Свидетельств казни — каждое со своими собственными уникальными воспоминаниями — было так много, что рассказы о последующих событиях различаются во многих деталях. Современные полицейские подтвердят, что четыре свидетеля представят четыре совершенно разные версии одного события. Казнь Марии не стала исключением из правил. По словам Роберта Уайза, написавшего для Бёрли отчет сразу после казни, Мария поднялась на две ступеньки и оказалась на эшафоте двенадцати футов в ширину, затянутом черной тканью. Сама плаха тоже была обтянута черным — другие свидетели говорили, что она составляла всего несколько дюймов в высоту. Паулет помог королеве подняться по ступенькам, и она сказала ему: «Благодарю вас, сэр. Это последнее беспокойство, которое я вам причиняю». Затем она села на низкий стул рядом с Кентом и Шрусбери и молча слушала, пока Билль снова зачитывал приказ о казни. Мария, впрочем, не молчала, когда настоятель собора из Питерборо начал длинную проповедь, пытаясь обратить ее в протестантизм. В XVII веке историк Уильям Кемден назвал эту проповедь «занудной речью». Мария прервала проповедника: «Добрый господин настоятель, вам не стоит больше об этом беспокоиться, потому что я родилась в этой религии [католической], жила в ней и решилась в ней же умереть». Невозмутимый настоятель продолжал, призывая Бога покарать врагов Елизаветы и молясь о милости ко всем. Тогда Мария начала громко читать молитвы на латыни, затем преклонила колени и стала по-английски молиться за католическую церковь, Якова, Елизавету и за окончание своих бедствий. Палач Булл и его помощник затем попросили ее о прощении, и Мария ответила: «Я прощаю вас от всего сердца. Ведь я надеюсь, что смерть положит конец всем моим страданиям». Когда Мария начала снимать верхнюю одежду, один из палачей взял ее
Ее служанки, вопреки обещанию, теперь не могли унять слез. Мария, чьи глаза оставались сухими, попросила их не плакать и заверила, что станет за них молиться. Она начертала знак креста в воздухе перед слугами, а затем ей завязали глаза шелковым платком. Другой свидетель, Бургойн, говорит, что она преклонила колени перед стулом и прочла покаянный псалом «In te, domine, confîdo»[132], a затем вытянула шею вперед. Возможно, Мария ожидала, что ей отрубят голову на французский манер — мечом. Булл понял, что Мария не заметила низкой плахи, и подвел ее к ней. Там она нащупала ее и легла ничком. Другие свидетели сообщают, что королева, завершая свои молитвы, преклонила колени. Однако теперь она, поняв, что должно произойти, положила голову на плаху. В веревках не было нужды, хотя одному из палачей и пришлось сдвинуть ее руки с плахи, чтобы их не коснулся топор. Затем в полной тишине, заполнившей зал, Мария громко произнесла:
Вероятно, из-за нервозности палач плохо прицелился, и удар пришелся на затылок Марии. Она не пошевелилась, а следующий удар отделил ее голову от тела, за исключением части сухожилия, которое Булл затем перепилил. Наконец, ее голова покатилась по соломе. «Так умерла Мария, королева Шотландии, на 45-м году жизни и 19-м году ее заключения». Было около десяти часов утра.
По обычаю Булл поднял голову и провозгласил: «Боже, храни королеву», а настоятель из Питерборо добавил: «Так погибнут все враги королевы», на что один лишь граф Кент ответил «аминь». Торжественность момента была нарушена, когда голова Марии выскользнула из рук Булла, оставив ему шелковую повязку и рыжий парик. Волосы на голове были редкими и совершенно седыми. Булл и его помощник сняли подвязки Марии и в изумлении обнаружили под ее юбками маленькую собачку. Она явно пришла сюда из спальни, и никому не удалось сдвинуть ее с места до тех пор, пока она, вся покрытая кровью Марии, не решила лечь между шеей и отрубленной головой.