Закончив операцию и оставив охрану, комендант часов в десять-одиннадцать утра 17 июля поехал с докладом в Уралисполком. Он рассказал, что найдены ценности и высказал сожаление, что ему не позволили в свое время произвести у Романовых обыск.
В тот день, как показывали позднее свидетели, в урочище были слышны взрывы гранат. Заинтересованные странным происшествием, местные жители спустя несколько дней, когда оцепление было уже снято, пришли в урочище и сумели обнаружить кое-какие ценности (видимо, принадлежавшие царской семье), в спешке не замеченные палачами.
А комендант продолжал свою «работу». От председателя горисполкома он узнал, что на 9-й версте по Московскому тракту есть очень глубокие заброшенные шахты, которые подошли бы для погребения Романовых. Он отправился туда с проверкой, но до места сразу не доехал из-за поломки машины, а до самих шахт добрался уже пешком и действительно нашел три очень глубокие заполненные водой шахты, где и решил утопить трупы, привязав к ним камни.
Так как на шахтах были сторожа, которые стали бы ненужными свидетелями, то было решено, что одновременно с грузовиком, который привезет трупы, приедет автомобиль с чекистами, а те под предлогом обыска всех арестуют. Назад в город коменданту пришлось добираться на захваченной по дороге паре лошадей.
Позже очевидцы рассказывали, что над участниками процесса «погребения» императорской семьи словно тяготел злой рок. Неприятные случайности следовали одна за другой. Отправившись с одним из чекистов на выбранное место верхом, комендант упал с лошади и сильно разбился. Следует заметить, что потом также упал и чекист.
На случай, если бы не удался план с шахтами, решено было трупы сжечь или похоронить в глинистых ямах, наполненных водой, предварительно обезобразив тела до неузнаваемости серной кислотой. Вернувшись наконец в город уже в восемь часов вечера того же дня, члены команды начали добывать все для этого необходимое: керосин, серную кислоту. Телеги с лошадьми были взяты из местной тюрьмы.
Комендант рассчитывал выехать в одиннадцать часов вечера, но инцидент с падением задержал команду, и, собрав все необходимое, они отправились к месту, где были спрятаны трупы, только в половине первого в ночь с 17-го на 18 июля.
Чтобы изолировать шахту (первую, старательскую) на время операции, в деревне Коптяки объявили, что в лесу якобы скрываются чехи, и поэтому его будут обыскивать, и приказали, чтобы никто ни под каким видом из деревни не выезжал. А если бы жители ослушались, то каждого, кто оказался в районе оцепления, расстреляли бы на месте.
Наступил рассвет 18 июля. У членов команды возникла мысль часть трупов похоронить тут же, у шахты. Они стали копать яму и почти уже выкопали ее, когда к Ермакову вдруг подъехал один его знакомый крестьянин, и оказалось, что он мог видеть яму. Пришлось отказаться от этой затеи, а трупы вывезти к глубоким шахтам. Так как телеги оказались непрочными и буквально разваливались на части, комендант отправился в город за машинами. Для этой цели был выделен грузовик и две легковые машины (одна для чекистов). В итоге в путь смогли отправиться только в девять часов вечера.
Процессия пересекла линию железной дороги и через некоторое время остановилась. Останки императорской семьи перегрузили на грузовик. Ехали с трудом, вымащивая опасные места шпалами, и все-таки застряли несколько раз. А около половины пятого утра 19 числа машина застряла окончательно. Не оставалось ничего другого, как, не доезжая до шахт, хоронить или жечь трупы. Последнее обещал взять на себя один малознакомый коменданту «товарищ», но он уехал, не исполнив обещанного.
Тела цесаревича Алексея и Александры Федоровны решили сжечь, но по ошибке вместо последней с Алексеем сожгли горничную Демидову. Останки похоронили тут же, под костром и снова развели огонь, что совершенно скрыло следы захоронения.
К семи часам утра закончили копать общую могилу. Трупы сложили в яму, облив серной кислотой как для неузнаваемости, так и для того, чтобы предотвратить смрад от разложения (яма была не слишком глубокой). Забросав останки императорской семьи землей и хворостом, сверху наложили шпалы и несколько раз проехали туда-сюда грузовиком – следов «захоронения» и здесь не осталось. Тайна была сохранена, этого места погребения белые отыскать не смогли.
Сообщение о расстреле всех членов царской семьи поступило в адрес секретаря Совнаркома Н. П. Горбунова для Я. М. Свердлова 17 июля 1918 года. Центральные советские газеты сообщили об этом 19 июля. Воспроизведем его полностью: «18-го июля состоялось первое заседание Президиума ЦИК 5-го созыва. Председательствовал тов. Свердлов. Присутствовали члены Президиума: Аванесов, Сосновский, Теодорович, Владимирский, Максимов, Смидович, Розенгольц, Митрофанов и Розин.
Председатель товарищ Свердлов оглашает только что полученное по прямому проводу сообщение от Областного Уральского Совета о расстреле бывшего царя Николая Романова.