Но из понятия о Слове или Сыне как проявлении божественных свойств или божественной природы самого Отца Ориген, однако, не делает вывода даже о равенстве Сына с Отцом, не говоря уже о единосущии в точном догматическом смысле этого последнего выражения. Он ясно устанавливает бытие трех божественных Ипостасей (Comm. in Ioann. 2, 10: ), но термин «» у него не отличается от «», и последнее слово вместе с первым единственно употребляется лишь для выражения действительного, не номинального различия Отца, Сына и Св. Духа; для обозначения единства их Ориген не имеет особого термина. Но мысль о различии ипостасей невольно влечет его к выводу и о неравенстве их. Рождаемость Сына делает Его во всех отношениях меньшим
Отца, хотя Он есть всецелое отражение славы Отца. «Превосходя все происшедшее существом, достоинством, силой, божественностью (ибо Он — одушевленное Слово и Премудрость), Он ни в чем несравним с Отцом (
Из двух сторон в воззрениях Оригена субординационизм занимает господствующее положение в его сознании и задает общий тон его системе. Логических оснований для него он не указывает. Различие рожденного и нерожденного не уполномочивало ставить последнее ниже первого во всех отношениях. Объяснение его присутствия в системе Оригена может быть поэтому лишь психологическое. Раз став на ту точку зрения, что Сын меньше Отца, как происходящий от Него, и постоянно исходя из этой точки зрения, а не из положения о равенстве Его с Богом Отцом, Ориген стал, так сказать, на наклонную плоскость и от ипостасного субординационизма легко мог перейти к признанию неравенства Сына с Отцом и по существу (В. В. Болотов). С философской точки зрения двойственность и непоследовательность Оригена в учении о Логосе может быть объяснена и космологическим значением этого учения. Логос, ипостасная Мудрость, как проявление непостижимого в Самом Себе Бога стоит как бы посередине между безусловно простым и единым Божеством и между конечным, ограниченным миром с множественностью его явлений, и соответствует, таким образом, более или менее «Уму, второму Богу» (, ) неоплатоников. Бог есть единое, мир — многое. Логос есть вместе и единое и многое; Он есть совокупность, комплекс обожествленных идей, и эта множественность идей, соответствующая множественности явлений мира, соединяется в Нем в идеальном единстве (Comm. in Ioann. 1, 20: , […] ). Он есть Посредник между тварями и Богом, между нерожденной природой и природой всего сотворенного (De princ. 2,6, 1: omnium creaturarum et Dei medium, i. e. mediator; C. Cels. 3,34: ). Как происшедший непосредственно от Бога, Он отличается вместе с Ним и Св. Духом (Trinitas) от всего сотворенного. Но признак происхождения, с другой стороны, заставляет Оригена ставить Его в ряд с прочими происшедшими существами, противопоставляя им Единого нерожденного Бога.
Ориген, ученая деятельность которого протекала сначала в Александрии, потом в Кесарии, должен был иметь немалое количество учеников, и «оригенизм» вообще является одним из важнейших факторов дальнейшего развития восточного богословия. Нужно, впрочем, заметить, что время, непосредственно следовавшее за жизнью и деятельностью Оригена, вторая половина III в., далеко не соответствует по своей научной и литературной производительности тому блестящему началу, какое нашла христианская наука в лице самого Оригена. Причиной этой задержки во внутреннем развитии могли быть те жестокие гонения, какие постигли Церковь в царствование Декия и Валериана (250–260).