Во второй половине XVI в. испанские власти стали сгонять индейцев с их мест жительства в особые поселения – редукции, где они трудились под надзором колониальных чиновников и где их подвергали духовной обработке священники – "доктринеры". Поселения периодически посещались церковными контролерами (визитаторами) – подлинными инквизиторами, творившими суд и расправу над непокорными индейцами. Обвиненных в идолопоклонстве наказывали 50 ударами плетью, а "упорствующих", т. е. уличенных повторно в этом "проступке", осуждали на каторжные работы – на галеры, женщин пожизненно ссылали в монастыри, где они находились в услужении монахинь фактически на положении рабынь. Жрецов местных культов сажали в специально выстроенный для этого застенок, подвергали пыткам, морили голодом, убивали.
Испанцы применяли насилие над индейцами на протяжении всего колониального периода. Антонио Ульоа, испанский ученый, обследовавший со своим коллегой Хорхе Хуаном американские колонии (Перу, Эквадор) в середине XVIII в., сообщал правительству, что церковники наравне со светскими колонизаторами притесняют индейцев. На плантациях и в поместьях, писал он, за малейшую провинность индейца валят на землю и бьют, причем минимальное наказание 100 ударов, так как "палачи меньше считать не умеют". Часто индейцев привязывали волосами к хвосту лошади и в таком виде волокли к месту работы. Описывая эти экзекуции и издевательства, Ульоа отмечал: "Раньше так поступал только энкомендеро, а теперь коррехидор (Испанский чиновник в колониях), помещик, плантаторы и, что больше всего вызывает возмущение, служитель алтаря. Все они, в том числе и духовенство, относятся с такой же жестокостью к беззащитным индейцам, как и к рабам-неграм" (Juan J., Ulloa A. Noticias secretas de America. Buenos Aires, 1953, p. 108).
Вообще истязание индейцев стало нормой в Перу, как и в других испанских колониях. Испанцы XVI в. считали, что "буква с кровью входит" (la letra con sagre entra), что применять розги при учебе – богоугодное дело. Францисканец Бернардино де Саагун призывал своих собратьев по ордену "любовно палкой загонять индейцев на небеса" (Hanke L. Op. cit., p. 138).
Синод в Кито официально разрешил в 1596 г. священникам-"доктринерам" наказывать "непослушных" индейцев розгами. За отказ от исповеди в первый раз полагалось 24 удара, во второй – 50, такое же наказание ожидало и тех, кто нарушал пятничный пост.
Рисунки замечательного перуанского хрониста XVI в. метиса Гуамана Помы де Айала, публикуемые в данной работе, наглядно показывают, что церковники в Перу применяли по отношению к непокорным индейцам побои, пытки и другие истязания.
Педро Боргес преуменьшает значение этих "негативных" методов пропаганды христианства, заявляя, что они были равнозначны тем наказаниям, которые применяются отцом к детям или учителями к своим ученикам. Он вынужден признать со ссылкой на свидетельства хронистов XVI в., что в монастырях имелись колодки и розги, применявшиеся при обучении аборигенов, христианской доктрине (Borges P. Op. cit., p. 121). В качестве оправдания действий миссионеров Боргес, игнорируя Лас Касаса и его сторонников, уверяет, что в колониальной Америке необходимость применения физических наказаний к строптивым индейцам ни у кого не вызывала сомнения (Ibid., p. 122).
Ссылки церковников на умственную неполноценность индейцев, которая якобы являлась причиной их нежелания выполнять церковные обряды и постигать церковную доктрину, несостоятельны. В действительности индейцы не воспринимали новую веру, ибо она была им непонятной, чуждой и навязывалась иноземными захватчиками, насильниками и грабителями.
Луис Санчес, владевший 18 лет энкомьендой в Новой Гранаде, в письме к Диего Эспиносе, генеральному инквизитору и президенту Совета по делам Индий, писал в 1566 г., что индейцы только считаются христианами, в действительности же ими не являются. Виновниками этого Санчес считал церковных и светских судей, не защищающих индейцев от их обидчиков – владельцев энкомьенд, подвергавших местное население бесчеловечной эксплуатации, а также церковников – клириков и монахов, "которые, стремясь обогатиться, прощали злодеяния, совершавшиеся в Индиях, исповедуя и разрешая от вины тех, кто совершал эти преступления. Духовные отцы даже не требовали от виновников вернуть индейцам награбленное добро. Они отпускали грехи тиранам, хотя ясно видели, что индейцы гибнут, спасаясь бегством от своих преследователей, пока смерть их не настигнет. Духовные отцы утверждают, что изменить этого они не в силах" (The black legend: anti-spanish attitudes in the Old World and the New, ed. by Ch. Gibson. New York, 1971, p. 95-96).