Троцкому была дана полная свобода действий. Он волен был как угодно расправиться с восставшей крепостью. 5 марта он прибыл в Петроград и сразу же от имени правительства направил мятежным морякам ультиматум. Он заявил, что, если они не сдадутся, он перестреляет их, как «куропаток». Рабочие Петрограда бурлили, но ЧК была настороже, и Зиновьев, занимавший в городе положение, равносильное власти генерал-губернатора, крепко держал рабочих в узде. По его приказу рабочие, объявившие забастовку в поддержку моряков Кронштадта, были расстреляны. Но даже тогда, когда стало ясно, что советское правительство готово бросить против Кронштадта все силы, моряки продолжали бездействовать. А ведь они могли сравнять с землей артиллерийские батареи под Сестрорецком и в Лисьем Носу; они без труда могли захватить Ораниенбаум; они могли пройти по Неве на военных кораблях и взять штурмом Петроград. В конце концов, они могли ледоколами взломать в заливе лед, чтобы не дать войскам возможности атаковать их с моря. И если бы они знали, что произойдет, возможно, повременили бы с восстанием до той поры, пока не растает лед и крепость станет неприступной. Они сами накликали на себя беду. Семь дней подряд кронштадтские «Известия» занимались тем, что проповедовали пассивную революцию. А на восьмой день Троцкий нанес первый удар.
Открыли огонь береговые батареи. Одновременно с этим по льду Финского залива начали наступление отборные бойцы-коммунисты, одетые в белые маскхалаты с капюшонами. Волна за волной шли на приступ Кронштадта в разгар страшной пурги в своих белых облачениях штурмовые отряды, но их атаки захлебывались под огнем защитников крепости. 8 марта газета «Известия», этот поразительный печатный орган, писала с горечью и болью:
«К вашим невзгодам прибавилась еще и страшная пурга, а темная ночь погрузила все во мрак. И тем не менее коммунистические палачи, которых было не счесть, шли на вас по льду, а с тылу коммунистические бригады грозили пулеметным огнем.
Многие из вас пали в ту ночь на ледяных просторах Финского залива. Когда настал день и буря стихла, от вас осталась лишь жалкая кучка людей, измученных и голодных, которые едва были в состоянии передвигаться; и они брели к нам в своих белых саванах».
День за днем новые и новые войска направлялись на штурм крепости, но моряки сражались с отчаянной храбростью. Коммунисты бросили в бой все свои силы — тут были курсанты-красноармейцы, отряды бойцов из Средней Азии, латышские стрелки, чекисты и войска из всех гарнизонов вокруг Петрограда. Моряки даже не потрудились запастись продовольствием, заранее послав за ним в Ораниенбаум. Они слишком были уверены в победе справедливости и полагались на волю Провидения. Они сражались, как герои, но враг значительно превосходил их силой и был хитрее, а Провидение не смогло защитить тех, кто не побеспокоился о своей судьбе заранее. 16 марта по Кронштадту был нанесен окончательный удар одновременно с трех сторон — с севера, юга и востока. К утру битва была завершена, оставалось только добить недобитых.
Тухачевский, который руководил последней атакой, был поражен отчаянной решимостью защитников крепости драться до последней капли крови, осознавая при этом свою обреченность. «Это был не бой, а ад, — писал он. — Моряки дрались, как дикие звери. Я не могу понять, откуда в них взялась такая бешеная ярость. Каждый дом надо было брать штурмом».
Почти все моряки, уцелевшие в последнем бою, были расстреляны. И лишь немногие, которых едва ли набралось около сотни, спаслись, уйди по льду Финского залива. Кронштадт превратился в пустыню.
Приказ об уничтожении Кронштадта был отдан Лениным. Не терпя полумер, он предложил затопить корабли Балтийского флота — за ненадобностью, поскольку они создавали лишние хлопоты для его государства. Он пояснил, что от моряков все равно было мало толку, что они поглощали огромное количество продуктов и обмундирования, в то время как страна ощущала в этом острую нехватку. Ленин убедил себя в том, что все они были реакционерами, анархистами, меньшевиками и белогвардейцами; что в Кронштадт перекачивали деньги иностранные капиталисты; что мятеж возглавил царский генерал. И все это было неправда. На Х съезде партии, происходившем как раз в тот момент, когда Кронштадт был под огнем, он сам неосторожно проговорился: «Они не хотят белогвардейцев, но и не хотят нашей власти». В результате он утешился тем, что в той битве погибли «всего» тридцать пять тысяч человек. В «Петроградской Правде» Ленин написал, что это был лишь «совершенно ничтожный инцидент», представлявший гораздо меньшую угрозу для советской власти, чем, например, известное восстание ирландцев против Британской империи.