Несложно предположить, что Дмитрий Иванович в этой ситуации просто изнемогал под грузом душевных переживаний. Националистическая окраска общественного резонанса по поводу его личной неудачи заставляла его реагировать в том же тоне, тем более что мысль о том, что он был отвергнут академией по национальному признаку, была более щадящей для его самолюбия. Но ситуация все равно оставалась мучительной. Он понимал, что своей персоной вызвал новое обострение между традиционными русскими политическими лагерями. Участники скандала уже были готовы перешагнуть через всякие нравственные ограничения. Доведенный до исступления А. М. Бутлеров написал огромную статью о своей борьбе с академическими реакционерами и отдал ее своему родственнику А. Н. Аксакову, который с радостью опубликовал ее в московской славянофильской газете «Русь». Статья, в которой сплелись обида и злость, правда и неправда, личная неприязнь к оппонентам и восхищение собой, выставляла многих вполне достойных и приличных людей в образе врагов русской науки. Само собой, попал туда и Менделеев со своей обидой. В некотором смысле выступление Бутлерова уравновешивало появившуюся ранее анонимную публикацию в немецкоязычной петербургской «St.-Peterburger Zeitung» с хладнокровным перечислением ошибок и непоследовательных действий Менделеева с самых первых шагов его научной деятельности, но такого рода «равновесие» только добавляло горечи в душу Дмитрия Ивановича. Пытаясь перевести проблему в русло научного строительства, Менделеев начал было диктовать статью «Какая же Академия нужна в России?», но эта тема даже в теоретическом плане оказалась неподъемной, решение проблемы упрямо уходило в область словесных конструкций. Диктовка была прекращена…
Несколько лет место в Академии наук, освободившееся после смерти Зинина, оставалось вакантным, но Бутлеров, продолжавший громогласную схватку с «академическими немцами», вскоре прекратил попытки выдвинуть в академики Д. И. Менделеева. Дело в том, что начиная с 1882 года «немцы» превратились в несокрушимый лагерь благодаря новому президенту академии, министру внутренних дел и шефу жандармов графу Д. А. Толстому, который сохранил «теплые» чувства к Менделееву до самого конца жизни. Завет, который граф прошептал на ухо Веселовскому в 1889 году на смертном одре — «Только помни, Менделеева в Академию ни под каким видом…», — будет исполнен. А вот Бейльштейна в конце концов изберут в академики — в 1886 году, сразу после смерти Бутлерова, который всегда был против его кандидатуры. И Бекетов дождется, пока его академические претензии осуществятся в полном объеме — он займет-таки в академии бутлеровское место по «чистой» химии.
А как же мировой эфир? В опытах с газом Менделеев его не нашел. Да ему и не дали возможности как следует утолить исследовательскую страсть в экспериментах с разреженными газами. Военных и членов комиссии Русского технического общества интересовали процессы, связанные с работой сжатых газов в пушках и силовых механизмах, а не поиски вселенского вещества. Отдав столько лет конструированию и испытанию уникального оборудования, Менделеев так и не получил возможности заглянуть внутрь вещества с ослабленными молекулярными связями. Снова, в который раз, он стал жертвой несовпадения — на этот раз между собственными научными интересами и вполне законными желаниями заказчиков исследования. Последние требовали не только сосредоточиться на упругих газах, но и ускорить работу с ними, не отвлекаясь ни на какие другие занятия.