Различие между обеими школами особенно ясно выражается в их отношениях к Св. Писанию, в аллегорическом способе толкования его в Александрийской школе и историко — грамматическом — в Антиохийской. Александрийский богослов, интересуясь идеальным содержанием христианства, его метафизической стороной, когда приступал к Св. Писанию, искал и там всюду этого содержания; буква Писания и историческая действительность, о которой в нем говорится, была для него лишь выражением и символом высшей истины. От идей он переходил к фактам, и последние представлялись ему в свете общих воззрений его на христианство. Богослов антиохийского направления, напротив, находил нужным прежде всего точно установить прямой, ближайший смысл текста Писания и действительную, историческую обстановку событий библейской истории, не отвергая, что за буквой и фактами скрывается высшее содержание. Он хочет идти обратным путем: от точного изучения внешней, фактической стороны к постижению скрывающегося за ней идеального содержания. При толковании, например, пророческих мест Ветхого Завета александриец считал себя вправе прямо влагать в изречения ветхозаветных пророков смысл новозаветный, христианский, исходя из того убеждения, что и Ветхий, и Новый Завет есть Откровение единого Бога, а в Ветхом Завете говорится именно о том, что исполнилось в Новом и что ясно теперь для христианского сознания. Антиохиец, наоборот, хотел установить тот самый смысл, какой речи ветхозаветных пророков имели в их собственном сознании, становился на историческую точку зрения и лишь через выделение из них тех элементов, которые могли относиться лишь к будущим временам, определял их пророческое значение.
Оба направления взаимно дополняли друг друга и взятые в отдельности могли вести к крайностям. Александрийский богослов со своим стремлением видеть всюду лишь подтверждение и иллюстрацию сложившихся у него общих воззрений на христианство подвергался опасности слишком насильственного обращения с буквой Писания и перетолкования исторических фактов. Антиохийский богослов мог, сосредоточивая внимание на букве и фактах, остаться лишь при них и упустить из виду то, что за ними скрывается. Взаимное недоразумение и непонимание друг друга представителями того и другого направления, очевидно, могли возникнуть весьма легко. Для антиохийца, если для него чужда была сама система воззрений александрийского богослова и их философская подкладка, аллегорический метод толкования Писания и вообще способ доказательств на основании Писания своих умозрительных положений должен был казаться совершенно произвольным и неубедительным. Александриец же не мог удовлетвориться скудностью тех результатов, какие давал метод Антиохийской школы в спекулятивном отношении. Заслуги Александрийской школы лежат преимущественно в области догматики; ее представители и являются носителями догматического развития в Восточной церкви. Успех их экзегетических приемов обусловливался личной талантливостью богословов и не мог служить в методологическом отношении удобным образцом для упражнения у личностей заурядных. Антиохийской школе, наоборот, принадлежит введение метода в экзегетическую науку, который открывал доступ к научной разработке Писания и для работников, не выходящих вон из ряда обыкновенных людей, и обеспечивал хотя медленный и труднодостигаемый, но верный успех работы. Без догматических предположений, разумеется, не мог обойтись и богослов антиохийского направления. Принятый им метод не обязывал его заранее к тем или иным воззрениям; он мог и не расходиться с александрийцами по материальной стороне своих догматических взглядов. Но отсутствие спекулятивной глубины и рассудочный анализирующий способ рассмотрения данных христианской религии, в противоположность объединяющему частности в общем синтезе уму александрийцев, могли вести к неглубокому одностороннему пониманию основных истин христианства, при зависимости, притом, от посторонних влияний. С такой слабостью, так сказать в догматическом отношении, Антиохийская школа и встречается, по — видимому, в самый момент ее возникновения.