После выздоровления Котовский был вызван в Реввоенсовет Республики. Лев Давидович Троцкий предложил ему возглавить дивизию, которая должна была остаться в Тамбовской губернии и заниматься ликвидацией последних очагов антоновщины. Котовский поблагодарил за оказанное доверие возглавить дивизию, но прямо сказал, что предпочел бы служить на Украине, где гораздо лучше знает и местность, и людей и куда переброшена уже его бригада. И Троцкий в конце концов согласился с доводами Григория Ивановича. Возможно, на это повлияло ходатайство М. В. Фрунзе, командовавшего вооруженными силами Украины и Крыма. Однако, вопреки распространенному мнению, оно если и было, то не могло иметь решающего значения. Ведь к тому моменту Григорий Иванович и Михаил Васильевич еще ни разу не встречались. По свидетельству Ольги Петровны Котовской в письме Шмерлингу от 2 мая 1936 года, впервые «с т. Фрунзе Гриша встретился на I Всеукраинском съезде командного состава в 1922 г., кажется, в феврале — был первый съезд после фронта, в Харькове».
В письме Шмерлингу от 24 ноября 1937 года вдова Котовского так описала его встречу с Троцким: «После разгрома и ликвидации Антонова, Троцкий вызвал к себе Григория Ивановича, кот. так рассказывал мне об этой встрече: „Троцкий встретил меня стоя и изучал меня пронизывающим взглядом, кот. я твердо выдержал и со своей стороны изучал его. Он первый отвел глаза от меня и сказал, что решил оставить меня в Тамбове. „Если вы организовали бригаду Котовского непобедимой, то я назначаю вас начдивом, у вас будет дивизия Котовского“, — сказал Троцкий. Я ответил, что мной руководит не личная карьера, а преданность партии в борьбе за социализм, и я всюду буду выполнять волю партии и правительства“.
По выходе от Троцкого, поехал к т. Фрунзе, кот. в это время приехал в Москву. Григорий Иванович предполагал, что его оставление в Тамбове — происки Якира и Примакова. Михаил Васильевич Фрунзе настоял на возвращении Котовского на Украину. Здесь вскоре снова Якир и Примаков столкнулись с Котовским».
Обвинения Примакова и Якира — это дань времени. Ведь не прошло еще и полугола с того времени, как они были расстреляны вместе с Тухачевским по обвинению в «военно-фашистском заговоре». Если же объективно проанализировать всё, что мы знаем о разговоре Троцкого и Котовского, то можно предположить, что наркомвоенмор получил доклад Тухачевского, где тот самым лестным образом характеризовал роль Котовского в подавлении антоновского восстания. И поэтому Лев Давыдович решил его оставить в Тамбовской губернии, повысив до начальника дивизии, чтобы Котовский добивал остатки антоновцев, а также боролся с повстанцами в соседних губерниях. В то же время председатель Реввоенсовета учитывал, что Григорий Иванович не имеет военного образования и не очень удачно сражался с регулярной польской армией. А на Украине, в случае начала большой войны, Котовскому пришлось бы в первую очередь драться с регулярными армиями Польши и Румынии. Котовский же, несомненно, хотел вернуться на юг Украины, поближе к родной Бессарабии. Поэтому неудивительно, что он без энтузиазма принял назначение в Тамбовскую губернию. Однако сомнительно, чтобы он пошел просить Фрунзе убедить Троцкого оставить его на Украине. Возможно, Ольга Петровна забыла, что полутора годами ранее писала Шмерлингу, что с Фрунзе Котовский впервые встретился только в 1922 году. А может, и помнила, но просто ей было необходимо отвести внимание от тех, кто действительно хлопотал о возвращении Котовского на Украину. А это, скорее всего, был Якир, в чьем подчинении Котовский воевал почти всю Гражданскую войну. О его взаимоотношениях с Котовским мы расскажем немного позже. Пока же отметим, что Якир в то время командовал войсками Крымского района Киевского военного округа и, очевидно, имел возможность напрямую обратиться к Фрунзе, командовавшему войсками Украины и Крыма. Якир и Фрунзе вполне могли убедить Троцкого, что повстанцев и на Украине хватает, так что Котовский без работы не останется. Примаков же в то время командовал 1-м Киевским корпусом червонного казачества в составе 8-й и 17-й кавдивизий и вряд ли мог иметь какое-то отношение к назначению Котовского на Украину.
Первого сентября 1921 года Григорий Иванович был назначен командиром 9-й Крымской кавалерийской дивизии имени Совета народных комиссаров УССР, куда вошла и его кавбригада, расквартированная в Таращанском и Богуславском уездах Киевской губернии. Ее командиром был назначен Н. Н. Криворучко.
Осенью 1921 года Котовский организовал заготовку дров и их транспортировку к железной дороге. Благодаря этому оказалось возможным направить украинский хлеб в голодающее Поволжье.