Всё было решено умно и правильно, да только ничего из этого не получилось. Какое-то время Анна жила спокойно, если не считать чувства вины по отношению к Дмитрию Ивановичу и семье Капустиных. Особенно она скучала по Наде, которая, будучи девушкой современной, конечно, ожидала другой развязки этой истории, а потому стала относиться к своей подруге с подчеркнутой холодностью. Синегуб опекала Аню как могла, старалась не оставлять одну и даже повезла на Рождество на свой родной хутор в Полтавскую губернию. Там гостью ожидала настоящая зимняя Малороссия, с поющими дивчинами и парубками, колядками и тихими снежными полями. Отец Александры — седой как лунь старик в бархатном синем халате с белым воротником из ангорской козьей шерсти, с длинной-длинной трубкой, большую часть времени проводивший в большом кресле возле камелька, — был настоящим, «щирым» украинцем. После приезда гостей он буквально расцвел, к тому же девушки охотно рассказывали ему о Петербурге, об Академии художеств и консерватории, о спорах студентов и чудачествах художников… Старик не смеялся и не хмурился, знай покуривал свою трубку и едва заметно улыбался.
Через две недели, вернувшись в Петербург, Аня убедилась в том, что Дмитрий Иванович не в состоянии сдержать данного ее отцу слова. Он почти открыто, иногда неловко прячась за колоннами, искал ее в академии или на глазах у всех ожидал у входа после занятий… Его здесь многие узнавали, вокруг раздавались смешки, потом слухи дошли до университета. Но Менделеев был словно не в себе. Ему казалось: если он немедленно ее не увидит, то дальше никакая жизнь невозможна. Желая помочь девушке материально, а может быть, чтобы просто протянуть к ней хоть какую-нибудь связующую нить, он через ее педагога Павла Петровича Чистякова анонимно заказывает Анне Поповой копию картины Карла Брюллова «Последний день Помпеи». Анна выполнила работу, но Чистяков остался недоволен и заставил начать всё заново. Менделеев понял, что вместо помощи и духовной связи получается еще одна неприятность. Пришлось сказать Анне, что это он заказал «для кого-то» и этот «кто-то» картиной доволен и готов сию минуту расплатиться… Однако художница, уже получившая указание мастера, все равно выполнила новую копию.
Всё получалось нескладно, глупо и плохо. От долгого пребывания на зимнем воздухе у Менделеева развился плеврит, который испугал Боткина. Но Анна еще владела собой и продолжала держать слово — за себя и за него, хотя ситуация измучила ее настолько, что девушка мечтала лишь о том, чтобы закончить занятия, перейти в следующий, натурный, класс и сбежать домой, к отцу. Она еле дождалась конца той зимы. Прошло лето, а осенью всё началось сызнова и продолжалось до тех пор, пока Дмитрий Иванович не уехал во Францию лечиться и собирать материалы по аэронавтике. Анна, оставшись без своего преследователя, вздохнула свободно и решила дальше строить свою жизнь по-другому. Она записалась на философские лекции на Высших женских курсах, снова стала ходить по театрам, музицировать, заводить новых друзей. Но чем больше она себя занимала и развлекала, тем более страдала от пустоты, которая явилась вдруг в ее душе. Только когда Менделеев уехал далеко и надолго, она почувствовала, какой огромный человек мучился рядом с ней. Но выхода не было никакого. Он вернулся в Петербург весной, а она в это время снова сбежала до осени в родную станицу.
Когда они встретились в следующий раз, Анна уже пылала не меньше, чем он, но по совету любящего отца сделала еще одну попытку освободиться. Иван Евстафьевич считал, что дочь должна сделать перерыв в учебе, бросить всё и скрыться от Менделеева в Риме в колонии русских художников. Верная Александра взялась было ее сопровождать, но в последний момент получила из дома сообщение, что отец при смерти. Менделеев, который теперь ежедневно и совершенно открыто бывал у них в гостях, сам уложил вещи Анны в кофр, проводил к поезду и вручил ей рекомендательные письма к знакомым живописцам. Он принес также кипу путеводителей, не забыв отметить приличные, с его точки зрения, отели. Был он то бодр, то растерян. Говорил о том, что они обязательно поженятся. Она уехала, а он остался. Ему предстояли выборы в академию и отчет по упругим газам в Русском техническом обществе.
Душевное напряжение, не оставлявшее Менделеева во время всех испытаний этого времени, было таково, что он неизбежно должен был сорваться. Случилось это через пару недель после того, как он бросил на произвол судьбы лабораторию Технического общества в разгар всероссийского скандала, связанного с провалом его кандидатуры на выборах в Академии наук. Срыв, едва не стоивший ему потери лица, случился у всех на глазах, по следам и без того громкой и позорной истории. Речь идет об инциденте, произошедшем во время университетского акта, посвященного юбилею университета, который впервые посетил новый министр народного просвещения А. А. Сабуров.