К войне с Данией деятельно продолжались приготовления, одним из них было вооружение всего Балтийского флота и распоряжение о скорейшем приходе в Кронштадт Архангельской эскадры, которой, в случае опасности от датчан, велено было возвратиться в Колу. В продолжение навигации два отряда из нескольких кораблей, фрегатов и транспортных судов, под начальством Спиридова и Нагаева, перевозили из Кольберга и Пиллау артиллерию, различные военные грузы и больных, оставленных при удалении из Пруссии нашей армией. Замечательно, что больные были размещены даже на палубных ботах, находившихся при отрядах.
Нетерпеливо желая скорее приступить к увеличению флота, Петр III 19 июня, потребовав в свою летнюю резиденцию – Ораниенбаум вице–адмирала Мордвинова и корабельного мастера Рамбурга, приказал заложить и как возможно поспешнее строить девять или, по крайней мере, шесть кораблей, которые непременно должны быть готовы к кампании будущего 1763 года; на строение употреблять дубовый и, за недостатком его, сосновый лес. Во все принадлежащие частным лицам места, где на реках находятся заготовки леса, годного на кораблестроение, послать немедленно офицеров с приказанием отбирать эти леса для адмиралтейства, уплачивая владельцам что они стоят. Также повелевалось недостающее число всех необходимых мастеровых «наполнить собранием из всех мест, где только оные есть и откуда ближе и способнее коллегия найдет, а к тому буде добровольно нанять невозможно, то взять от партикулярных работ», оставя на них столько людей, чтобы они могли продолжаться. Для содействия возможно большему успеху дела кораблестроения, Сенату повелевалось исполнять все требования Адмиралтейств–коллегий. «Об отпуске же потребной к тому денежной суммы (полмиллиона рублей), прибавлялось в указе, подписанном Петром III 26 июня, мы вскоре повеление дадим». Но исполнение как этого последнего, так и всех других распоряжений Петра III, относящихся к флоту, было остановлено приходом к власти (28 июня) Екатерины Алексеевны, причем и все начатое приводиться в исполнение возвращено к прежнему порядку, существовавшему при Елизавете. Таким образом, была остановлена чрезвычайная постройка кораблей, морской корпус возвращен в ведение Адмиралтейств–коллегий и готовящемуся к походу флоту велено разоружиться и войти в гавань.
Весной 1763 г., через наши посольства в Швеции, Дании, Франции, Голландии и Англии, Адмиралтейств–коллегия заботливо отыскивала и приобретала морские карты, уставы и вообще сочинения, относящиеся к мореплаванию и морской администрации. 17 ноября 1763 г. состоялось учреждение «Морской российских флотов и адмиралтейского правления комиссии для приведения оной знатной части (флота) к обороне государства в настоящий постоянный добрый порядок».
Председателем комиссии назначен Мордвинов, а членами граф Чернышев, вице–адмирал Милославский и контр–адмирал Спиридов. Комиссии предоставлено было относительно преобразований самое широкое право с единственным ограничением: не выходить из назначенного на флот годового бюджета в 1.200.000 рублей.
Через одиннадцать дней по своем назначении комиссия уже представила доклад о самом жизненном вопросе морского управления, а именно, о составе и взаимных отношениях Адмиралтейств–коллегий и подведомственных ей учреждений. Необыкновенная скорость этой важной работы, исполненной комиссией, объясняется тем, что большинство членов ее, видевших на деле выгоды порядка, введенного комиссией Остермана, приняли этот же порядок, сделав в нем только незначительные изменения. По вновь утвержденному положению, Адмиралтейств–коллегия, имевшая председателем генерал–адмирала, состояла из вице–президента и пяти членов, к которым в случае нужды, по усмотрению самой коллегии, могли присоединиться один или два флагмана. Все части морского управления ведались в пяти «экспедициях», подчиненных Адмиралтейств–коллегий и состоявших под начальством ее членов. Член, управлявший экспедицией «Комиссариатской», назывался генерал–кригс–комиссар, экспедициею «Интендантскою над верфями и строениями» – генерал–интендант, «Артиллерийскою» – генерал–цейхмейстер, «Казначейскою» – генерал–казначей и экспедицией «Счетною» – генерал–контролер.