В начале апреля большинство самолетов эскадры перебазировалось в Баварию, где расположились на базах Рием, Фюрт и Мемминген. Несколько машин KG(J) 51 «Эдельвейс» вместе с остатками KG(J) 54 разместились на аэродроме Прага/Ружин. Еще несколько самолетов было передано в KG(J) 6, а точнее, сформированной на его основе Gefechtsverband Hogeback. 12 «швальбе», принадлежавших к IV(Erg)./KG(J) 51, передали в часть Галланда — JV 44 в Мюнхен-Рием. Последние боевые вылеты в рамках I группы прошли 18 и 22 апреля, когда Me 262 были брошены в безнадежные атаки на железнодорожный узел в Диллингене, на северо-запад от Аугсбур-га. В тот же день американские войска заняли аэродром Штрасскирхен, где им сдались остатки II группы под командованием обер-лейтенанта Вольфганга Баетца. 25 апреля в результате штурмовки «мустангами» из 4-й FG аэродрома Рием сгорело несколько Me 262, как раз готовившихся взлететь. 6 мая пилоты KG(J) 51 под командой гауптмана Рудольфа Абрахамчика выполнили последнее боевое задание — атаковали советские танки в пражских предместьях. Оттуда не вернулись лейтенанты Шиммель и Шротманн и фельдфебель Полиг.
Остатки I группы вместе с частью сил JV 44 сдались американцам на аэродроме Мюнхен-Рием, предварительно взорвав свои машины.
Kampfgeschwader (J) 54 «Totenkopf»
Первые самолеты эскадра получила в начале ноября 1945 г. Именно тогда (как и у всех бомбардировочных частей, перевооруженных на Me 262) её обозначение изменилось из KG 54 на KG(J) 54 «Totenkopf» (Мертвая голова). Переобучение пилотов штабной эскадрильи и I группы началось в Гибелыптадте, а II группы — в Нейбурге. Процесс перевооружения продолжался почти до конца месяца, хотя уже 26 ноября один из пилотов I./KG(J) 54 столкнулся с британскими истребителями над Гибелыптадтом. К сожалению, этого столкновения он не пережил. Следующий Me 262 был потерян 11 декабря, когда лейтенант Бенно Вейс разбился недалеко от Фаренбах/ Бадена после схватки со «спитфайром» из 16-й эскадрильи (пилот — командир 34-го фоторазведывательного авиакрыла групп-капитан [полковник] П.Огилви).