В Петрограде к этому времени скопилось немало оставшихся не у дел офицеров. Большей части из них негде и не на что было жить. По рекомендации Алексеева один из членов организации — полковник П. А. Веденяпин вошел в состав общества борьбы с туберкулезом «Капля молока». Завербованные офицеры под видом туберкулезных больных были прикреплены к бесплатному питательному пункту. Одновременно были начаты переговоры об их размещении в качестве рабочих на нескольких заводах города.
В своей квартире на Галерной улице (специально снятой для него Советом общественных деятелей) Алексеев встречался в эти дни с министрами, иностранными дипломатами, корреспондентами столичных газет. Приходилось спешить, так как обстановка в Петрограде обострялась с каждым днем. 22 октября генерал писал жене: «Никогда еще не охватывала мою душу такая давящая тоска, как в эти дни, дни какого-то бессилия, продажности, предательства. Все это особенно чувствуется здесь, в Петрограде, ставшем осиным гнездом, источником нравственного, духовного разложения государства. Как будто по чьему-то приказу исполняется чей-то предательский план, власть в полном значении слова бездействует и ничего не хочет «делать», зато говоренья бесконечно много… Предательство явное, предательство прикрытое господствует на всем»6.
В день большевистского восстания Алексеев, еще не зная о происходящем в городе, пошел на заседание Предпарламента, но не был пропущен в Мариинский дворец часовым. В штабе Петроградского округа, куда он обратился за помощью, ему посоветовали скрыться из города. К вечеру он вернулся к себе на Галерную. Но близкие знакомые генерала — супруги Щетинины, полковник Веденяпин и ротмистр А. Г. Шапрон в тот же вечер увезли его оттуда. Алексеев временно поселился в квартире Щетининых на Манежной. Здесь он поздним вечером встретился с Савинковым. Тот убеждал Алексеева обратиться к офицерам и юнкерам с призывом выступить в поддержку Временного правительства, но генерал ответил, что он детей на верную смерть не пошлет.
Тем не менее «Алексеевская организация» все же успела получить боевое крещение в борьбе с большевиками. На второй день после переворота члены организации по цепочке получили предписание собраться в здании Павловского женского института. Таковых оказалось около 150 человек, преимущественно это были юнкера, причем лишь половина из них имела оружие. Командование сводной ротой принял на себя штабс-капитан В. Д. Парфенов.
Утром 28 ноября рота направилась к казармам 14-го Донского казачьего полка, который, по слухам, выразил намерение присоединиться к выступлению. Однако оказалось, что полковое собрание постановило «держать нейтралитет». День и следующую ночь рота провела в казармах донцов, а на следующее утро Парфенов увел своих добровольцев на помощь поднявшемуся против большевиков Николаевскому инженерному училищу. До наступления темноты в окрестностях Михайловского замка происходили короткие стычки юнкеров с красногвардейцами и матросами, а ближе к ночи был получен приказ расходиться по одиночке.
Вся эта затея выглядит плохо организованной и бессмысленной. Сомнительно, что в ее подготовке участвовал Алексеев, тем более что это не согласуется с его нежеланием рисковать жизнями офицеров и юнкеров. Сами они с трудом представляли, кто отдавал им приказы7. Можно предположить, что инициатором выступления в данном случае был сам штабс-капитан Парфенов. В «Обществе русской государственной карты» он занимал пост начальника военного отдела, а значит, был в курсе списочного состава членов организации. Парфенов был бескомпромиссным монархистом и в 1918 году даже покинул на время ряды Добровольческой армии ввиду несогласия с замалчиванием ее командованием лозунга восстановления трона. Он вполне мог решиться на непродуманное выступление, исключительно под влиянием ненависти к большевикам.
Алексеев же в эти дни был практически изолирован от происходящего. Два дня он безвыходно пребывал на квартире Щетининых. Вечером 29 ноября он все-таки решился выйти на улицу в сопровождении ротмистра Шапрона. Когда они возвращались обратно, генерала узнал кто-то из соседей. После этого Алексеева из соображений безопасности перевезли на Спасскую улицу, где находилась квартира графини Сиверс (двоюродной сестры Шапрона).
Оставаться в Петрограде становилось делом слишком рискованным. Один из знакомых Щетининых сумел достать железнодорожные билеты до Ростова. Алексеев очень беспокоился за семью, оставшуюся в Смоленске, поэтому его пришлось ввести в заблуждение. Ему было сказано, что билеты взяты только до Москвы, поскольку оттуда проще и безопаснее будет добраться до Смоленска. Сопровождать Алексеева в поездке должны были ротмистр Шапрон, Н. П. Щетинина и полковник Веденяпин, ехавший по документам ее мужа. Сам генерал получил паспорт отца Щетининой, тайного советника в отставке.