12 сентября на самолете в Ленинград прибыл генерал армии Жуков. На аэродроме его никто не встретил. В Смольном караульные заставили ждать. Сталин был настолько раздражен руководством города, что не предупредил о смене командующего Ленинградским фронтом. Ворошилов проводил в Смольном очередное совещание, когда в кабинет внезапно вошел Жуков. К вечеру он взял руководство Ленинградским фронтом на себя.
Штаб фронта располагался в парке Лесотехнической академии. Целая система блиндажей, надземных, подземных сооружений. Рассказывают, когда в 1941-м Жуков впервые прибыл сюда, его удивило количество охраны. «Мне охрана не нужна, — сказал он — всех на фронт».
Некоторые историки писали, что Жуков первым делом отменил минирование города и флота. Мол, город нужно защищать, а не взрывать. Но это всего лишь легенда. Ленинградские рабочие трудились на заминированных заводах до 1944 года.
20 сентября начальник особого отдела Балтийского флота докладывал Жукову: «Подготовка спецоперации проходит неорганизованно, офицеры флота относятся к ней отрицательно. Моряки говорят, что Ленинград готовят к сдаче». Особист перечислил имена. Жуков написал на донесении: «Срочно расследовать, арестовать провокаторов. Доложите, почему такая ответственная работа проходит преступно плохо».
Жуков начал свое командование в Ленинграде с введения заградотрядов и драконовских приказов. Приказ Жукова войскам Ленинградского фронта от 17 сентября 1941 года: «Учитывая особо важное значение в обороне южной части Ленинграда рубежа Лигово — Колпино, Военный совет Ленинградского фронта приказывает: объявить всему командному, политическому и рядовому составу, что за оставление без письменного приказа указанного рубежа все командиры, политработники и бойцы подлежат немедленному расстрелу».
Из приказа Жукова войскам Ленинградского фронта: «За трусость и дезертирство с поля боя расстрелять перед строем: помощника командира 1-го полка 1-й дивизии народного ополчения, который прибыл в Ленинград с группой военнослужащих в 34 человека, как вышедшей из окружения, и распустил всю группу по домам».
В те дни, когда город был наполнен дезертирами, деморализованными солдатами и офицерами, вышедшими из окружения, такая жестокость, возможно, была необходима для наведения элементарного порядка. Она придавала стойкость обороне, но не могла помочь наступательным операциям.
Один из главных резервов Жукова — Балтийский флот. Из моряков, курсантов и частей НКВД сформировали 6 стрелковых бригад. Корабельные орудия создали артиллерийскую завесу перед наступающим противником. Зенитки вывели на прямую наводку. Германские войска теперь встречал ураган огня.
Крупнокалиберные орудия форта Красная Горка на южном берегу Финского залива близ поселка Лебяжье позволили советским войскам сохранить в своих руках огромный плацдарм площадью 1000 квадратных километров, так называемый Ораниенбаумский пятачок. Он постоянно приковывал 3–4 немецкие дивизии, но все попытки его уничтожить были тщетными. И 27 сентября немцы перешли на этом участке к позиционной обороне.