К числу подобных богословских «погрешностей» Фонвизин относил также принципиальный католический догмат, провозглашающий «одну свою церковь истиною, вселенскою; все же прочие раскольническими». Римским католикам, указывал он, «подражают и наши богословы: и они, называя греко-восточную церковь единою, вселенскою и толкуя не о разделении церквей, а об отпадении от нее римско-католической, утверждают, что только в ее недрах можно спастись» (там же, л. 23 об.). Такое ограничение вселенской церкви «географическими пределами», писал Фонвизин, есть суеверие, ибо название вселенской «по праву принадлежит» только «церкви, высшей, невидимой, внутренней» (там же, л. 24 об.).
Существует мнение, что идею «внутренней церкви» Фонвизин заимствовал от масонов. Так оно, возможно, и было. Но тут необходимо отметить одно важное обстоятельство: воззрения масонов на сущность внутренней церкви не заключали в себе ничего противоцерковного. Напротив, они признавали «внешнюю», официальную церковь своеобразной школой, научающей «правильнейшему и действительнейшему устроению духовных упражнений внутреннего богослужения». Один из виднейших адептов русского масонства, И. В. Лопухин, развивая эту мысль, подчеркивал: «Отправления внешней религии, будучи средством ко внутреннему истинному христианству, могут быть приготовлением и к истинному свободному каменщичеству, так как оное есть лествица к высочайшей мудрости сокровенной» (47, л. 12).
Фонвизин трактовал учение о внутренней церкви в смысле отрицания официальной церковности вообще. Он принадлежал к тем декабристам, которые ясно видели в этом учении, по свидетельству масона графа Виельгорского, «узду деспотическому правлению» (см. 51, 339). Если масоны призывали к уединенным молитвам и непрестанной борьбе со своими страстями, то Фонвизин, связав учение о внутренней церкви с отрицанием так называемой территориальной системы реформации (географического разделения христианских церквей), упрочивавшей главенствующую роль светского государя в церковной администрации, придал ему революционную, антимонархическую направленность.
Блестящим образцом разящей философско-религиозной критики деспотизма является статья Фонвизина «О повиновении вышней власти, и какой власти должно повиноваться» (1823). В ней он резко разоблачает попытки самодержавных правительств оправдать свое существование авторитетом священного писания, в частности ссылкой на положение апостола Павла: «Всякая душа да будет покорна высшим властям, ибо нет власти не от бога; существующие же власти от бога установлены» (Рим., 13, 1). «Вот, — восклицает Фонвизин, — меч обоюдоострый, который попеременно обращаем был то гражданским, то духовным деспотизмом в невежественных веках к обаянию суеверных народов, не знающих, какой власти им должно повиноваться, пока не будет о том возглашено на кафедре. Ныне лезвее сего меча хотя притупилось в просвещенных европейских государствах, но привычка к изречению, освященному религиозными понятиями, не имеющими никакой ясности, продолжает, ко вреду прочного утверждения благосостояния народов, смешивать сии начала с ложными, подкрепляя произвольно всякие притязания текстом св. писания:
Фонвизин ставил вопрос: каким властям необходимо повиноваться, законным или вообще всем существующим? Если допустить, что признавать должно любую существующую власть, то, считал он, «выйдет хаос безначалия и совершенное истребление всякой власти», ибо честолюбивые искатели престолов получат в этом случае право «похищенное силою оружия утвердить за собою силою предрассудка». Поэтому он объявлял такое толкование евангельского принципа «удаленным от истины» и доказывал, что его могут проповедовать «одни хищники, а с ними суеверы и фанатики». По мнению Фонвизина, апостол Павел предписывал повиновение только законной власти и по этой причине «всякая самостоятельная нация имеет неоспоримое право избирать приличную форму правления, переменять законы и составлять новые» (там же, 490). Что касается самовластных, деспотических правительств, то о них Фонвизин предпочитает не говорить, а предоставить их «вразумлению опытов, побеждающих силу оружия и силу предрассудков» (10, 382).
Таким образом, Фонвизин интерпретировал евангельский текст в смысле законности, необходимости революций («вразумляющих опытов» Западной Европы, на которые он и ссылался в статье) для уничтожения мрачных вертепов суеверия и тиранства и утверждения народных, республиканских правлений.