В университете поначалу Владимир старался вести себя осмотрительно и благоразумно — понимал, что носит фамилию, которая из-за истории с Александром приобрела печальную известность. Он знал, что за ним пристально следят, и старался быть образцовым студентом. Кроме того, он обещал матери не привлекать к себе внимание со стороны университетского начальства. Но жизнь распорядилась по-своему, и вскоре все его намерения пошли прахом. Министр просвещения, считая университеты рассадниками инакомыслия и бунта, решил изгнать из университетов либерально настроенных профессоров и распустить студенческие братства, по традиции объединявшие студентов — выходцев из одной губернии. По всей России среди студентов вспыхнуло недовольство. 16 декабря студенты Казанского университета собрались, чтобы выразить свой протест против введенных министром мер. На сходке была зачитана петиция. Составлена она была в самой почтительной форме. На сходке во множестве сновали тайные агенты полиции — им было поручено записывать фамилии присутствующих. Среди прочих ими был замечен и Владимир Ульянов. Донесли, что он стоял в самом первом ряду, мало того — со сжатыми кулаками. На сходке Владимир не произнес ни слова, но уже одно его присутствие расценили как своего рода подстрекательство к бунту. В ту же ночь он был арестован в числе тридцати девяти других студентов и доставлен в полицейский участок. Существует история, возможно, апокрифическая, будто по дороге в участок офицер полиции, обратившись к Владимиру, спросил его: «Что толку бунтовать, молодой человек? Разве вы не видите, что перед вами каменная стена?» — «Да, стена, — якобы ответил ему на это Владимир, — но она насквозь гнилая, ткни ее хорошенько, и она развалится».
В тюрьме его продержали несколько дней, из университета он был исключен. Так и закончилось его университетское образование, — через каких-нибудь три месяца после поступления в Казанский университет. Он был братом Александра Ульянова, а потому на особом счету у полиции. Дело не кончилось только исключением из университета; ему было предписано уехать из Казани. По просьбе матери Владимир получил разрешение поселиться в имении Кокушкино, где безвыездно жила находившаяся под наблюдением полиции его сестра Анна.
Как ни старался Владимир не привлекать к себе внимание университетского начальства, сыщики намеренно впутали его в историю и раздули дело. Несколько месяцев спустя, когда Владимир подал прошение о восстановлении его в университете, на стол ректора легло донесение полиции о преступной деятельности Владимира Ульянова. Документ этот мало убедителен; составителям его пришлось немало потрудиться, чтобы обосновать мотивы, по которым студент был взят под стражу. В нем говорилось:
«В течение недолгого пребывания в университете он был замечен в проявлениях скрытности, невнимательности и даже грубости. Еще дня за два до сходки подал повод подозревать его в подготовлении чего-то нехорошего: проводил время в курильной, беседуя с Зегрждой, Ладыгиным и другими, уходил домой и снова возвращался, принося по просьбе других что-то с собой и вообще о чем-то шушукаясь; 4-го же декабря бросился в актовый зал в первой партии, и вместе с Полянским первыми неслись по коридору 2-го этажа. Ввиду исключительных обстоятельств, в которых находится семья Ульянова, такое отношение его на сходке дало повод инспекции считать его вполне способным к различного рода противозаконным и даже преступным демонстрациям».
Итак, Владимира объявили виновным, просто припомнив ему покойного брата. По-видимому, к аресту он отнесся философски. Проводя зиму в Кокушкине, он, как и минувшим летом, когда жил в Казани, жадно читал, заимствуя книги из окрестных библиотек. Ему регулярно приходили коробки с книгами из Казанского университета. Кроме того, в доме было полно журналов и книг, принадлежавших еще его деду, Александру Бланку. Многие десятилетия они собирали пыль в их домашней библиотеке. Владимиру присылали книги в таком количестве, что почтальон складывал их в корзину и потом доставлял по адресу. В той же корзине прочитанные книги увозились обратно на почту, а оттуда рассылались по адресам библиотек, из которых они были выписаны. С каждой почтой приходили и газеты.
В Кокушкино приехала и Мария Александровна, чтобы вести в доме хозяйство. Теперь это была поседевшая, грустная женщина, на которой тяжко отразились крушение надежд, связанных с ее детьми, и потери последних лет. Но никогда ни словом, ни видом своим она не позволила себе хоть чуточку дать им понять, что в чем-то их упрекает, винит. Арест Владимира и его исключение из университета явились для нее еще одним сокрушительным ударом в цепи тех, что выпали на ее долю за эти два года. Позже Владимир скажет: «Ее мужеству можно было только дивиться».