Он обожал и животных, которые считаются «противными», страшными: «Летучая мышь чудесно нежна и шелковиста на ощупь, ее очень приятно гладить, и я не знаю животного более благодарного за ласку, если с ним обращаться умеючи». Нежность унаследовал от матери: «Как-то на улице в Сент-Луисе она удивила дюжего возчика, который избивал свою лошадь тяжелым кнутовищем: она отняла у него кнут»; «По какому-то неуловимому признаку каждый бездомный, загнанный, грязный, беспутный кот сразу узнавал в ней свою покровительницу и защитницу и шел за ней до самого дома». На ферме его научили охотиться, сперва это доставляло удовольствие, потом возникло омерзение. Из автобиографического фрагмента «Убийца»: «Она [птица] свалилась со своей ветки, проковыляла, хромая, и упала к моим ногам; ее песенка оборвалась, ее жизнь погасла ни за что, я бессмысленно погубил ее и ощущал все, что чувствует убийца, — печаль и раскаяние, когда до него доходит, что он сделал и что вернуть ничего уже нельзя». (Том Сойер не убивал животных, Гек делал это только ради пропитания, а потом, в книге «Том Сойер за границей», и вовсе перестал.)
Все персонажи романов о Санкт-Петербурге обнаруживаются в Ганнибале. Джим — «дядюшка Дэн»; Сид Сойер — Генри Клеменс: «Мне кажется, что ей [матери] трудно было бы выдержать его неизменное благонравие, правдивость и послушание, если бы я не вносил в эту монотонную жизнь некоторого разнообразия. <…> Одной из его обязанностей было докладывать о моем поведении, когда в том возникала нужда, а сам я не удосуживался это сделать, и эту свою обязанность он выполнял неукоснительно». По словам Твена, все эпизоды, связанные с Сидом, списаны с натуры. Геком Финном автор назвал Тома Блэнкеншипа, младшего сына городского пьяницы Бена: он не ходил в школу, одевался в обноски, «пользовался ничем не ограниченной свободой и был единственным по-настоящему независимым человеком на всю округу; поэтому он наслаждался постоянным тихим счастьем, а мы все ему отчаянно завидовали. Он нам нравился. Мы любили водить с ним компанию, а так как это строжайше запрещалось нашими родителями, дружба с ним ценилась еще выше, и во всем городке не было мальчика популярнее его». Омерзительный отец Гека — отчасти Блэнкеншип-старший, отчасти другой городской пьяница, Финн. Однокашники Сэма Клеменса, однако, считали прототипом Гекльберри другого мальчика, который в школе учился и происходил из нормальной семьи, но был похож на Гека характером, — Барни Фартинга. Кто же прав?
На самом деле писатель никого ниоткуда не «списывает»: он не снимает гипсовые слепки с мертвых лиц, а свободно мнет глину воспоминаний, создавая в итоге живое существо, более реальное, чем все его «прототипы», и притом бессмертное. Ни дядюшка Бен, ни дядюшка Дэн, ни другие знакомые Сэму негры не убегали, но в 1847 году в Ганнибале Бен Блэнкеншип обнаружил беглого раба, который безуспешно пытался переплыть реку, чтобы попасть в Иллинойс. Бен мог его выдать и получить награду в 50 долларов, но не сделал этого, потому что ему показалось выгодней сохранить беглеца для себя: все лето тот жил на болоте и ловил для Блэнкеншипа рыбу; осенью его обнаружили ловцы, он пытался скрыться и утонул, его тело через несколько дней обнаружили дети, среди которых был и Сэм Клеменс. Индеец Джо, по мнению большинства исследователей, — это Джо Дуглас, скотовод, который никаких злодейств не совершал и в пещере не умирал (хотя как-то раз там заблудился), просто наружность у него была зловещая. Сам Дуглас, впрочем, утверждал, что поселился в Ганнибале, когда Марк Твен оттуда уже уехал.
Когда автор описывал Сида, он вспоминал не только брата Генри, но и Теодора Доусона, сына учителя, который был «чрезвычайно хорошим, сверхъестественно хорошим, оскорбительно хорошим, омерзительно хорошим — и пучеглазым, — и я утопил бы его, подвернись подходящий случай». В самом Томе находят черты не только Сэма, но и Джо Гарта и других приятелей — Джорджа Батлера, Джона Бриггса; Бекки — не портрет Лоры Хокинс, а обобщенная возлюбленная, ибо Сэм был столь же ветреным, сколь и страстным. Он называл имена как минимум шести девочек, которых «обожал» примерно в то же время, что и Лору; влюблялся и во взрослых. Девятнадцатилетнюю Мэри Миллер он полюбил в девять лет и впоследствии вспоминал: «Она была не первой моей возлюбленной, но первой, кто разбил мне сердце»; спустя полгода ее сменила двадцатилетняя Артемизия Бриггс, которая была не так жестока, но тоже отказалась от помолвки.