С возвращением Красной Армии Литовская освободительная армия переориентировалась на пассивную борьбу, организуя вооруженные выступления местного населения против вновь образованных органов советской власти, некоторых частей и подразделений Красной Армии и войск НКВД. В республике началось массовое неповиновение, зачастую выливавшееся в убийства «промосковских» активистов, террор и насилие. Националистов поддерживали немецкие спецслужбы, забрасывая в тыл действующей Красной Армии диверсионно-подрывные группы.
В июле — августе 1944 года вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов на территорию Литвы вступили части войск НКВД. В республике было развернуто 7 пограничных полков. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов, пособников противника. И это было остро необходимо, поскольку в данный период заметно активизировались антисоветские силы.
В приказах главного штаба Литовской освободительной армии в декабре 1944 года перед ее командирами ставились задачи «но соединению всех вооруженных формирований, действующих в Литве, и уже объединенными силами вести активную подпольную работу против большевистского террора. В дальнейшем, при падении оккупационного режима и разгроме Красной Армии перейти в открытую борьбу, мобилизуя для этой цели весь народ».
Следуя этим указаниям, формирования Литовской освободительной армии быстро пополняли свои ряды. Весной 1945 г. общая численность повстанцев достигла 30 тысяч человек. В целом в послевоенные годы «партизанило» или скрывалось в лесах около 70–80 тысяч человек. Вся их борьба выражалась в форме террористических актов но отношению к партийным и советским работникам на местах, пропагандистам и агитаторам, ответственным за проведение коллективизации, рядовым литовцам, заподозренным в сотрудничестве с новыми властями. не случаен поэтому тот факт, что с 1944 года до окончательного подавления сопротивления в Литве (1956) из 25 108 человек, убитых повстанцами, более 23 тысяч человек являлись их соотечественниками — литовцами.
Для ликвидации националистического повстанческого движения в Литве в декабре 1944 года был образован Штаб главного руководства, который координировал деятельность по этим вопросам с командирами соединений и частей Красной Армии, дислоцировавшихся в республике.
Националистическое подполье не ограничивалось только Литвой. Подобное имело место в Латвии и Эстонии. По состоянию на 1 января 1946 года, в Латвии действовали 64 бандформирования, общей численностью 753 человек, в Эстонии — 55, численностью 428 человек.
Всего в республиках Прибалтики только в 1941–1950 годах формированиями националистов было совершено 3426 вооруженных нападений, в ходе которых погибли 5155 советских активистов. Органами госбезопасности и войсками было ликвидировало 878 вооруженных групп.
В противоповстанческих операциях части внутренних войск НКВД потеряли 533 человек убитыми и 784 — ранеными, потери подразделений Красной Армии составили 42 человек убитыми и 94 ранеными.
В результате проведения целенаправленных мероприятий войсками НКВД — НКГБ при содействии соединении и частей Красной Армии националистическое движение в Литве стало ослабевать.
Однако сопротивление продолжалось вплоть до середины 60-х годов, причем как в Литве, так и в других республиках Прибалтики.
Повседневная служба войск округа была на подъеме, совершеннее становилось вооружение войск. Ученые, конструкторы не жалели сил, энергии, таланта для проектирования и создания лучших, отвечающих самым жестким требованиям современного боя образцов техники и вооружения. Стрелковые подразделения округа одними из первых в Советской Армии получили ротный пулемет РП-46, крупнокалиберный пулемет, зенитнопулеметные установки, новый автомат Калашникова, самозарядный карабин Симонова. Танкисты имели на вооружении лучшие в мире средние, тяжелые танки и САУ, артиллеристы — первоклассные орудия и минометы. Легендарные «катюши» уступали место новым установкам. Самолетный парк обновлялся за счет первых отечественных реактивных самолетов. В части и подразделения ПВО на вооружение поставлялись новые радиотехнические комплексы. К 1952 году войска округа коренным образом изменились. Они были оснащены новым, современным вооружением, которое по своему качеству значительно превосходило вооружите периода Великой Отечественной войны.
Наряду с успешными делами своего Прибалтийского округа Баграмян получил огорчительную и очень настораживающую информацию из Москвы! Тяжело заболел Сталин.
4 марта в газете «Правда» появилось короткое правительственное сообщение:
Ночью 4 марта Баграмян получил правительственную телеграмму: «Срочно приглашаетесь Пленум ЦК».
Командующий немедленно вылетел в столицу.