В своих произведениях Ламетри (это было новостью и неслыханной смелостью в литературе того времени) откровенно называет себя материалистом и доказывает, что материализм — единственно приемлемая философия и в научном, и в нравственном отношении. «…Писать, как философ, — это ведь значит проповедовать материализм!… этот материализм… — очевидный результат всех наблюдений и опытов величайших философов и врачей…» (2, 471). Вместе с тем лишь материализм делает философа хорошим членом общества, который никогда «не пожелает делать другим то, чего он не хочет, чтобы делали ему» (2, 244), и будет гуманно и терпимо относиться к недостаткам людей. Никто из авторов, чьи книги увидели свет до работ Ламетри, не осмеливался так выражаться. П. Навиль прав, когда пишет, что «с Ламетри материалистическая философия… освобождается от недомолвок Гоббса и Гассенди и выступает в ярком свете с дерзостью и блеском юности» (69, 175). Он не только первым в печати выступил с открытым забралом как материалист, но и первым печатно объявил себя атеистом, первым издал работы, защищающие атеизм. Уэйду удалось найти в библиотеках Франции и других стран 102 рукописных произведения (сохранилось почти 300 экземпляров) из числа тех содержащих запретные философские мысли работ, какие ходили по рукам во Франции в первой половине XVIII в. Их анализ показывает, что кроме сочинений Мелье и Фрере близки к атеизму две работы: «Равенство жизни и смерти» и «Диалоги о душе между собеседниками в наше время». Собственно же атеистические идеи содержатся лишь в трех рукописях: «Опыт об отыскании истины», «Письма о религии, о душе человеческой и существовании бога» и «Размышления о существовании души и бога» (см. 84, 257–262). Это анонимные работы, в первой половине века не публиковавшиеся, кроме последней, напечатанной в сборнике «Nouvelles libertes de penser», где на титульном листе проставлен 1743 г., но, по некоторым данным, он фактически был издан в 1750 г. «Размышления о существовании души и бога», не содержащие такого обстоятельного и яркого обоснования атеизма, какое дано в первых (работах Ламетри, мало обратили на себя внимания. Влияние этой публикации не идет ни в какое сравнение с резонансом, вызванным сочинениями Ламетри.
Особенно остро критикует Ламетри характерные для ученых и философов первой половины XVIII в. попытки примирить науку и религию. «…Со всех сторон, — восклицает Ламетри, — афишируются: „Доказательства существования бога при помощи чудес природы“; „Доказательства бессмертия души при помощи геометрии и алгебры“; „Доказательства в пользу религии при помощи фактов“; „Теология, основанная на физике“» (2, 463). Познакомившись с науками о природе, сразу убеждаешься во вздорности этих доказательств, которые на деле сводятся к ссылкам на откровение, на авторитет церкви и ее «отцов», на такое изображение «чудес природы», где «физика» и «факты» ничего общего с подлинной физикой и фактами не имеют. Так именно дело обстоит с аргументацией теологов Аббади и Плюша, философов Деланда, Кларка, Голльмана. Последователь Фомы Аквинского Плюш отрицает право разума решать вопросы веры, заявляя, что, последовав указаниям разума, мы получили бы весьма странное представление о христианстве. На это Ламетри отвечает: только разум и опыт в состоянии выяснить истину в любой области, включая религию. Отвергающий разум и опыт лишает свои утверждения всякой основы. Плюш, говорит Ламетри, напоминает аристотеликов, заявлявших: нельзя верить опытам Торричелли, ведь при их признании получится странное представление о природе; в ней вопреки запрещению Аристотеля обнаружится пустота. «Я показал, насколько ошибочны рассуждения Плюша, во-первых, чтобы доказать, что если и существует откровение, то невозможно доказать это одним только авторитетом церкви без проверки разума, как это утверждают все опасающиеся последнего; во-вторых, чтобы защитить от нападений метод тех, кто захотел бы пойти по открываемому мною пути истолкования сверхъестественных явлений… при помощи знаний, получаемых… от природы» (там же, 195), — добавляет он.