Луначарский после первого успеха не оставил без внимания проблему углубления контактов с академией и уже 5 марта 1918 года написал письмо Карпинскому. В этом письме отмечалось, что для всякого значительного научного начинания вопрос об организационном центре является наиболее существенным, имея в виду прежние и вновь созданные комиссии академии. Стараясь соблюдать почти дипломатический такт, нарком пишет: «Академия в ходе своих работ уже сама близко подошла к границам народно-хозяйственной области, причем не всегда оставляла эти границы неперейденными». Луначарский никак не посягает на суверенность академии в постановке и решении научных задач и отдает должное этому «высшему в России представителю чистой теоретической науки». Однако он тут же подчеркивает, что академия сама взяла на себя почин и попыталась «установить живую связь между наукой, техникой и промышленностью». Поэтому сегодня особенно остро встает вопрос о необходимости разработки существенных для промышленности и экономики проблем. Все это свидетельствует о том, что «отдаленность области настоящих работ академии от задач экономического изучения России на деле меньше, чем это может показаться с первого взгляда». Заканчивает письмо Луначарский словами: «В тяжелой обстановке наших дней, быть может, только высокому авторитету Академии наук с ее традицией чистой независимости научности удалось бы, преодолев все трудности, сгруппировать вокруг этого большого научного дела ученые силы страны».
Карпинский в ответном письме Луначарскому подчеркнул роль академии в объединении научных сил и рассмотрел формы их возможного сотрудничества с новым государством. Учитывая дух времени и противопоставляя свой взгляд вульгаризаторам науки и революционным экстремистам, президент утверждает и отстаивает высокий статус интеллигенции и общенародную значимость ее труда, подчеркивает ложность понимания «труда квалифицированного как труда привилегированного, антидемократического», считает, что подобные представления вредны и ложатся «тяжелой гранью между массами и работниками мысли и науки».
Позже В. Маяковский будет бороться за правильное и достойное «место поэта в рабочем строю», доказывая: «мой труд всякому труду родственен». Сегодня об этом пишет ученый. Острота проблемы «интеллигенция и революция», борьба за достоинство интеллигенции и за ее народный статус чувствуются в письме президента академии.
Карпинский решительно утверждает, что пагубно отождествлять научную работу с барством, необходима борьба с этими представлениями и создание для русской науки нормальных условий существования. За этими словами президента стоит его возмущение уплотнениями, жилищными и бытовыми притеснениями. Президент академии решительно отвергает социальную практику конфискаций и обложений. В его письме возражения против повинностей, которые несправедливо возлагались на представителей науки борцами с «угнетателями» и иными ревнителями решительных революционных действий.
Луначарский с удивительной проницательностью строит стратегию взаимодействия революции и науки. Президент оказывается достойным партнером в отношениях с наркомом и на его дальновидную государственную дипломатию отвечает академической мудростью и социальной прозорливостью. И только после того, как нарком принципиально поставил вопрос об интересах научной интеллигенции, президент формулирует те мысли, которых от него ждали: «Чистая наука должна войти в тесное общение с техникой и прикладным знанием вообще… Это является истинным залогом настоящего, глубокого использования сил природы и сил человека для создания новой, улучшенной во всех отношениях жизни». Президент призывает бороться с уже произошедшими, по его мнению, утратами в преемственности традиций и потерями в культурных ценностях. Эти утраты он оценивает как «несчастье русской жизни». И снова можно подивиться прозорливости президента, который в преддверии разгула пролеткультовского нигилизма по отношению к классическим традициям предупреждает об опасности разрыва с предшествующей культурой.
Наркомпрос выказал себя как орган нового государства, нацеленный на организацию партнерского сотрудничества академии с государством. Президент понимал необходимость такого сотрудничества и стремился к конкретным решениям: «Долголетний опыт убеждает Академию в необходимости начинать с определенных реальных работ, расширяя их затем по мере выяснения дела». Эта формула позволяет академии, отвечая на важнейшие народно-хозяйственные нужды и выполняя социальный заказ государства, сохранять известную долю суверенитета в постановке и решении научных проблем.