За этим главным и существенно важным положением быстро следовал ряд других докладов. Так, 21 марта 1764 года состоялся доклад о численности военных судов Балтийского флота. По поводу его комиссия совместно с коллегией иностранных дел решила содержать флот не только равносильный каждому из соседних флотов, датскому и шведскому, но выразила желание, чтобы наш флот «в числе линейных кораблей оные (т. е. датский и шведский флоты) ещё и превосходить мог». Для исполнения этого, принимая в расчет экономическую сторону, сочтено за лучшее иметь двойной комплект судов; один для мирного, а другой для военного времени. Для первого полагалось содержать 21 корабль (80–и 66–пушечные), 4 фрегата (32–пушечные), 1 бомбардирский корабль, 1 прам, пропорциональное число мелких судов и 50 галер. Для военного же времени полагалось 32 корабля, тех же рангов, 8 фрегатов, 4 бомбардирских корабля, 3 прама, мелкие суда и 150 галер. Сверх этого, в случае необходимости усиленного вооружения, положено довести численность флота до 40 кораблей, 8 фрегатов, 5 бомбардирских, 3 прамов, достаточного числа мелких судов и 150 галер.
Допуская предположение, что о предстоящей войне правительство всегда может иметь довольно определенные сведения не менее чем за год времени, коллегии поставлено в обязанность, во–первых, озаботиться приведением флота в состояние, требуемое мирным положением, и, во–вторых, принять все необходимые меры для того, чтобы в случае надобности в продолжение года увеличить число судов флота до комплекта, требуемого военным положением. Но так как подобное увеличение и в такой сравнительно короткий срок потребует огромных сумм, одновременная выдача которых будет отяготительна для государства, то, во избежание этого, предполагалось постепенное составление этой суммы из особых прибавочных денег, которые должны были ежегодно отпускаться в распоряжение Адмиралтейств–коллегий сверх суммы, назначенной на содержание флота. Понятно, что подобный проект мог осуществиться только при отличном финансовом состоянии государства, которого Россия того времени не имела, и потому, при наступлении войны, на все расходы по приготовлению флота требуемые суммы отпускались по мере надобности.
В 1765 году утвержден штат галерного флота, по которому галерные офицеры, при прежних порядках иногда смешивавшиеся с корабельными, теперь получили определенное положение. Производить их в обер–офицерские чины положено отдельно от корабельных; а в штаб–офицерских и генеральских, для офицеров обоих флотов, производство сделано общее. Но чтобы галерные офицеры (которым предстояло при этом порядке быть и флагманами) могли заблаговременно ознакомиться с корабельной службой, то их приказано было, по очереди, назначать в практическое плавание на корабли.
Наконец, 1765 года августа 24 утвержден составленный комиссией «Регламент о управлении адмиралтейств и флотов», определяющий обязанности и права государственной Адмиралтейств–коллегий, подчиненных ей экспедиций и всех находящихся при адмиралтействе чинов.
Регламент этот, напечатанный в 1766 году, заменил петровский адмиралтейский регламент; но морской устав Петра и все существовавшие при нем законоположения, если только они не были изменены новыми узаконениями, остались в прежней силе.
С 1763 по 1768 год включительно, кроме транспортной службы и переходов в Балтику построенных в Архангельске судов, общий характер плаваний был практически учебный. Каждое лето вооружалось от 2 до 8 кораблей и фрегатов и несколько другого рода судов и отправлялось для практических занятий в Финский залив или Балтийское море. Только один раз отряд, состоящий из корабля и фрегата, с той же учебной целью месяц проплавал в Немецком море. Обыкновенно на такие отряды назначались мичмана, гардемарины и кадеты, иногда в двойном комплекте, преимущественное внимание обращалось на практические морские занятия. В числе последних, кроме различных судовых учений, производимых в море под парусами, во время якорных стоянок на рейде занимали молодых моряков эволюциями на гребных судах.
В 1765 году одним из таких практических отрядов, состоявшим из 6 фрегатов и 13 других судов, под начальством адмирала Мордвинова, были произведены в присутствии Екатерины II близ Красной горки у Гаривалдая маневры и стрельба в цель по городку, построенному для этого на берегу. Но управление судами было так плохо, что два из них близ императорской яхты сошлись и долго не могли распутаться, а при бомбардировке городка бомбы и ядра не попадали в цель. Екатерина осталась очень недовольна всем виденным и по поводу этих маневров в письме к одному доверенному лицу высказала такое мнение о состоянии флота: «У нас в излишестве кораблей и людей, но нет ни флота, ни моряков…»; «всё выставленное на смотр было из рук вон плохо. Надобно сознаться, что корабли походили на флот, выходящий каждый год из Голландии для ловли сельдей, а не на военный».