Выбрав момент, когда президент был в отъезде, 2 июля 1764 года Ломоносов направил в Сенат представление следующего содержания: «Уведомился я, что находящийся здесь при переводах адъюнкт Шлецер с позволения статского советника Тауберта переписал многие исторические известия, еще не изданные в свет, находящиеся в библиотечных манускриптах, на что он и писчика нарочного содержит. А как известно, что оный Шлецер отъезжает за море и оные манускрипты, конечно, вывезет с собою для издания по своему произволению, известно ж, что и здесь издаваемые о России чрез иностранных известия не всегда без пороку и без ошибок... того ради сим всепокорнейше представляю, не соблаговолено ли будет принять в рассуждении сего предосторожности».
Скорее всего Ломоносов отнес это представление в Сенат самолично, так как уже на следующий день, 3 июля, в Академической канцелярии был получен сенатский указ, чтобы «у объявленного Шлецера, ежели по вышеписанному представлению исторические известия, не изданные в свет, найдутся, все отобрать немедленно». Кроме того, в Коллегию иностранных дел было направлено предписание не выпускать Шлецера за границу.
В этой более чем тревожной ситуации покровитель Шлецера Тауберт проявил чудеса изобретательности и оперативности. «3 июля 1764 года, рано утром, — вспоминал потом Шлецер, — едва я только встал, на нашем дворе остановилась гремящая карета. В мою комнату врывается Тауберт и тоном ошеломленного человека требует, чтобы я как можно скорее собрал все рукописи, которые получил от него... Всю эту груду бумаг лакей бросил в карету — и Тауберт уехал». Если учесть, что все происходило в субботу, то поведение Тауберта вряд ли можно назвать спешкой «ошеломленного человека» — это была именно оперативность человека делового (хотя и взволнованного), который вместо того, чтобы выполнить сенатский указ в субботу, употребил этот день на то, чтобы замести следы. Теперь у него со Шлецером в запасе было еще и воскресенье, чтобы уж совсем спрятать концы в воду. А уж в понедельник 5 июля можно было и доложить в Канцелярии об указе Сената, и составить соответствующее определение, и начать принимать меры по отношению к Шлецеру, которому, впрочем, теперь ничто не угрожало. Ему было предложено ответить на несколько вопросов. Они были такими легкими, вспоминал Шлецер, «как будто спрашивающий имел намерение доставить мне возможность торжествовать». 6 июля Шлецер направил в Канцелярию свои «торжествующие» ответы, из которых выходило, что он ни в чем не виноват и что обвинения, подобные предъявленным ему, оскорбляют его «горячее усердие к службе ее императорского величества».
Но Ломоносов и не подумал успокоиться. Новую атаку на Шлецера он обрушил в связи с его «Русской грамматикой». В своих мемуарах Шлецер вспоминал, что уже в первые месяцы по приезде в Петербург он часто вел разговоры с Таубертом о «Российской грамматике» Ломоносова, находя в ней «множество неестественных правил и бесполезных подробностей». В начале 1763 года Тауберт предложил Шлецеру самому написать грамматическое руководство по русскому языку. Тот согласился и управился за четыре месяца. В мае 1763 года был отпечатан первый лист, а в июле 1764 года — уже одиннадцать листов. Все это производилось втайне от Ломоносова. На роль автора нашли подставное лицо — иностранного корректора академической типографии И.-Ф. Гейльмана. Такая секретность объяснялась не только тем, что само имя Шлецера действовало на Ломоносова раздражающе, но еще и тем, что в «Русской грамматике» (хотя она и была полна примеров из ломоносовской «Российской грамматики») проводилась идея зависимости русского языка от немецкого, подтверждением чему должны были служить сразу ставшие знаменитыми этимологии Шлецера (например, слово «князь» происходит от немецкого Knecht, что может означать даже «холоп» и др.). И все-таки, несмотря на таинственность, которой было окружено печатание «Русской грамматики» Шлецера, Ломоносов в июле 1764 года дознался о ней и, прочитав, нашел в ней «множество несносных погрешностей» и «досадительные россиянам мнения». В результате печатание было приостановлено, а уже готовые листы были уничтожены (по свидетельству Шлецера, уцелело лишь шесть комплектов).
Тем не менее «Русская грамматика» Шлецера произвела впечатление в обществе. «Мое имя, — вспоминал он, — произносили тысячи уст, которые без того никогда бы его не произнесли. На всех обедах только и говорили о князе, кнехте и обо мне». Однако ж все это если и льстило самолюбию Шлецера, то лишь отчасти. Главный вопрос оставался открытым: сделают ли его профессором до отъезда в Германию?