На одном из заседаний кабинета, когда Линкольн поднял вопрос о передвижениях по службе и попытках выдвинуть новых генералов, он, по рассказу Мак-Клюра, сказал: «Я думаю, что нам лучше подождать; быть может, наконец, появится настоящий боевой генерал, и тогда мы будем счастливы. Если мы в этой неразберихе будем к тому же перемещать людей, мы перепутаем все еще хуже».
На полях Мэриленда стояла желтая спелая пшеница. Ли и Джексон знали, что этим хлебом они могут накормить свои армии. Они двинули через Потомак свои полки в сером, состоявшие из оборванных, со стертыми ногами солдат, которые, как убедился весь мир, умели хорошо сражаться.
Мак-Клеллан со своей армией двинулся навстречу Ли. Он чувствовал себя лучше. Три его уволенных генерал-майора были реабилитированы без военного суда и возвращены ему президентом. Мак-Клеллан писал жене: «Я уверен, что правительство сейчас относится ко мне хорошо и доверяет». За все время он не писал еще жене таких хороших слов о правительстве. Его друг президент вопреки большинству кабинета опять поставил его во главе армии.
В Белый дом пришла телеграмма, сообщавшая, что армия конфедератов под командованием Брагга в Кентукки ускользнула от армии Бюэлла, которая должна была сторожить ее. Брагг шел на север по направлению к Цинциннати и Луисвиллу; оба города были в панике. Одетые в серую форму солдаты Кирби Смита также вошли в Кентукки, выгнали законодательное собрание штата из Франкфорта и захватили Лексингтон, родину Мэри Тод-Линкольн.
«Где генерал Брагг?» — запрашивал Линкольн телеграфом нескольких командующих войсками. Он телеграфировал Бюэллу и другим: «Можете ли вы быть уверены, что Брагг со своими войсками не находится сейчас в долине Шенандоа в Виргинии?» Мак-Клеллану, который требовал подкреплений, он телеграфировал, что в его распоряжение передается 21 тысяча солдат под командованием Портера, «я посылаю вам все, что можно собрать».
Джексон Каменная Стена неожиданно напал на союзный гарнизон в Харпере Ферри и взял 11 тысяч пленных. Спустя четыре дня, 17 сентября, армия Мак-Клеллана численностью в 90 тысяч солдат встретилась у ручья Антьетам-крик с армией Ли, которая была наполовину меньше. На пшеничном поле, вокруг маленькой белой церквушки, у каменного моста, на пастбище, изрытом коровьими копытами, бушевал огненный ураган. Генерал Джозеф Хукер, побывавший в самой гуще, рассказывал: «Каждый пшеничный стебель на большей части поля был срезан очень низко, как бы ножом, а убитые лежали рядами в таком же порядке, в каком они стояли несколько минут назад».
Когда бой закончился, потери каждой стороны составляли 12 тысяч человек. Ли перешел обратно через Потомак на юг. Однако Мак-Клеллан не последовал за ним, хотя его шансы на уничтожение армии конфедератов Лонгстрит оценивал следующим образом: «Мы потерпели такое поражение, что к концу дня десять тысяч свежих войск северян могли бы захватить армию Ли и все, что у нее было. Но МакКлеллан не знал этого». У Мак-Клеллана было два солдата против каждого солдата противника, он имел полный перевес в артиллерии, ружьях и снабжении. В армии Мак-Клеллана на поверке откликнулось 93 тысячи человек, в то время как Ли вошел в долину Шенандоа с армией менее 40 тысяч.
Спустя десять дней после битвы у Антьетама Мак-Клеллан писал жене: «До сих пор я не услышал ни одного слова из Вашингтона по поводу битвы у Антьетама… кроме письма президента в следующих замечательных выражениях: «Получил ваше сообщение. Благослови вас бог и всех, кто с вами! Не можете ли вы уничтожить их раньше, чем они уйдут?» Ради своих собственных целей и личного удовлетворения Мак-Клеллан неправильно процитировал письмо президента. На самом деле Линкольн написал: «Благослови вас бог и всех, кто с вами. Если возможно, уничтожьте мятежную армию».
Конгрессмен Уильям Келли из Питсбурга явился в Белый дом и обсуждал с Линкольном сведения о том, что у Мак-Клеллана имелся резервный корпус в 30 тысяч человек под командованием Портера. Этот корпус совсем не вступал в бой и сохранил полностью все боеприпасы к концу битвы.
По словам Келли, Линкольн был медлителен и осторожен, когда сказал: «Я теперь сильнее в отношении потомакской армии, чем Мак-Клеллан. Верховенство гражданской власти восстановлено, и президент опять является хозяином положения. Войска знают, что если я допустил ошибку, заменив МакКлеллана Поупом, я сумел ее исправить, опять доверившись ему. Они знают также, что ни я, ни Стентон ничего не забирали у него в битве при Антьетаме и что виновато не правительство, а их бывший кумир, который, понеся огромные потери, не использовал всех имевшихся у него возможностей для разгрома противника и закончил великую битву вничью, в то время как если бы он бросил свежий корпус Портера и другие имевшиеся войска на армию Ли, он обязательно сбросил бы его армию, отступавшую в полном беспорядке, в реку и захватил бы большую ее часть еще до захода солнца».