Менделеева на акте не было. По свидетельствам всех его биографов, он был в это время смертельно измучен своими неприятностями (к которым можно добавить твердый отказ Феозвы Никитичны дать ему развод) и вообще плохо собой владел. О случившемся он узнал от других, и к следующему дню, когда у него была лекция, Менделеев уже был доведен до последней крайности. Нападение на почетного гостя университета во время торжественного акта шло вразрез со всеми его нравственными установками и представлялось совершенно вопиющим злодеянием. Придя в аудиторию, он разразился бурным осуждением виновников события, в ходе которого, возможно, незаметно для себя, но очень заметно для студентов сделал крен в национальную сторону — имеется в виду конечно же национальность Когана-Бернштейна (Подбельский был сыном священника). В каком-то месте своей речи он вдруг без видимой логики рассказал присутствующим то ли байку, то ли действительный случай времен его учебы в институте: о том, как в театре у однофамильца смутьяна расстроился желудок, но он не мог уйти, поскольку жалел денег, истраченных на билет, и мучился до тех пор, пока соседи не собрали ему ровно такую же сумму. В завершение Менделеев произнес пословицу, которую, похоже, сам же сию минуту и сочинил: «
Значительная часть аудитории тут же встретила речь профессора свистом. Студенты физико-математического факультета сочувствовали народовольцам не слабее, чем студенты остальных факультетов; кроме того, интеллигентные молодые люди меньше всего ожидали услышать такое из уст Менделеева. Другая часть слушателей восприняла сказанное с полным одобрением и пыталась заглушить этот несмолкаемый свист аплодисментами. Менделеев немедленно понял, что совершил непростительную ошибку. Будто бы очнувшись, он нашел в себе силы, кое-как успокоив бушующих студентов, обратиться к теме лекции. Но было уже поздно: злополучная речь была кем-то из студентов дословно записана и почти немедленно разошлась по городу. После этого ему на квартиру в течение нескольких дней поступала доселе совершенно невозможная корреспонденция: некие анонимы его ругательски ругали и называли «добровольцем Третьего отделения», а авторы, полностью указывающие свои имена-чины-титулы, сердечно благодарили за наставление их сыновей на путь истинный. Жизнь превратилась в невыносимую муку, и профессор решил с ней покончить. Он думал лишь о том, как это сделать.
Через неделю после злополучной лекции Менделеев подал ректору заявление с просьбой немедленно предоставить ему отпуск до каникул и дальше, на всё лето, либо уволить в отставку. Андрей Николаевич Бекетов, видя коллегу в таком тяжелейшем состоянии, приложил все усилия, чтобы удовлетворить его прошение наилучшим образом. С помощью Сабурова он добился высочайшего соизволения на заграничную командировку с научной целью. 19 февраля в газете «Новости» появилось большое сообщение: «Прощальная речь профессора Д. И. Менделеева». Корреспондент писал, что «любимый и уважаемый всеми» профессор объявил студентам о прекращении курса лекций и о своем желании побеседовать с ними последний раз. Менделеев начал с того, что