Хотя въезд неиспанцам в Индии был строго запрещен (а впоследствии и выезд без особого на то разрешения), все-таки некоторые из них, влекомые неудержимым желанием разбогатеть, ухитрялись преодолеть все препятствия и проникнуть в запретную для них зону Нового Света. По неполным данным, иностранцы составляли 5,5% общего числа (5481 человек) европейцев, эмигрировавших в Америку в период конкисты Антильских островов (1493-1519), и 9% (из 13262 человек) – в период завоевания Американского континента (1520-1539). Среди последних 192 португальца, 143 итальянца, 101 фламандец, 53 француза, 42 немца, 12 греков, 7 англичан, 3 голландца, 2 ирландца, 1 шотландец и 1 датчанин (Boyd-Bowman P. La emigration peninsular a America: 1520-1539. – "Historia Mexicana", 1963, v. XIII, N 2, p. 165-166). По всей вероятности, многие из них проникли в колонии под видом матросов или пассажиров, подкупив испанских чиновников. Эти иностранцы считались колониальными властями и действовавшими по их указаниям инквизиторами ненадежными и враждебными элементами. Их огульно подозревали в лютеранских симпатиях, арестовывали, подвергали пыткам, они кончали свою жизнь на каторге или кемадеро. Особенно беспощадно инквизиция расправлялась с попадавшими в ее руки англичанами – пиратами, контрабандистами, искателями приключений.
Иностранцев, обвиненных главным образом в симпатиях к протестантизму, до официального установления инквизиционного трибунала в 1569 г., т. е. в период действия "начальной" инквизиции, по далеко не полным данным, только в Новой Испании было осуждено 19 человек, среди них итальянцы, французы, фламандцы, греки, англичане. Все они признали себя виновными в отступничестве и отделались сравнительно легкими наказаниями: публичным покаянием на аутодафе, тюрьмой или высылкой в Испанию. Среди осужденных был золотых дел мастер чех (богемец) Андрее Мораль, который, по-видимому, опасаясь преследований инквизиции, часто менял фамилию. В 1536 г. Сумаррага осудил его за симпатию к Лютеру на публичное покаяние в позорном одеянии-санбенито, конфискацию имущества и высылку в Испанию. Английский купец Роберт Томсон родом из Дувра, пробравшийся в Мексику в 1555 г., опасаясь пыток, отрекся от своей веры и принял католичество. В 1560 г. он был осужден на ношение в течение двух лет санбенито и на один год тюрьмы в Испании. Отсидев свой срок в Севилье, Томсон бежал в Англию, где впоследствии опубликовал воспоминания, являющиеся первым известным нам документальным свидетельством о действиях инквизиции в испанских колониях.
Более строго судили по подозрению в протестантстве в вице-королевстве Перу, где по решению архиепископа Лимы был сожжен на костре фламандец Хуан Миллер.
Инквизиция стремилась также выловить сторонников гуманизма, последователей Эразма Роттердамского, правдолюбцев, осуждавших разнузданный образ жизни духовенства и жестокости колонизаторов.
Наконец, различного рода богохульники, двоеженцы, приверженцы магии, оккультизма, колдовства, читатели запрещенных книг и им подобные "последователи дьявола" усердно преследовались инквизицией, особенно если имели какое-либо состояние. Последнее обстоятельство играло немаловажную роль при выборе жертв, ибо "труд" инквизиторов оплачивался из фондов, конфискованных у "преступников". Таким образом, колониальные инквизиторы, как и их коллеги в метрополии, были не только профессионально, но и материально заинтересованы в преследовании еретиков.
В период конкисты инквизиторы преследовали индейцев, обвиняя их, как это делалось в Испании по отношению к "новым христианам", в тайной приверженности их прежней вере.
Церковники применяли к краснокожим "новым христианам" те же средства воздействия, которыми пользовался Торквемада в Испании. Первая из известных жертв инквизиции в Америке – индеец Маркос из местности Акольуакан (Мексика), арестованный по обвинению в вероотступничестве в 1522 г. О постигшей его каре подробностей не сохранилось, как нет данных и о многих других жертвах инквизиции, дела которых утеряны, сожжены патриотами в период ликвидации "священного" трибунала или впоследствии уничтожены самими церковниками. Не исключено, что Маркоса постигла участь другого индейца – Франсиско Мартина де Валенсия, казненного по обвинению в "идолопоклонстве" в 1520-х годах (Jimenez Rueda J. Herejias y supersticiones en la Nueva Espaiia. Mexico, 1942,p. 1).