Жена – Нина Дмитриевна Пауль-фон-Траубенберг, урожденная Набокова. Разведена. В первом браке – жена генерал-лейтенанта Е. А. Пауль-фон-Траубенберг (1855 —?), сестра В. Д. Набокова, председателя партии конституционных демократов (кадетов), тетка писателя В. В. Набокова. Женился 12 июля 1909 г.
Плавания: 30 мая – 22 августа 1883 г. пароходо-фрегат «Рюрик», Балтийское море. 31 мая – 25 августа 1884 г. корвет «Гиляк», Балтийское море. 28 мая – 24 августа 1885 г. – фрегат «Светлана», Балтийское море. 21 мая – 24 августа 1886 г. винтовой корвет «Баян», Балтийское море. 21 мая – 17 сентября 1887 г. корвет «Скобелев», Балтийское море. 10 мая – 9 сентября броненосная батарея «Первенец» в составе Учебно-артиллерийского отряда, младшим штурманом, Балтийское море. 23 мая – 11 сентября 1889 г., корвет «Скобелев» в составе отряда судов Морского училища, вахтенным офицером Балтийское море. 11 мая – 6 июня 1890 г. клипер «Опричник» в составе Практической эскадры, вахтенным начальником, Балтийское море. 27 июня – 3 сентября 1890 г. баркас «Кузнечиха», Белое море, производителем гидрографических работ. 21 июня – 28 августа 1890 г., шхуна «Бакан» из города Кемь в город Архангельск. 18 мая – 2 августа 1891 г. баркас «Кузнечиха», Белое море; командир баркаса и производитель гидрографических работ. 14 мая – 13 сентября 1892 г. крейсер 2 ранга «Африка» в составе Минного отряда, Финский залив; слушатель Минного офицерского класса. 14 мая – 18 июня 1893 г. миноносец «Кроншлот», Финский залив, вахтенный начальник. 8 июня 1893 г. на миноносце «Сескар», членом комиссии по испытанию миноносца. 1–4 июня 1893 г. на миноносце «Пернов», членом комиссии по испытанию миноносца. 10 июля – 10 ноября 1893 г. пароход «Лейтенант Овцын», из Англии в реку Енисей, вахтенный начальник. 14 апреля – 10 сентября 1894 г. командирован во Францию для привода миноносца «Сестрорецк», вахтенный начальник. 10 сентября 1894 г. – 25 июня 1895 г. минный крейсер «Гайдамак», внутреннее и заграничное плавание; исполняющий должность старшего штурмана и ротного командира (с 4 марта по 3 июня – и. д. старшего офицера). 23 июня 1895 г. – 28 августа 1897 г. мореходная канонерская лодка «Отважный», минный офицер. 1900–1901 гг. «
Награды: орден Святого Станислава 3-й степени (6 мая 1895 г.); офицерский знак Королевского ордена Камбоджи (7 августа 1895 г.); серебряная медаль в память царствования Императора Александра III (21.03.1896 г.); серебряная медаль в память Священного Коронования Императора Николая II (28 апреля 1899 г.); орден Святого Владимира 4-й степени (6 декабря 1903 г.); светло-бронзовая медаль с бантом в память Русско-японской войны; золотая сабля с надписью «За храбрость» (8 января 1907 г.); орден Святого Великомученика и Победоносца Георгия 4-й степени (8 июля 1907 г.); британский орден Виктории 4-го класса (7 июля 1908 г.); знак об окончании полного курса наук Морского училища (11 мая 1910 г.); светло-бронзовая медаль в память 300-летия царствования Дома Романовых (1913 г.); орден Святого Владимира 3-й степени (1913 г.); светло-бронзовая медаль в память 200-летия Гангутской победы (1914 г.); орден Святого Станислава 1-й степени (10 апреля 1916 г.)
В честь Н. Н. Коломейцева названо гидрографическое судно, построенное в Финляндии в 1972 г. (принадлежало Архангельской гидрографической базе Гидрографического предприятия), а также ряд географических пунктов – пролив между островами Баранова и Подкова (Шхеры Минина, Карское море); бухта на полуострове Заря (побережье Таймыра, берег Харитона Лаптева); острова (расположены севернее островов Восточные в архипелаге Норденшельда, Карское море); река на полуострове Таймыр, впадающая в залив Вальтера.