С первого месяца войны дивизия участвовала в боях на Юго — Западном фронте, а в сентябре включена в состав Брянского фронта. За успешное выполнение приказов командования в 1941 г. он был награжден орденом Красной Звезды.
В конце декабря 1941 г. он переводится на должность начальника штаба 212-й сд 21-й А, а в мае 1942 г. становится заместителем ее командира. В конце июля полковник М. П. Серюгин вступает в командование 160-й сд 21-й А Юго — Западного фронта. Это был тяжелый период для Красной Армии. Она еще не успела оправиться от страшной катастрофы, которая постигла Юго — Западный фронт в мае под Харьковом. И снова неудача: в конце июня немцы нанесли два сильных удара в восточном направлении. Противник, прорвав оборону 40-й и 21-й А, устремился к Воронежу. Значительная часть этих армий оказалась в кольце в районе п. Чернянка и г. Старый Оскол. Среди них и 160-я сд. Ведя тяжелые сдерживающие бои, с большим трудом и ценой высоких потерь ее части сумели переправиться через Дон.
Комдив М. П. Серюгин вступал в командование дивизией на [170] восточном берегу Дона в районе переправы у г. Которояк, когда ее войска вырывались из окружения. Затем был Сталинград. Соединение под его командованием прорывало вражескую оборону в районе верхнего течения Дона, сражалось под Новой Калитвой с группировкой Манштейна, брошенной для деблокирования армии Паулюса, а в начале 1943 г. в составе 3-й танковой армии генерала П. С. Рыбалко дралось за Харьков. За мужество и героизм, проявленные личным составом 160-й сд в этих битвах и сражениях, 18 апреля 1943 г. она была переформирована в 89-ю гвардейскую, а Михаил Петрович удостоен ордена Суворова 2-й степени. После Харьковской оборонительной операции дивизия вошла в состав 69-й А.
Бои на Огненной дуге для М. П. Серюгина оказались очень тяжелым испытанием. Сначала штаб дивизии оторвался от основных сил, которые вели оборонительные бои в районе Гостищево, и в ночь на 12 июля попал под удар боевой группы 6-й тд 3-го тк противника. Попал в кольцо, но вырвались. К концу оборонительной операции вся дивизия вместе с 48-м ск 69-й А оказалась в полуокружении. Комдив в экстремальной ситуации действовал неудачно, а по мнению командования фронтом, просто неумело и безграмотно. Приказом от 22 июля 1943 г. генерал армии Н. Ф. Ватутин отстраняет его от должности. Но затем, вероятно, обстоятельства, в которые попал комдив, были изучены более тщательно, и он был восстановлен в должности. 5 августа 1943 г. 89-я гв. сд одной из первых ворвалась в Белгород и освободила город от фашистских оккупантов, за что получила почетное наименование «Белгородской».
Тем не менее стоит отметить, что хотя полковника М. П. Серюгина к моменту начала Курской битвы в полной мере можно было назвать опытным комдивом, но справлялся он со своими обязанностями с трудом. Он был офицером–практиком, но война диктовала свои законы, требовались командиры не только с боевым опытом, но и с основательной профессиональной подготовкой, чего у Михаила Петровича не было, как, впрочем, и у большинства командиров дивизионного и корпусного звена действующей армии. Напомню: к этому моменту он «имел за плечами» лишь 9 классов и годичные полковые курсы. В середине 1944 г. он был назначен и. д. командира 49-го ск 53-й А 2-го Украинского фронта, но эту должность Михаил Петрович не потянул и возвратился в 89-ю гв. сд, которой командовал почти до конца войны.
Вот достаточно объективная аттестация, которую дал командир 26-го гв. ск 53-й А генерал–майор И. Фирсович 1 марта 1945 г. командиру 89-й гв. сд:
«Природу современного боя гв. генерал–майор Серюгин понимает, но по–настоящему организовать управление и взаимодействие родов войск не может и не умеет, в силу [171] своей слабой личной военной подготовки. На поле боя в сложной обстановке теряется и поэтому правильного решения принять не может и на ход боя реагировать не умеет. Вследствие чего дивизия несет излишние, ничем не оправданные потери в людях и технике, это приводит к неточному выполнению поставленных задач.
Личные качества. Вследствие своей слабой воли допускает панибратство с подчиненными, вместо приказов занимается уговорами, что приводит к невыполнению этого же приказа (пожурит, а взыскивать не будет). К выдвижению и расстановке офицерских кадров относится неправильно. В противовес деловому подходу к офицерам придерживается принципа «свой, хороший парень». Принимал участие в четырех операциях».
В апреле 1945 г., как и большинство генералов, которым не удалось окончить академии, он был направлен на ускоренные курсы при Военной академии им. Ворошилова. После войны генерал–майор М. П. Серюгин командовал 20-й гв. и 36-й гв. механизированными дивизиями, а находился на должности зам. командующего 13-й А. В 1961 г. уволен в запас в звании генерал–лейтенанта.