Менялось и отношение к царю Дмитрию. Первыми, видимо, почувствовали себя ущемленными стрельцы, чьи охранные функции во дворце были переданы иноземным телохранителям. Временем Великого поста 1606 года в источниках датируется стрелецкий заговор, подавленный с помощью верных царю Дмитрию Ивановичу людей. Яркие подробности расправы с недовольными стрельцами, основанные на показаниях царских секретарей Бучинских, вошли в «Иное сказание». Якобы поляки слышали рассказ Лжедмитрия, убеждавшего их, что может расправиться с боярами с помощью верных людей: «В Великий пост поговорили де про меня немногие стрелцы, что я веру их разоряю, и мне де тотчас сказали». Из статьи «Нового летописца», названной «О умышлении и казни стрелецкой», известно, что один из стрельцов донес об опасных разговорах боярину Петру Басманову, а тот рассказал обо всем царю. Было решено пригласить ни о чем не подозревавших стрельцов во дворец, где они не только не стали запираться, но и «говорили встрешно», то есть продолжали обличать царя Дмитрия. Однако еще раньше стрелецкий голова Григорий Микулин напросился на расправу с изменниками, обещая самозванцу: «Освободи де мне, государь, я де тех твоих изменников, не токмо что головы поскусаю, а черева из них своими руками вытаскаю!» Если верить секретарям Дмитрия, стрелецкая казнь совершилась прямо в царских покоях. Стрельцов, посмевших усомниться в вере царя Дмитрия, растерзали свои же товарищи: «в мегновение ока иссекли на малые части» 48.
Дальнейшей реформе подверглась Дума, которую стали иногда именовать Сенатом, а московских бояр — сенаторами. В дворцовый протокол была введена должность мечника, которой наградили молодого князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского — в будущем одного из самых положительных героев Смуты, а тогда совсем молодого человека, ездившего за царской матерью в далекий Николо-Выксинский монастырь 49. Царь Дмитрий приблизил многих из тех, кто был обижен ранее Борисом Годуновым, и в первую очередь своих «родственников» — Андрея Александровича и Михаила Александровича Нагих, пожалованных боярством. Другие получали думные чины за прямые услуги, оказанные Лжедмитрию во время борьбы с Борисом Годуновым. Так ближайшими советниками царя Дмитрия оказались бояре Петр Федорович Басманов и князь Василий Михайлович Рубец Мосальский, чином сокольничего и думного дворянина наградили Гаврилу Григорьевича Пушкина. В состав Думы при Лжедмитрии впервые вошли князья Иван Васильевич Голицын, Иван Семенович Куракин, Иван Никитич Большой Одоевский, Иван Никитич Романов и Борис Михайлович Лыков. (Тогда же, кстати, впервые с чином стольника стал упоминаться князь Дмитрий Михайлович Пожарский — будущий герой Смуты и освободитель Москвы 50.) Все эти люди надолго сохранят господствующее положение в управлении государством благодаря Лжедмитрию I, впервые открывшему для них дорогу в Думу и высшие московские чины. В итоге состав Боярской думы расширился настолько, что ее численность значительно превысила ту, что была во времена царя Бориса Годунова 51.
О повседневных делах управления и вообще о том, что происходило в столице Московского государства в дни правления царя Дмитрия Ивановича, известно очень мало. Почти все делопроизводство времен «Росстриги» оказалось утраченным, даже то, что сохранялось, потом активно поправлялось и уничтожалось. Имя царя Дмитрия вычищалось, а на его место вписывалось имя следующего самодержца. Показательна в этом смысле история с грамотами, выдававшимися монастырям на их владения и привилегии. Для того чтобы получить свои «торханные грамоты», освобождавшие от податей, монастырские власти слали в Москву царю Дмитрию, его матери царице Марии Нагой, боярам и другим приказным людям деньги, соболей и образа в золоченых окладах. По подсчетам В. И. Ульяновского, царь Дмитрий Иванович за неполный год своего правления успел выдать таких грамот более сотни, что оказалось в два раза больше, чем в начале правления Бориса Годунова 52. Получали грамоты, начиная с августа — сентября 1605 года, патриарх Игнатий, правящие архиереи, крупнейшие монастыри — Троице-Сергиев, Симонов, Новодевичий, Соловецкий, Антониево-Сийский, Кирилло-Белозерский, Спасский-Ярославский. Но потом грамоты были уничтожены или спрятаны. Документы на земли от имени самозваного царя Дмитрия сохранялись в архиерейских и монастырских ризницах в глубокой тайне и не были извлечены оттуда даже при создании Коллегии экономии во времена Екатерины II.