Вернувшись в 1863 году в Петербург, В. О. Ковалевский снова принялся за переводы и сам втянулся в издательскую деятельность. Увлечение естествознанием вызывало большой спрос на соответственную литературу. Целые организации занимались распространением ее для пропаганды материалистических идей. Владимир Онуфриевич издавал книги исключительно с пропагандистскими целями. За два-три года он выпустил много сочинений западноевропейских ученых: Брэма, Фохта, Келликера и других — по физиологии, анатомии, физике, химии, зоологии. Несмотря на значительный элемент фактической изворотливости в его характере, Владимир Онуфриевич оставался все время типичным шестидесятником, альтруистом и освободителем. П. Д. Боборыкин хорошо знал тогда Ковалевского и сообщает, что еще студентом-правоведом он поражал своей любознательностью, легкостью усвоения всех наук, изумительной памятью, бойкостью диалектики.
Продолжались также сношения В. О. Ковалевского с «радикальными и революционными кружками, которым он оказывал содействие, но прямого участия в их, деятельности не принимал. К этому времени относится; сближение В. О. с радикально-научными кругами в лице И. М. Сеченова, П. И. Бокова, Н. Д. Ножина. Откликаясь на все веяния эпохи, Ковалевский в середине шестидесятых годов снова поехал в Европу, чтобы участвовать в походе Гарибальди за освобождение Италии, и находился все время среди ближайших помощников самого вождя. С поля сражения он посылал корреспонденции в «Петербургские ведомости» о ходе военных операций и о продвижении освободительной армии.
В это же время начинаются злоключения В. О. Ковалевского. Сначала возникли, затруднения в издательских делах. Книг он выпустил много и все в кредит: под векселя добывал бумагу и печатал, векселями же платили ему книгопродавцы, а переводчиков и авторов Ковалевский удовлетворял своими изданиями по удешевленной цене. Когда волна увлечения естествознанием схлынула, книги стали залеживаться на складах, книгопродавцы объявляли себя банкротами, издателям стали отказывать в кредите. Владимир Онуфриевич пустил в ход всю свою предприимчивость, но при совершенном отсутствии в его характере коммерческой выдержки и настойчивости, изворотливость еще больше расстраивала его дела.
Затем произошла какая-то история между В. О. Ковалевским и его невестой, Марией Петровной Михаэлис. Она также вращалась в радикальных кружках и в день гражданской казни Н. Г. Чернышевского, 19 мая 1864 года, участвовала в демонстрации в честь осужденного писателя. За это она была арестована и выслана из Петербурга под надзор полиции на год. По возвращении Марии Петровны в столицу, была уже назначена свадьба ее с В. О. Ковалевским, но, как рассказывает сестра невесты, Л. П. Шелгунова, «часа за два до венчания, перед тем, чтобы одеваться, жених и невеста завели какой-то разговор, после чего пришли к матери и заявили, что свадьбы не будет, что они расходятся». Однако, разрыв между Ковалевским и Марьей Петровной не повлиял на его отношения ко всей семье Михаэлис. Не только Л. П. Шелгунова сохранила с ним дружбу, но и мать ее, женщина строгих принципиальны» взглядов, попрежнему уважала Ковалевского и готова была помогать ему в его личных делах. Между прочим, через несколько лет она соглашалась укрыть у себя в деревне С. В. Корвин-Круковскую, когда В. О. Ковалевский предполагал увезти ее из Палибина в случае отказа отца выдать ее замуж прежде старшей сестры.
Когда В. О. Ковалевский узнал, что необходим фиктивный жених для освобождения А. В. Кррвин-Круковской от родительского гнета, он предложил свои услуги, но кандидат в освободители показался ей непривлекательным с точки зрения внешней красоты. Наружностью жених был неказист: тщедушный, рыжеватый, с большим мясистым носом, Владимир Онуфриевич вероятно никогда не обратил бы на себя внимания сестер Корвин-Круковских. Они, не заметили бы его добрых, умных и живых глаз, большого белого лба и того поистине братского отношения к женщинам, которому он оставался верен всю свою жизнь. Но последнее качество и делало Ковалевского особенно ценным для роли фиктивного мужа.
Хуже обстояло с материальными средствами Ковалевского и с его положением в свете. Правда, Владимир Онуфриевич — настоящий дворянин и окончил училище правоведения; многие товарищи его по школе занимают видные служебные посты. Но сам он службу в сенате давно бросил и занимается не дворянским делом: переводит и печатает книжки о зарождении человека, о свободе женщины, о силе и материи, о происхождении Земли. Выгоды от них никакой, а других средств к жизни нет: имение у Ковалевского общее с братом и дает очень мало дохода. Главное все-таки есть: дворянское звание и поместье. Сестры надеялись уладить остальное: родители должны, наконец, понять что не век же сидеть Анюте в девушках!