — профессор-химик Д. П. Коновалов и ассистент В. Е. Тищенко и, кое-как успокоив, сумели довести его до дома. И все-таки этот шаг, как бы тяжело он ни дался, принес Менделееву облегчение. Он не потерял право себя уважать. Его душевное состояние теперь было сродни самоощущению героя стихотворения Аполлона Майкова «Мы выросли в суровой школе». Недаром Менделеев в эти дни переписал его из какого-то свежего журнала и самолично вклеил в альбом:
Сумев сохранить свою честь, он был готов трудиться дальше, тем более что его мозг не требовал, говоря по-нынешнему, никакой перезагрузки. Теперь ничто не мешало ему спокойно дочитать свой курс и отправиться в дальнейшее житейское и научное плавание.
Коллеги, много раз слышавшие громкие менделеевские заявления, поначалу были уверены, что Дмитрий Иванович в конце концов раздумает уходить из университета. Но время шло, профессор Менделеев появлялся только на своих лекциях, полностью игнорируя все прочие мероприятия. На факультете всполошились. Декан физико-математического факультета А. Советов обратился в совет университета с тревожным письмом, в котором от имени факультета просил воздействовать на Менделеева, чтобы тот забрал свое прошение об отставке. Совет университета не заставил себя ждать и в полном составе посетил Дмитрия Ивановича у него на квартире. И. В. Помяловский, на этот раз заменявший отсутствующего ректора, зачитал вслух столь искреннюю и горячую просьбу отказаться от намерения оставить университет (к тому же подписанную более чем полусотней профессоров), что, будь у Дмитрия Ивановича хоть малейшее сожаление по поводу сделанного шага, он мог бы с чистой совестью остаться. Но он лишь подтвердил свое намерение уйти. И даже после этого коллеги не могли представить, что Менделеев навсегда уйдет из университета. Весь следующий учебный год факультет не замещал его должность на кафедре, несмотря на то, что в августе Дмитрий Иванович с семьей съехал с университетской квартиры на частную по адресу: Васильевский остров, Кадетская линия, дом 9, квартира 4.
Знаменательно, что первым порывом свободного от прежних обязанностей Менделеева было желание издавать собственную политико-литературную и промышленную газету «Подъем». Пока он вместе с И. И. Шишкиным рисовал то, что теперь называют логотипом, зазывал друзей в будущую редакцию, составлял смету и искал деньги, ходатайство об открытии новой газеты легло на стол тому же министру Делянову, который, подумав, начертал следующую резолюцию: «…имею честь сообщить, что я находил бы возможным разрешить заслуженному профессору И. СПб. Университета Д. И. Менделееву издавать газету не политико-литературную и промышленную, а лишь промышленную и притом с предварительной цензурой».