А потом произошло событие, которое еще больше огорчило старого воина. 30 ноября 1806 года Александр I подписал манифест о формировании земского ополчения, так называемой милиции. Кутузов довольно быстро сформировал требуемые четыре бригады, на содержание которых местное население великодушно пожертвовало 277 тысяч рублей. Пока шло формирование и перемещение ополченцев к границам, война с Францией завершилась подписанием Тильзитского мира. Очередное поражение России в войне с Наполеоном уже само по себе вызвало у „екатерининского орла“ тягостное чувство, которое вскоре усугубилось трагическим происшествием. Естественно, что ополченцы, узнав об окончании военных действий, радостно надеялись, что их, как и было обещано, распустят по домам. Однако 27 сентября 1807 года последовал другой манифест, в котором сообщалось о переводе ополченцев в рекруты. В Киев прибыло в это время около двух тысяч ратников из российских губерний; узнав о своей участи, они взбунтовались и 5 ноября собрались возле дома генерал-губернатора. Рапорт генерала, действовавшего в этой ситуации довольно жестко, не содержал комментариев, однако он изложил государю все случившееся так, чтобы перед Александром I возникла картина человеческих бедствий, которую видел он, Кутузов. В его рассказе — беспросветное отчаяние людей, которые сначала „со всею необузданностью“ требовали отпустить их домой. „Ни кроткое внушение, ни сделанное некоторым, наиболее настаивавшим в своих требованиях, наказание палками не только не возымело желаемого действия, но даже в присутствии моем все они единогласно кричали, что они не хотят служить, хотя бы их повесили“. Для подавления бунта Кутузов вызвал воинскую команду: „При сем случае, когда они от солдат прикладами понуждаемы были к следованию в их квартиры, то один из них, будучи стеснен их толпою, задавлен. Главные зачинщики девять человек взяты под стражу и преданы военному суду“. Кутузов, конечно, сделал все, что ему было положено, как высшей военной власти в городе, но в 1812 году, избранный предводительствовать Петербургским ополчением, он предварил Александра I тем, что обещал ополченцам от лица императора, что они являются „людьми, временно на защиту Отечества призванными“.
По-прежнему генерала угнетало состояние здоровья любимой дочери, вернувшейся в Петербург: „Любезная Лизанька, здравствуй и с детками. Я получил недобрые вести, друг мой: Катерина Ильинична пишет мне, что ты сама захворала, ухаживая за нею, но я надеюсь, что последствий дальнейших не будет. Как тронула меня малютка Катенька своим русским письмецом. Как бы мне хотелось ее видеть, но, разумеется, в то же время и Дашеньку. Поцелуй всех моих детей, как больших, так и малых. Боже вас благослови“ 21. Ему казалось, что, окажись она рядом, он бы смог развеять ее горе. 6 февраля 1808 года он писал ей: „Лизанька, мой друг, я все еще мечтаю, что ты будешь-таки в Киев. Приятно было мне узнать это из твоего последнего письма. Общество наше все тоже, кроме разве что приехавшей сюда из-за границы г-жи Зубковой, которая пробудет тут несколько времени. Это миленькая, ветреная женщина. Поцелуй всех моих детей — больших и малых“ 22. Через две недели он снова обращается к дочери: „Лизанька, мой друг и с маленькими, здравствуй. Маленькой Катеньки письмо меня очень обрадовало, и я ей ответствую по-немецки. С Кудашевым посылаю 1000 рублей тебе; чтобы не вдруг, то тысячу пришлю после. Зубкова возбуждает внимание в Киеве. Ее находят хорошенькою, да и я тоже. Болтунья, немного сумасбродная, с сильным желанием нравиться — с этими склонностями можно далеко пойти“.