Вскоре после своей отставки с поста наркоминдела Троцкий получает новое назначение. 14 марта он получил пост наркома по военным делам, 28 марта – председателя Высшего военного совета, в апреле – народного комиссара по морским делам и 6 сентября – председателя. На самом деле Троцкий перестроил управленческий аппарат Наркомвоенмора, 6 сентября 1918 года он создал и возглавил Реввоенсовет и поставил себя в качестве его председателя. В административном отношении Троцкий окружал себя исполнительными профессионалами – такими, как его заместитель Эфраим Склянский. Личные секретари предреввоенсовета выделялись дисциплинированностью, методичностью и личной преданностью. В эти годы Троцкий не стеснялся говорить о положительных сторонах «милитаризма».
Важную роль участия Льва Троцкого в Гражданской войне обеспечивал его спецпоезд Наркомвоенмора. Он представлял из себя самое совершенное оружие в мире с самыми современными достижениями техники и вооружения. Он оборудовался на базе бронепоезда, поставленного Америкой чехословацким наемникам. Поезд был организован спешно в ночь с 7 на 8 августа 1918 года в Москве.
Поезд Троцкого состоял из 12 вагонов. В нем работали секретариат, типография, телеграфная станция, радио, электростанции, библиотека, гараж, баня. В обязательном порядке находились: охрана из 30 латышей, 2 броневика из 7 человек, морской отряд (18 человек), 9 кавалеристов с лошадьми, пулеметный отряд (21 человек), 7 телефонисток, 4 телеграфиста, представители желдора, военкома, главснаба, военсовета (15 человек), бригада Московского депо (24 человека), шоферы, самокатчики и мотоциклисты (20 человек), 37 агитаторов, связь из ОПЕРОДа (особая система связи, используемая в РККА и ОГПУ) обеспечивали 8 человек, комендант, медицинский персонал и вагон-ресторан – 14 человек, салон-вагон № 431 – 10 человек, салон-вагон № 432 Троцкого – 5 человек. Итого, 232 человека экипажа умели владеть оружием. Кроме того, в поезде было около тысячи бойцов, тех, кого сейчас называют спецназ или коммандос. В их число входили евреи, «прибалты», башкиры, китайцы и другие кроме русских. Все вагоны были соединены внутренней телефонной связью и сигнализацией. Все электронное оборудование было импортное в основном американское.
Для Льва Троцкого важнейшим средством связи была огромная радиостанция, посредством которой он осуществлял связь с Западными столицами. Благодаря этой самой мощной мобильной радиостанции в мире, Троцкий запрашивал себе все необходимое. Он получал с Запада самые последние разведданные о дислокации русских националистических армий, а также данные от своих «помощников и консультантов» в этих армиях. Таким образом, Троцкий знал о русских националистических армиях все, а они не знали о его возможностях ничего. Вот слова Троцкого: «Поезд всегда был в курсе того, что происходит во всем мире… Наряду с телеграфом и радиостанцией, третьим звеном связи в аппарате поезда был гараж, включающий в себя несколько грузовых и легковых автомобилей и отдельная, на колесах огромная цистерна с бензином». Поезд представлял собой летучий аппарат управления. Поезд был так тяжел, что шел с двумя паровозами. Потом пришлось разбить его на два поезда. В поезде была своя электростанция, типография, ресторан, вагон отдыха и конечно, личный царский вагон Троцкого.
Как мы упоминали, что поезд содержал большой специальный состав (спецназ). Его вооруженные отряды сбрасывались с поезда по мере надобности для «десантных» карательных операций в тылу собственного народа. Каждый раз появление «кожаной сотни» Троцкого в опасном месте производило неотразимое действие. При неустойчивом равновесии на войне все решала небольшая группа, хорошо подготовленных бойцов. Такие отряды за два с половиной года Наркомвоенмор использовал сотни раз. Поезд Троцкого воплощал то, что впоследствии получит название: «Спецназ», «Зондеркоманда», «Зеленые береты» и выполнял специальные операции в тылу врага. Но в каком тылу? На мысль приходит идея, что истинной задачей Троцкого, проведшего два с половиной года в тылу, являлась идея уничтожения русского населения.