Деятельность «Комитета по образованию флота» не коснулась судопроизводства, потому что в это время существовал особый комитет для составления «Положения» о военносудной части сухопутного и морского ведомств. В 1804 году, в видах приведения морской судебной части в должное устройство, учрежден был «Генеральный кригсрехт», старший член которого, получивший название «
По кончине директора корпуса И. Л. Голенищева-Кутузова, на его место в 1802 году назначен член Адмиралтейств-коллегий вице-адмирал Петр Кондратьевич Карцов, опытный, боевой моряк, много плававший в наших и заграничных водах и участвовавший в сражениях Гогландском, Эландском и даже Чесменском, где он был в чине мичмана. Корпусная служба также была ему знакома, потому что он некоторое время заведывал штурманской ротой в Кронштадте и более трех лет служил офицером Морского корпуса. По личным своим достоинствам он пользовался заслуженным уважением всего флота. В первые годы своего директорства, может быть под влиянием энергичного Чичагова, Карцов принялся весьма деятельно за улучшение по разным частям своего управления: при нем решительными мерами уничтожена многие годы существовавшая между воспитанниками отвратительная, малоизвестная в настоящее время болезнь чесотка, происходившая от нечистоты одежды и помещений, исправлено все здание корпуса и построены новые флигели для служащих. Отличившимся на выпускных экзаменах давались хорошие награды – прекрасные секстаны английской работы и пр. В 1803 году около 20 гардемаринов для лучшего практического изучения морского дела отправлены волонтерами на английский флот, и впоследствии из числа их вышло несколько замечательных морских офицеров.
Более важными событиями этого времени, касающимися Морского корпуса, были: введение фронтовой службы в 1811 году и новая форма, при которой прежние шляпы заменили киверами; в 1812 году, по случаю нашествия неприятеля, воспитанники были перевезены в Свеаборг, откуда возвратились в Петербург уже по зимнему пути; в 1816 году присоединили к корпусу и перевели в его здание Училище корабельной архитектуры и в том же году зимой один за другим были два пожара, причинивших значительный убыток. В 1817 году утвержден новый штат корпуса, по которому число воспитанников увеличено до 700 человек, и в находящейся при корпусе учительской гимназии положено иметь 35 гимназистов. С введением нового штата офицеры корпуса стали именоваться не корпусными чинами, как прежде, а общими флотскими, в каких они действительно состояли.