Вначале Борман был одним из самых верных соратников Гейдриха. Однако этот энтузиазм улетучился, когда он распознал в расчетливом, хладнокровно действующем заместителе Гиммлера более опасного соперника, чем сам рейхсмаршал СС. 27 сентября 1941 года Гейдрих был назначен действительным рейхспротекгором Богемии и Моравии (большей части довоенной Чехословакии) в дополнение к своим другим должностям. Это было еще одно назначение, которое Гитлер сделал под влиянием Бормана. Все сообщения Гейдриха из рейхспротектората проходили к фюреру через его союзника Бормана. Гейдрих настолько преуспел в организации окончательного решения еврейского вопроса и в управлении протекторатом, что заслужил восхищение Гитлера, чем вызвал зависть и ревность у Бормана. Результат был типичным.
Гейдрих, сопровождаемый Вальтером Шелленбергом, начальником отдела внешней разведки СС, отправился в «Вервольф» лично доложить Гитлеру об экономических проблемах протектората. Их заставили долго ожидать снаружи бункера Гитлера. Наконец появился фюрер. Его сопровождал Борман. Гейдрих встретил Гитлера нацистским приветствием, затем стал ждать разрешения начать доклад. Но Гитлер лишь пристально взглянул на него. Затем на его лице появилось выражение отвращения. Борман взял Гитлера за руку и увел его назад в бункер. Гейдрих ждал, что Гитлер вернется. Но он не появился.
На следующий день Борман встретился с Гейдрихом и сказал ему, что фюрера больше не интересует его доклад. Наблюдая за этой встречей, Шелленберг подумал, что несмотря на то, что Борман говорил об отказе в самом дружелюбном тоне, «Гейдрих чувствовал его непримиримую ненависть».
По возвращении в Прагу Гейдрих теплым солнечным утром 27 мая 1942 года ехал со своей загородной дачи через пригороды в аэропорт. Маршрут был обычным. Его низкий, зеленый двухдверный открытый «Мерседес-Бенц» был приметным, на радиаторной решетке находились две эмблемы, представляющие рейхспротекгорат и СС. Гейдрих славился тем, что не предпринимал почти никаких мер безопасности, верх крыши был откинут. Он сидел на переднем сиденье рядом с сержантом Клейном, своим водителем. Когда последний притормозил на крутом повороте, к машине неожиданно приблизился неизвестный и открыл стрельбу из автомата по ветровому стеклу.
Автомат заклинило. Вместо того чтобы уехать прочь, Клейн остановил машину, Гейдрих стал вытаскивать свой револьвер. Второй нападавший швырнул сзади под машину большой серый металлический шар. Шар оказался гранатой Миллза специального типа, ее взрыв разворотил заднюю часть автомобиля и развернул ее.
Клейн выпрыгнул из дымящейся машины и попытался преследовать одного из нападавших, но напрасно. Гейдрих побежал за вторым. Человек скрылся, полагая, что рейхспротекгор остался жив. Затем Гейдрих вернулся назад к машине и вдруг неожиданно рухнул на капот. Оказалось, что он серьезно ранен. Граната разорвалась на мелкие осколки и вдобавок была начинена конским волосом и материалом для набивки сидений автомобиля. Все это пробило тело Гейдриха, поразив поясницу и селезенку. Прибывшие полицейские доставили его в госпиталь. Несмотря на усилия врачей третьего рейха, сделавших все возможное, Гейдрих через девять дней скончался. Он стал единственным лидером наци, уничтоженным убийцами за весь двенадцатилетний период существования третьего рейха.
Первой реакцией Вальтера Шелленберга на убийство была мысль, что это дело рук Бормана. Это лишь иллюстрирует тот факт, что даже сведущие в таких делах нацисты были готовы верить, что Борман для устранения своих соперников был способен на такое. На самом деле это убийство было совершено двумя добровольцами-чехами. Искусству диверсий они обучались в Великобритании, где их тренировали, экипировали, вооружили, обучили прыгать с парашютом. Позднее они оказались среди 120 членов чешского движения Сопротивления, где их, прятавшихся в церкви, обнаружили эсэсовцы. Все они были расстреляны.
Гиммлер выжидал восемь месяцев после смерти честолюбивого Гейдриха, прежде чем назначить нового руководителя Главного отдела СС по государственной безопасности. Этот человек должен был быть посредственностью, чтобы им можно было бы легко управлять. Доктор Эрнест Кальтенбруннер, человек беспокойный, был юристом и ветераном австрийских нацистов. Рост — почти семь футов. Массивные широкие плечи и огромные руки заканчивались маленькими, изящными кистями, коричневыми от никотина. Его длинное бесстрастное лицо было исполосовано шрамами, полученными в студенческих дуэлях. Он беспрестанно курил и начинал пить с раннего утра, доходя вечером до невменяемого состояния еще до того как свалиться в постель. С хладнокровно-расчетливым Гейдрихом он был схож лишь в усердии, с которым он преследовал цели Конечного решения. Он был человеком, которого Борману не нужно было бояться.