В августе 1939 г. политическая обстановка в мире резко осложнилась, и Королевский флот начал мобилизацию. Экипаж пополнился резервистами, на берег сдали все ненужное в военное время имущество.
13 августа “Худ” (флаг вице-адмирала Уитворта) перешёл в Скапа-Флоу, где его ввели в состав флота Метрополии. В последние предвоенные дни, 20-28 августа, крейсер патрулировал в водах между Северной Шотландией и Норвегией, 29 августа для пополнения запасов топлива прибыл в Розайт, а 30 августа перешёл в Инвергордон.
Известие о нападении Германии на Польшу 1 сентября 1939 г. застало “Худ” в море во время патрулирования. 3 сентября Англия объявила войну Германии. В самом начале второй мировой войны, с 7 по 12 сентября, “Худ” совместно с “Ринауном”, крейсерами “Белфаст” и “Эдинбург” и четырьмя эсминцами патрулировал между Исландией и Фарёрскими островами с целью обеспечения морской блокады Германии и перехвата возвращающихся немецких торговых судов. Выход окончился безрезультатно.
22-23 сентября “Худ” в качестве прикрытия вышел из Скапа-Флоу для проведения операции в районе пролива Скагеррак, но проведение операции сорвалось.
25 сентября “Худ” совместно с “Рипалсом”, линкорами "Нельсон”, “Родней” и авианосцем “Арк Ройял” прикрывали возвращение на базу получившей повреждения подводной лодки “Спирфиш”. 26 сентября “Худ” во время атаки четырёх самолётов Ю-88 получил попадание авиабомбы. Не разорвавшись, бомба скользнула по кормовой части левого буля, оставив на нём вмятину, и отрекошетила в воду.
8 октября 1939 г. “Худ” совместно с “Рипалсом”, крейсерами “Орора” и "Шеффилд" и четырьмя эсминцами направился в район в 50 милях к северо-западу от Статландета (Норвегия) для поиска германского линкора “Гнейзенау” и легкого крейсера “Кёльн”. Во время похода английские корабли атаковала немецкая авиация в составе 127 Не-111 и 21 Ю-88. После безрезультатного поиска 10 октября соединение вернулось в Скапа-Флоу.
23 октября “Худ” совместно с линкорами "Нельсон”, “Родней” и шестью эсминцами эскортировал конвой в составе нескольких норвежских транспортов с грузом железной руды из Нарвика в Великобританию. Конвоирование продолжалось до района Лофотенских островов и прошло успешно. 31 октября конвой без потерь прибыл к месту назначения, а эскадра вернулась в устье реки Клайд, где “Худ” посетил первый морской лорд Черчилль. Затем крейсер перешёл в Плимут.
С 1 по 24 ноября 1939 г. на верфи в Плимуте на “Худе" провели текущий ремонт энергетической установки. 25 ноября поступило сообщение о нападении на атлантический конвой немецких линкоров “Шарнхорст” и “Гнейзеиау” и о потоплении ими вспомогательного крейсера “Роуалпинди”. Ремонт срочно прервали. “Худ” немедленно вышел в море на рандеву у Бреста с французской эскадрой в составе линкора “Дюнкерк” под флагом французского адмирала Жеисоля, лёгких крейсеров “Жерж Леги”, “Монткальм” и двух эсминцев. Это был первый случай, когда “Худ” не являлся флагманским кораблём соединения, в которое он входил, что для его экипажа было очень непривычно. 3 декабря 1939 г. крейсер вернулся в бухту Лох-Ю, так и не встретив кораблей противника.
13 декабря “Худ” совместно с линкорами “Бархем”, “Уорспайт” и шестью эсминцами вышел из Клайда для эскортирования первого войскового конвоя из Канады в Великобританию в составе пяти океанских лайнеров с 7450 офицерами и солдатами 1-й канадской дивизии. 15 декабря корабли эскорта вернулись в Клайд.
С 1 по 7 января 1940 г. “Худ” осуществлял патрулирование в море, с 8 по 15 января находился на стоянке в базе Гринок, с 16 по 24 января снова проводил патрулирование, с 25 января по 6 февраля опять был на стоянке в базе Гринок, а 7 февраля вышел в море для прикрытия очередного конвоя с канадскими войсками.
7 марта 1940 г. “Худ” совместно с линкором “Вэлиэнт” перешёл в Скапа-Флоу. Здесь 9 марта крейсер повторно посетил первый лорд Адмиралтейства Черчилль.
Первый боевой опыт войны выявил необходимость некоторых изменений в вооружении корабля, которые провели в период очередного текущего ремонта на верфи в Девонпорте (по другим данным, на местной верфи в Скапа-Флоу) с 29 марта по 27 мая. С крейсера сияли все 140- мм орудия. Одно из этих орудий установили в системе береговой обороны в Товшерне на Оркнейских островах (оно находилось там ещё в 1970-х годах). На спардеке дополнительно установили три установки спаренных 102- мм зенитных “универсалок" образца Mk.XVI. Одну в самом конце спардека перед орудийной башней “X”, две побортно за кормовой надстройкой.