Во время путешествия Локка по недавно открытому каналу Дю Миди между Тулузой и Аженом с ним произошел инцидент — «огромный столб в лодке упал мне на голову». Но ко времени возвращения в Париж, где в опере Локк увидел Людовика XIV с королевой, он уже поправился.
Ему вновь представился случай на практике применить свои (до сих пор любительские) знания в медицине. Жена британского посла находилась в полубезумном состоянии, вызванном зубной болью.
Ее квалифицированный французский врач уже успел бесполезно удалить два совершенно здоровых зуба. Локк обследовал пациентку и поставил диагноз тригеминальная невралгия — очевидно, первый диагноз подобного рода в истории ме дицины. Он прописал сильное слабительное, которое, к общему изумлению, помогло. (Интересно, не был ли Локк и здесь первым, кто применил подобное средство для лечения зубной боли?) Когда в 1679 году Локк вернулся в Англию, страна была охвачена политическим кризисом. Карл II намеревался сделать наследником престола своего брата-католика Джеймса, и Шефтсбери возглавлял парламентскую оппозицию, которая не могла допустить подобного шага. Ранее в связи с этим инцидентом Шефтсбери был заключен в Тауэр, однако к данному моменту он вновь пользовался расположением короля. Он был назначен лордом-председателем Тайного совета и пытался способствовать примирению между королем и Парламентом. В этих условиях Локк послал Шефтсбери работу, озаглавленную
Видимо, его намерения не были ни бесчестными, ни даже благородными — действительно, часто приходится лишь догадываться, а были ли вообще у него какие-либо намерения. В одном из своих писем он говорит о «женитьбе или смерти (что практически одно и то же)». Наконец, в 1682 году он встретил Дамарис Кудворт, девушку 24 лет, дочь оксфордского специалиста по философии Платона. Дамарис была намного умнее всех тех девушек, которых Локк когда-либо встречал. Она могла беседовать с ним на равных. Она была склонна к эмоциональным вспышкам (как в редких случаях и Локк), но также могла понимать чувства других людей. Видимо, она влюбилась в Локка сразу же. Он сохранил свою утонченную привлекательность, хотя из-за болезни оставался худощавым и слабым. Однако Локка интересовала только его обычная манера дружбы по переписке, похожая на китайскую пытку водой. Они писали друг другу стихи и обменивались письмами, называясь Филоклией и Филандером (странный выбор в тех обстоятельствах). Филоклия утверждала, что ее род происходит от Кадвалладера, легендарного последнего короля древних бриттов, и Локк называл ее своей «правительницей» (и вновь в этих словах не подразумевалось ничего бестактного). Но вскоре Филоклия его разлюбила, решив, что все, чего она хочет, — это дружба. Вследствие этого, по логике фарса, каким были чувства в эпоху Реставрации, Локк обнаружил, что на этот раз он в нее влюбился.
Между тем в Лондоне Шефтсбери предстал перед судом, но был оправдан благосклонными к нему присяжными. Чтобы спасти свою жизнь, он без промедления бежал в Голландию (где через год умер от «подагры желудка», болезни, достойной Локка). В самой же Англии все, кто был связан с Шефтсбери, находились теперь под подозрением.
Локк также был в опасности. Он понял, что в Оксфорде за ним наблюдают сыщики. Один из сыщиков отмечал в своем отчете: «Джон Локк ведет хитрый, непонятный образ жизни». Наконец, вся та скрытность, которая сопровождала Локка всю жизнь, пришлась очень кстати. Профессиональные сыщики не смогли стать достойными хитроумного философа противниками, и Локк вскоре ускользнул от них, уехав в Голландию. Он сделал это весьма своевременно. Король немедленно снял Локка с занимаемой им в колледже Христовой церкви должности, включил его в список восьмидесяти четырех изменников и направил голландскому правительству запрос об его экстрадиции.
Локк был вынужден скрываться в Гааге.
В это время Локк узнал, что Дамарис Кудворт вышла замуж за вдовца из Северной Англии по имени сэр Френсис Мешэм. Трудно понять, что в действительности чувствовал Локк в этот момент.