Миссионерам полагалось соблюдать обеты бедности и целомудрия, но они чаще нарушали их, чем соблюдали. Миссионерам запрещалось заниматься поборами среди индейцев, в действительности же подлинных сподвижников среди них были единицы. Как правило, духовные отцы не только обогащались за счет индейцев, но еще и заставляли их содержать своих родственников. Хотя миссионерам разрешалось иметь в своем доме домоправительниц не моложе 50-летнего возраста, они имели сожительниц и прижитых от них детей. Руководитель августин-ского ордена в Мексике Антонио де Сан-Исидро привез из Испании любовницу и дочь, занимался различными торговыми аферами. Когда в 1562 г. были вскрыты его злоупотребления, церковное и колониальное начальство защитило его от наказания (Ricard R. Op. cit., p. 286-289). Разумеется, светские колонизаторы – "христиане", как они себя называли в противовес индейцам, отличались еще большими пороками, чем миссионеры. Индейцы хотя и были "детьми", но не настолько, чтобы не узреть лицемерия и ханжества, которыми были пропитаны миссионерские проповеди, столь разительно контрастировавшие с делами "христиан" и их духовников.
Испанская корона, получавшая подробные сведения о непристойном поведении миссионеров, еще в 1510 г. издала строжайшие инструкции, запрещавшие переезд в колонии служителей культа без особого на то разрешения. Церковники, направлявшиеся в Индии, должны были пройти строгую проверку своих моральных качеств и пригодности к миссионерской работе. Но эта, мера, судя по всему, не являлась преградой для разного рода-проходимцев в рясах, которые наводняли Америку в надежде не столько пожать плоды на ниве господней, сколько обогатиться за счет своих пасомых – индейцев. Это признает даже такой процерковный автор, как аргентинец Висенте Д. Сьерра (Sierra V. D. El sentido Misional de la conquista de America. Madrid, 1944, p. 168-169).
В 1530 г. корона издала новое распоряжение, согласно которому для въезда в колонии требовались рекомендации: для монахов – их начальства, а для священников – епископа. Эти рекомендации подтверждались затем высшим прелатом в порту отъезда. Указанное распоряжение некоторое время спустя было дополнено требованием давать в рекомендации описание внешности ее обладателя, чтобы не допустить использование документа другим лицом. Кроме того, по прибытии на место церковники подвергались новой проверке – уже со стороны колониального духовного начальства и только после этого направлялись на место работы. Если же затем выяснялось, что миссионер или священник нарушил церковную дисциплину, то высшая колониальная судебная инстанция – аудиенсия имела право выслать его обратно в метрополию. Этому распоряжению противились колониальные церковные власти, которые высказывались за исправление нарушителей дисциплины на месте, учитывая, что в колониях из-за недостатка клириков даже плохие ценились на вес золота.
Королевская власть, однако, настаивала на своем праве высылать из колоний провинившихся служителей церкви. Некоторое время спустя таким правом были наделены вице-короли к губернаторы, а для того чтобы церковники не предавали их за это отлучению, корона добилась в 1549 г. от папского престола одобрения данных ею колониальным властям полномочий наказывать нарушителей церковной дисциплины.
В связи с тем, что поведение духовенства в колониях продолжало вызывать жалобы (отмечалось, что испанские епископы и аббаты посылали за океан не самых лучших, а самых худших из своих подчиненных), в 1554 г. папский престол наделил испанскую корону по ее просьбе правом направлять в колонии по своему усмотрению любого представителя духовенства, даже вопреки воле церковного начальства.
И все же меры, принятые испанской светской властью, не улучшили качества колониального духовенства. В 1553 г. францисканец Анхель де Валенсия сообщал из Мексики, что там почти нет ни одного клирика, знающего местные языки (Garcia G. Op. cit., p. 72). В различных королевских документах XVI в. колониальные церковники характеризуются как "идиоты", "развратники", "сребролюбцы", "малограмотные", "скандалисты" (Ibid., p. 81). Но не только корона их так аттестовала. Архиепископ Мексики Педро Мойя-и-Контрерас в характеристике на 157 высших иерархов католической церкви в этой колонии, составленной в 1575 г., указывал, что 21 из них – накопители земных благ, азартные игроки, 12 – скандалисты, любители драк и поножовщины, 20 – плуты, развратники, имеют любовниц, 42 – тупые невежды, некоторые даже не умеют читать и писать (Ibid., p. 81).
В XVII в. положение отнюдь не улучшилось. В королевской седуле от 7 февраля 1636 г. указывалось на наличие в колониях большого числа бродячих священников, совершающих всевозможные преступления.