После ее окончания он направляется в г. Ош на должность помощника начальника погранзаставы, а затем становится ее начальником. С этого момента и на тринадцать лет его жизнь будет связана с системой Наркомата внутренних дел. До ноября 1934 г. он продолжал служить в 68-м пограничном отряде. Затем становится слушателем Курсов усовершенствования комсостава им. С. М. Буденного, после окончания которых направляется в качестве курсового командира во 2-ю пограншколу НКВД. С мая 1936 г. — слушатель Военной академии им. М. В. Фрунзе.
В мае 1939 г. подполковник А. И. Баксов назначается заместителем начальника войск НКВД по охране особо важных предприятий промышленности, а с началом войны, в июле 1941 г., переводится начальником оперативного отдела Главного управления МПВО НКВД.
Из системы НКВД в действующую армию он попадает в середине 1942 г., 5 июня становится заместителем командира 160-й сд Юго — Западного фронта.
Менее чем через месяц дивизия вместе с частями 21-й и 40-й А попала в окружение на территории в ту пору Курской, а ныне Белгородской области (район г. Старый Оскол и п. Чернянка). Три недели часть ее сил с боями выходила к Дону и, переправившись 19 июля 1942 г., соединилась со своими [154] войсками. Вместе с войсками выходило из окружения и командование дивизии. В апреле следующего года за стойкость и мужество, проявленные личным составом в боях, соединение было преобразовано в 89-ю гвардейскую.
Алексей Иванович никогда не командовал регулярными армейскими частями, не говоря о соединениях. Назначение на столь высокую должность прошло в условиях, когда после огромных потерь первого года войны действующая армия испытывала большой дефицит старшего комсостава. Назначение проводилось без учета опыта и знаний, а путем перевода с одной должности из системы НКВД на соответствующую ей должность в Красной Армии. С февраля по апрель 1943 г. в связи с ранением комдива М. П. Серюгина полковник А. И. Баксов исполнял обязанности командира дивизии. Это был лишь начало — его первый практический опыт как командира–единоначальника. А настоящий экзамен Алексею Ивановичу пришлось сдавать в ходе битвы на Курской дуге.
30 июня 1943 г. Военный совет 6-й гв. А назначает его исполняющим дела командира 67-й гв. сд, была такая формулировка в то время. Если перевести на современный язык, то это означает — «командир дивизии с испытательным сроком». С первых шагов в тяжелейших условиях пришлось управлять войсками новому комдиву. За два первых дня Курской битвы на его плечи легла такая тяжесть, что иному за всю войну не выпадало столько. Дивизия находилась в первом эшелоне армии, и уже 4 июля, еще до начала общего наступления противника, она была атакована одной из первых. А утром следующего дня ее позиции подверглись удару одного из двух танковых соединений 4-й ТА. В первый день Курской битвы против 67-й гв. сд действовали части сразу трех танковых дивизий 48 тк.
С утра 5 июля 1943 г. командующий 6-й гв. А находился на КП дивизии вместе с заместителем командующего фронтом. Это, естественно, сказывалось на решениях молодого комдива, сковывало его действия, но в то же время очень помогло дивизии. В наиболее сложные и напряженные моменты командарм брал управление в свои руки. Во второй половине дня в ее полосу он перебросил значительные силы своего противотанкового резерва, что в значительной мере спасло положение.
Однако под давлением численно превосходящего противника рубеж удержать комдиву А. И. Баксову не удалось. На следующий день фронт дивизии был рассечен на несколько частей, и ее значительные силы попали в окружение. В дальнейшем 67-й гв. сд пришлось действовать на направлениях [155] главного удара 48-го тк. В ходе оборонительного этапа Курской битвы дивизия понесла наряду с 51-й гв. и 52-й гв. сд наиболее существенные потери.
Но руководство 6-й гв. А по итогам первого месяца командования полковника А. И. Баксова оценило его действия как удовлетворительные и 13 августа 1943 г. окончательно утвердило его в этой должности. Его дивизия отличилась в ходе операции «Багратион» по освобождению территории Белоруссии от немецких захватчиков. Перейдя в наступление 23 июня 1944 г., соединение прорвало оборону противника северо–западнее Витебска, форсировало реку Западная Двина и к 29 июня перерезало железную дорогу Полоцк — Молодечное. При этом было освобождено несколько сотен сел и хуторов, а врагу нанесен значительный урон. Через месяц, 22 июля, Указом Президиума Верховного Совета СССР генерал–майору А. И. Баксову было присвоено звание Героя Советского Союза.
20 августа 1944 г. он становится и. д. командира 2-го гв. ск 6-й гв. А, через полгода назначение был утверждено. В этой должности Алексей Иванович и закончил войну.