С 18 по 20 октября главные силы японского флота перебазировались в бухту Бруней (остров Борнео). "Конго" и "Харуна" вошли в составе соединения "А" (вице-адмирал Т. Курита). Их приписали к группе "А", в которую также вошли тяжелые крейсера "Кумано", "Судзуя", "Тоне", "Тикума", легкий крейсер "Яхаги" и шесть эсминцев. Перед ними шла группа "В", в которую вошли линкоры "Ямато", "Мусаси", "Нагато", тяжелые крейсера "Атаго", "Такао", "Майя", "Текай", "Миоко" и "Хагуро". 23 октября 1944 годы корабли Куриты были атакованы американскими подводными лодками, которые потопили два тяжелых крейсера, а один повредили. Затем начались массовые атаки американской авиации. Соединение лишилось одного из двух сверхлинкоров "Мусаси", ряд кораблей были повреждены. "Конго" в очередной раз повезло, он остался невредимым.
В ночь с 24 на 25 октября корабли Императорского флота прошли проливом Сан-Бернардино, оставшимся без охраны из-за серии ошибок американского командования. 25 октября соединение Куриты атаковали американские эскортные авианосцы из состава OG-77.4. "Конго" потопил американский эсминец "Хоэл" (DD- 533). В бою с американскими кораблями он получил попадание 15 127-мм снарядов в надстройки. Вскоре адмирал Т. Курита, обеспокоенный активными действиями американских эсминцев и авиации, приказал отходить. Отход сопровождался потерями. 28 октября остатки соединения "А" прибыли в бухту Бруней. Сразу же был пополнен запас топлива, а 8 ноября из Метрополии пришли авианосец и легкий крейсер, доставившие боеприпасы. "Конго" в составе соединения прикрывал прорыв кораблей в Манилу. 15 ноября в состав 3-й бригады линкоров был включен линкор "Нагато". 16 ноября корабли, стоявшие в Брунее, были атакованы американской армейской авиацией. В 18 ч 30 мин в море вышли линейные корабли "Ямато", "Нагато", "Конго", легкий крейсер "Яхаги" и четыре эсминца. На переходе охранение усилили двумя эскортными авианосцами.
Первые дни перехода прошли без происшествий. 20 ноября японские корабли прошли Формозский пролив и траверз Пескадорских островов. Шли без противолодочного зигзага из-за экономии топлива.
21 ноября 1944 года в 0 ч 20 мин оператор радиолокационной станции американской подводной лодка "Си лайон" (SS-315)[* Ее часто называют "Си лайон II", так как она была названа в честь лодки, погибшей 25 декабря 1941 года на верфи Кавите на Филиппинах.] заметил на своем экране отметку о цели. Погода была прекрасной. Командир подводной лодки начал преследование, в действие были введены все четыре дизеля. Вскоре оператор доложил об отметках четырех целей. Определены они были как 2 тяжелых крейсера и 2 линкора.
Фактически строй японского соединения был следующим: головным шел "Конго" (американцы считали, что тяжелый крейсер), затем два линкора, строй замыкал легкий крейсер "Яхаги" (скорость соединения 16 узлов). В 01 ч 46 мин оператор радиолокационной станции доложил о трех кораблях охранения. Погода начала портиться, но преследование продолжалось.
В 2 ч 45 мин скорость подводной лодки была уменьшена. Вскоре находившиеся в рубке "Си лайона" увидели массивную надстройку "Конго". Примерно в то же время была установлена глубина хода торпед – 8 футов и через несколько минут произведен шеститорпедный залп из носовых аппаратов. После залпа лодка начала маневрирование для атаки из кормовых аппаратов. В 3 ч ночи лодка произвела трехторпедный залп. В 3 ч 1 мин американские подводники зафиксировали три взрыва у головного корабля. Сигнальщики с "Ямато" видели 2 взрыва. В 3 ч 4 мин на "Си лайоне" зафиксировали сильный взрыв и выброс пламени на втором линкоре. На самом деле жертвой торпеды стал эсминец "Ураказе", погибший со всем экипажем.
П оложение "Конго" было тяжелым, затопило котельные отделения № 6 и № 8, крен достигал 15° на левый борт. "Си лайон" продолжала преследование. Японское соединение разделилось на две части – "Нагато", "Ямато", "Яхаги" и один эсминец – продолжило переход. С поврежденным "Конго" остались два эсминца.
"Конго" продолжал двигаться со скоростью 11 узлов, и "Си лайон" вернулась и начала второй выход в атаку. В 5 ч 20 мин "Конго" остановился. Примерно в это же время оператор радиолокационной станции американской подводной лодки доложил на мостик, что отметка цели стала меньше. В 5 ч 24 мин раздался сильный взрыв и отметка пропала с экранов радиолокационной станции. Японский линейный корабль затонул после взрыва погребов боезапаса. Вместе с кораблем погибло 1200 человек, в том числе командир 3-й дивизии линкоров и командир корабля. Эсминцы подобрали в штормовом море 237 человек и доставили их в Куре.
Место гибели "Конго" – точка с координатами 26°09'N, 121°23'Е, в 60 милях севернее Имлинга (остров Формоза). 20 января 1945 года корабль вычеркнули из списков флота.
Действия подводной лодки «Си лайон 2» против линейного корабля «Конго»