В 1996–1997 годах новая экспедиция продолжила поиски в северном направлении, также не давшие результатов. И снова работы были прерваны из-за недостаточного финансирования.
В 1998 году очередная исследовательская группа продолжила работы на Четырехбратском руднике. Опираясь на сохранившееся в бумагах следователя Соколова упоминание о находке в этом районе костей, ученые предположили, что это были останки Алексея и Марии. Рудник подвергся тщательному исследованию. Экспертиза показала, что найденные кости принадлежали животным.
В том же году, когда найденные прежде останки членов императорской семьи были наконец захоронены, скелет номер 5 (от 1991 года) был отмечен как останки Анастасии. Но, сомнения, однако, все равно оставались.
В июне 2007 года, осознавая мировую историческую значимость как события, так и объекта исследования, было принято решение провести новые изыскательские работы на старой Коптяковской дороге с целью обнаружения еще одного предполагаемого места сокрытия останков членов императорской семьи Романовых. Поиски возобновила группа, пришедшая к выводу, что искать следует к юго-востоку от основного захоронения. Еще какое-то время ушло на получение разрешения на раскопки, доукомплектование группы и, конечно же, на поиски источников финансирования.
В предполагаемом направлении оказалась полянка, не затронутая прежними экспедициями, что окончательно убедило группу в том, что их первичные предположения могут быть верны.
29 июля 2007 года ученые обратили внимание на чуть заметную впадину, заросшую крапивой. Первая проверка щупом показала наличие большого количества древесного угля, да и сама земля в этом месте казалась слишком уж рыхлой, словно бы перекопанной.
После того как был пробит шурф, поисковики обнаружили костные останки молодого человека в возрасте 10–13 лет и девушки в возрасте 18–23 лет, а также обломки керамических амфор с японской серной кислотой, железные уголки, гвозди, кусок темной ткани и пули.
И все это было найдено уральскими археологами под Екатеринбургом недалеко от основного места захоронения семьи последнего российского императора. Теоретически двух мнений быть не могло: перед исследователями находились останки членов императорской семьи Романовых царевича Алексея и его сестры княжны Марии, сокрытые большевиками в 1918 году. На останках детей Николая II были обнаружены следы от пуль и разрубания. Все это полностью соответствовало воспоминаниям Юровского и других членов расстрельной команды. Тем не менее, не всех устроили даже подобные доказательства…
24 августа 2007 года Генеральная прокуратура России возобновила расследование по уголовному делу о расстреле царской семьи в связи с обнаружением под Екатеринбургом останков царевича Алексея и великой княжны Марии Романовых.
Как вспоминают участники экспедиции, второпях не захватив с собой бумаги, они принялись писать отчет на оборотной стороне одной из ксерокопий, выполненных с подлинных документов о расстреле и захоронении Романовых. На лицевой стороне оказались слова комиссара Войкова: «Мир никогда не узнает, что мы с ними сделали…»
Можно сказать, что последнюю точку в споре, кто из сестер найден в захоронении на Поросенковом логу, поставила реконструкция черепов из основного захоронения, выполненная по методу профессора Герасимова.
Антропологическая экспертиза подтвердила, что найденные останки принадлежат подростку 12–14 лет и девушке 17–19, баллистическая – идентичность пуль, найденных здесь же, с пулями из основного захоронения, товароведческая – идентичность осколков сосудов с серной кислотой, использовавшейся в двух местах. Стоматологическая экспертиза – наличие серебряных пломб, идентичных тем, что были найдены в основном захоронении.
Генетическая экспертиза выполнялась в 2008 году трижды – в институте им. Вавилова (Москва), Инсбруке (Австрия) и в лаборатории Пентагона (США). Все подтвердили, что найденные тела принадлежат детям Николая II и Александры Федоровны. Кровь для сличения вновь брали у принца Филиппа, супруга английской королевы Елизаветы II.
В июле 2008 года эту информацию официально подтвердил Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации, заявив, что экспертиза останков, найденных в 2007 году на старой Коптяковской дороге, установила: обнаруженные останки, безусловно, принадлежат великой княгине Марии и цесаревичу Алексею, являвшимися наследниками императора.
В 1990—2000-е годы перед различными инстанциями ставился вопрос о юридической реабилитации Романовых. В сентябре 2007 года Генеральная прокуратура Российской Федерации отказалась касаться данной темы, так как не обнаружила по факту расстрела Романовых «обвинений и соответствующих решений судебных и несудебных органов, наделявшихся судебными функциями». Расстрел семьи императора, по их мнению, был «умышленным убийством, пускай и имеющим политическую окраску, совершенным лицами, не наделенными соответствующими судебными и административными полномочиями».