Значительно позже Троцкого упрекали в несудебных расправах над красноармейцами, командирами и даже комиссарами. В случаях панического бегства он даже использовал опыт древних римлян: казнил без разбора каждого десятого. Часто вспоминают и о том, что именно он был инициатором создания заградотрядов, беспощадно расстреливавших отступавших красноармейцев.
Единственным заместителем Троцкого в Наркомате по военным и морским делам и в Реввоенсовете в Кремле был Эфраим Склянский, врач по профессии. В руках этих двух иноверцев было сосредоточено центральное руководство Красной Армией. Роль Склянского была несопоставима с ролью, например, Ворошилова и Буденного. Если взять переписку Ленина времен Гражданской войны, то чаще всего он направлял письма и записки Склянскому, которому приходилось решать многие вопросы обороны советской республики. Особенно, когда Троцкий колесил по стране.
В отличие от Сталина Троцкий предпочитал руководить войсками лично. С этой целью был оборудован специальный бронепоезд, о котором шла речь ранее. На нем находился отборный отряд наймитов с пулеметами и броневиками. Этот поезд позволял Троцкому быстро оказываться там, где возникала критическая ситуация, оперативно разобраться на месте и принять необходимые меры.
Дмитрий Волкогонов отмечал, что Троцкий работал не столько в помещении Наркомата в Москве, сколько мотался на своем поезде по фронтам. За годы Гражданской войны его поезд прошел 200 тысяч километров. Он появлялся то на Восточном, то на Южном, то на Западном фронтах. Особенно много поездок наркомвоенмор, председатель Реввоенсовета совершил на Южный фронт, который, по словам Льва Давидовича, оказался «самым упорным, самым длительным и самым опасным».
На самом деле, Троцкий в первую очередь был политиком, армия для него оставалась лишь инструментом. Он мог красоваться своей военной должностью как дорогим парадным оружием, но пользоваться им не умел и не считал необходимым. Военные специалисты, которым, как считается, покровительствовал Троцкий, на самом деле были для него лишь необходимым орудием, выполнявшим для него непонятную, но, безусловно, необходимую работу. Вникать непосредственно в военные дела Троцкий не желал – ему было просто не до того. Однако подпускать кого-то другого к этим делам он также категорически не желал. Именно в этом и заключается причина крайне настороженного отношения Троцкого к военачальникам из коммунистов: будучи для большевиков «своими», обладая партийным доверием, они априори получали большую самостоятельность и независимость, переставая таким образом быть бессловесным орудием в руках наркомвоенмора. Не следует забывать, что вплоть до 1930-х годов большевики искренне стремились к коллегиальности управления, поэтому любой коммунист имел право апеллировать в центральные органы.
Кстати, по той же самой причине в следующем 1919 году Троцкий вдруг начал бороться с «фронтовыми пристрастиями» представителей реввоенсоветов. Дело в том, что зачастую большевистские деятели, сработавшись на фронте с теми или иными военспецами, проникались к ним доверием и начинали их всячески защищать либо даже продвигать на более высокие посты. Такие «тандемы» (Аралов – Костяев, Гусев – Каменев) представляли собой огромную опасность для безграничной власти Троцкого над старыми офицерами, ограничивая его контроль над военным ведомством.
Неудивительно, что Троцкий прилагал все усилия для ликвидации талантливых командиров-самородков из «социально приемлемой» среды, если они претендовали на сколько-нибудь важную роль. Так весной 1919 года именно Троцкий организовал конфликт с Махно, только что получившим из рук Дыбенко орден Красного Знамени. В начале 1920 года Троцкий организовал «ликвидацию» командира Конно-сводного корпуса Б.М. Думенко, бывшего казачьего вахмистра. В 1921 году им был устранен командующий 2-й Конной армией Ф.К. Миронов, арестованный за связь с мятежом Вакулина. Командующий Ф. Миронов через полтора месяца был убит во дворе тюрьмы при странных обстоятельствах. Откровенно недолюбливал Троцкий и Буденного с Ворошиловым, однако после 1918 года эти фигуры пользовались покровительством Сталина, то есть были ему уже не по зубам.
Возможно, по той же самой причине осенью 1918 года военное руководство Республики всеми мерами саботировало оказание помощи Северо-Кавказской (позднее 11-й) армии. Эта армия имела в строю до 120 000 штыков и сабель, но буквально задыхалась без патронов и снарядов, сражаясь с Добровольческой армией Деникина. Однако в ней практически не было «старых военспецов», войсками командовали «социально близкие к большевикам» младшие казачьи офицеры Автономов и Сорокин.
Таким образом, не следует идеализировать отношение Троцкого к военным специалистам из царских офицеров – оно было сугубо прагматичным. Если при возникновении конфликта Троцкий становился на чью-то сторону, скорее всего, это вызывалось логикой борьбы за сохранения власти и влияния на Красную армию.