7 октября 1764 года Шлецер обратился в Академическое собрание с запиской, в которой содержалась просьба об увольнении от службы на выгодных условиях. Если раньше он адресовался в Канцелярию (где, кроме Тауберта, числился и Ломоносов), то теперь он просит всех петербургских академиков быть судьями в его деле. Доколе? — вопрошает он. — Доколе будет продолжаться то двусмысленное (если не бессмысленное) положение, в котором он пребывает вот уже два года. Его выписали из Геттингена в Россию, пообещав создать все условия для работы. Вместо этого он на каждом шагу встречает противодействие со стороны недоброжелателей, как будто задавшихся целью не дать ему выполнить то, ради чего он и приехал в Петербург. «Я говорю об истории России, — восклицал Шлецер, — для написания которой я был призван в Россию и причислен президентом к числу вашему». Как в России, так и в предполагаемом путешествии на Ближний Восток (замысел этот еще не оставлен) Шлецер преследует прежде всего научные цели и сам как бы поражается своему бескорыстию: «Поверьте мне, поверьте памяти прошлых времен, что не найдется такого человека, который, не пользуясь никакой поддержкой государства, не поощряемый никаким вознаграждением из царских рук, решился бы посвятить лучшие годы возмужалости путешествиям в отдаленнейшие земли для собирания там рассеянных искр нового света».
Шлецер репетировал ультиматум. Ломоносов остался верен себе и в письменном мнении, поданном в Академическое собрание, отозвался о записке Шлецера так: «Сия плачевная просьба у незнающих сожаление, а у сведующих о деле смех произвести долженствует, затем что составлена по ложным основаниям и наполнена гнусным самохвальством». По мнению Ломоносова, Шлецер «ничего не потерял», ибо все это время получал жалованье. «Что ж надлежит до его освобождения, — заключал Ломоносов, — то я всегда готов и желаю дать ему полную волю на все четыре стороны, а паче на восток для собрания там (как он пишет) еще достальных искор (алмазных ли или каких других, неясно) и оными обогатиться паче всех ювелиров, а не гоняться бы, как здесь, за пустыми блестками». Академическое собрание, не приняв никакого решения по записке Шлецера, предложило ему обратиться в Канцелярию.
Уже на следующий день Шлецер подал в Канцелярию просьбу, аналогичную той, которая накануне была подана в Академическое собрание, — об увольнении и о выдаче, наконец, заграничного паспорта. Разница была только в том, что теперь его записка была в несколько раз короче. В сущности, это и был ультиматум, который заканчивался словами: «Ежели же Канцелярия Академии наук и теперь не изволит удовольствовать ответом на толь справедливое мое прошение, то я принужден буду принять последние меры, которые утесняемой невинности одни остаются, чтоб принесть беспосредственно свои жалобы перед великою монархинею, которая почитает правосудие, защищает иностранных, любит науки и упражняющихся в оных».
После этого Шлецер уже не обращался ни в Канцелярию, ни в Академическое собрание. Вплоть до конца 1764 года он был занят поисками подходов к Екатерине II. Огромную помощь в этом ему оказал незаметный вроде бы придворный И. И. Козлов (между прочим, приятель Тауберта еще по Академической гимназии), легко сумевший склонить императрицу на сторону Шлецера, поведав о его злоключениях в Академии. Екатерина прониклась сочувствием к Шлецеру и взяла его под свою защиту.
Шлецер представил на рассмотрение Екатерины план своей дальнейшей деятельности в двух вариантах. В первом варианте предполагалось путешествие на Восток для собирания сведений на предмет установления торгово-экономических отношений России с восточными странами, а также в Италию на предмет отыскания славянских материалов в ватиканском архиве. Второй вариант (положительно оцененный Екатериной) предусматривал занятия исключительно по русской истории. Здесь Шлецер исходил из того, что Запад пребывает в полном невежестве относительно русской истории. Пора покончить с этим. Необходимо издать летопись Нестора в переводе на латинский язык с добротными примечаниями, чтобы западноевропейские ученые могли ознакомиться с нею. Далее следует издать сокращенное, научно-достоверное повествование о древней русской истории на немецком и французском языках, которое стало бы заметным на Западе. Шлецер готов был сделать уступку и доморощенным русским историкам, наметив даже издание «Истории Российской» Татищева в сокращении. Кроме того, намеревался продолжить работу над «Русской грамматикой», а также составить русско-латинский этимологический словарь.