Прежде всего, Лопатинский резко разграничивает мир материальный и мир нематериальных сущностей (отсюда жесткое разделение курса на “физику” и “метафизику”). Материальный мир принципиально постижим, информация, которую дают нам органы чувств, объективна и достоверна. Количество материи постоянно: “Первоматерию нельзя никогда ни создать, ни разрушить, также ни увеличить, ни уменьшить, ту, которую создал Бог в начале мира, и какой и в каком количестве создана, такою остается до сих пор и будет оставаться всегда”. Позволим себе заметить: это тот самый “закон сохранения материи”, открытие которого приписывают, в частности, Ломоносову и который (как теоретический принцип) на самом деле известен с древнейших времен. При этом в отличие от томистов (последователей Фомы Аквинского), полагавших, что материя получает свою сущность от формы (которая носит идеальный характер), Лопатинский, как и другой русский религиозный мыслитель той поры, местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, приписывал материи самостоятельное бытие. Свойства материи определяются соотношениями четырех элементов: теплоты, сухости, холода и влажности.
В курсе Лопатинского излагались (критически, но довольно подробно) взгляды мыслителей-атомистов, которые сам преподаватель частично разделял. Однако признавая, что “тело разлагается на корпускулы, которые представляют собой очень маленькие частички того или иного вида”, он, как и Прокопович и их учителя из Киево-Могилянской академии, изменения материи объяснял не движением корпускул, а изменением соотношения элементов. Рассказывал Лопатинский и про гелиоцентрическую систему. Для него это была лишь спорная гипотеза. Сам он не был сторонником идей Коперника, как Прокопович; скорее, он стоял на точке зрения Тихо Браге: признавал практические выводы из учения Коперника и его последователей, но не само учение.
Одной из проблем, занимавших Лопатинского, была проблема движения. Почему движется брошенный камень? Сам бросающий его человек не может быть непосредственной причиной движения. Ведь этого человека могут через секунду убить – а камень все равно продолжит полет. Может быть, его подталкивают частицы воздуха (как считали многие древние мыслители, в том числе перипатетики, последователи Аристотеля)? Но почему же летит камень, брошенный против сильного ветра? В конце концов Лопатинский, вслед за У. Оккамом, Ж. Буриданом и некоторыми другими средневековыми философами, пришел к выводу, что бросающий придает бросаемому предмету “особое свойство”, под влиянием которого тело и продолжает движение.
Конечно, все это выглядело наивно уже с точки зрения физики XVIII века. Лопатинский ничего или почти ничего не знал про Декарта, Ньютона, Лейбница. Но с нынешней точки зрения и передовая физика XVIII века иногда кажется почти такой же наивной. Многие проблемы, которые заботили зрелого Ломоносова, многие концепции, которые он разделял, мало, на нынешний взгляд, отличаются от проблем, заботивших средневековых схоластов, от концепций, ими исповедовавшихся. Выходец из средневековой школы, он лишь наполовину был человеком Нового времени – как и почти все его сверстники (не только в России, но и на Западе).
Многие современники Ломоносова часто нелестно высказывались о Славяно-греко-латинской академии.
Шведский ученый Карл Рейнхольд Берк, приезжавший в 1735 году в Петербург, характеризует ее – со слов своих русских знакомых – так: “Тамошние профессора – дрянные, не способные научить слушателей чему-либо помимо кое-какой кухонной латыни, новогреческого языка (ибо лишь немногие из них сами в состоянии разобрать Новый Завет) и кучи вздора из схоластической логики”. А вот как отзывается о Спасских школах В. Н. Татищев: “Язык латинский у них несовершенен… Философы их куда лучше, чем в аптекарские ученики, не годятся. ‹…› Физика их состоит в одних званиях и именах, новой же и довольной, как Картезий, Малебранш и другие изрядно преобъяснили, не знают. ‹…› И тако в сем училище, не шляхтичу, но подлому учить нечего, паче же во оной больше подлости, то шляхтичу и учиться не безвредно”.
Конечно, эти оценки пристрастны. Разрыв между “шляхетным” и “семинарским” типами образованности только намечался. Дворяне учились актуальному, семинаристы или бывшие семинаристы – фундаментальным знаниям: тому, что считалось фундаментальным в данную эпоху. Борьба этих двух социально-образовательных типов пронизывает всю историю русской культуры XVIII–XIX веков, вплоть до эпохи Фета и Чернышевского. Беда в том, что в 1720-е, да еще и в 1740-е годы ни “шляхтичи”, ни “поповичи” особенно учиться не хотели. На этом фоне Спасские школы были действительно светлым явлением: там хоть кто-то всерьез учился хоть чему-то.