Коперник уже после отъезда Ретика из Пруссии передал полностью свою рукопись, с посвящением папе, Тидеману Гизе, а тот, как заранее у него было условлено с Ретиком, тотчас же переслал ему драгоценную рукопись. Было заранее решено печатать ее в Нюренберге, где Ретику был лично знаком ученый издатель различных книг, преимущественно математического содержания, Иоганн Петрей. Последнему и поручил Ретик печатание рукописи, с таким трудом отвоеванной им у несговорчивого автора. Первые месяцы Ретик сам наблюдал за ее печатанием. Это происходило весной 1542 года. Зимой этого же года Ретик переехал из Нюренберга в Лейпциг, где тоже получил место профессора математики, а надзор за печатанием книги Коперника поручил Андрею Осиандру, известному лютеранскому богослову, который знал астрономию и занимался математикой.
Коперник находился с Осиандром в ученой переписке; когда еще Ретик был во Фрауенбурге, Осиандр прислал Копернику пространное письмо, в котором высказывал мысль, что для астрономических вычислений все дело в том, хорошо или плохо объясняются этими гипотезами видимые движения, происходящие на небесном своде. Астрономические гипотезы не связаны с верой и не являются ее выражением. Поэтому Осиандр советовал Копернику «что-нибудь прибавить» в его книге. Осиандр знал о гелиоцентрической гипотезе Коперника, и твердая уверенность великого астронома в ее правильности ему не нравилась. В гелиоцентрической системе мира он хотел видеть только математическую фикцию, с помощью которой можно удобно исследовать движения планет.
Одновременно с письмом к Копернику Осиандр написал и Ретику; обращаясь к нему как к протестанту и более молодому по годам человеку, он говорил более настойчиво:
«Аристотелики и богословы легко успокоятся, если им будет сказано, что возможны различные гипотезы для объяснения данного движения и что известные гипотезы предлагаются не потому, что они неизбежны, а потому, что с помощью их вычисления явлений и движений совершаются удобнее всего. Вполне возможно изобрести еще другие гипотезы. Если кто-либо придумает какой-либо целесообразный план для объяснения данного явления, другой может придумать еще более целесообразный; каждый волен это делать, и он еще заслужит благодарность за свое изобретение. Подобные замечания, направив противников от строгих порицаний к спокойному размышлению, сделают их более мягкими и снисходительными, а затем, после того как они напрасно будут стараться найти лучшее, они легко примут новое и привяжутся к нему».
Коперник не был убежден хитроумной дипломатией Осиандра; Ретик тоже остался верен своему учителю, но по отъезде своем из Нюренберга все-таки доверил надзор за печатанием книги Коперника тому же Осиандру. Последний исполнил возложенную на него обязанность, но, не испросив разрешения ни у Коперника, ни у Ретика, поместил в начале книги свое собственное предисловие, причем своей подписи под ним не поставил.
С этим анонимным предисловием, заслужившим печальную известность в истории астрономии, бессмертное творение Коперника, наконец, увидело свет в 1543 году.
Последние годы жизни Коперника были годами одиночества и скорби. Он попрежнему бывал на заседаниях капитула, правда, лишь тогда, когда его туда требовали. Он жил одиноко. Близких друзей во Фрауенбурге у него не осталось, сверстники его почти все умерли. Подробных сведений об его жизни после отъезда Ретика у нас вообще не имеется, и мы, в сущности, мало знаем даже об его последней болезни и смерти. Кое-что узнаем мы, впрочем, из сохранившихся писем преданнейшего друга Коперника, епископа Гизе.
Первое из интересующих нас писем Гизе относится к 8 декабря 1542 года. Это письмо к канонику Георгу Доннеру, который, как можно думать, являлся самым близким из всех друзей Коперника, в течение двух последних лет живших во Фрауенбурге. Из этого письма видно, что в начале зимы 1542 года Коперник тяжело заболел. Обеспокоенный Гизе, узнав об этом, спешит письменно попросить каноника Доннера принять участие в их общем тяжело больном друге. «Так как Коперник, — пишет Гизе, — когда был здоров, любил уединение, то теперь о нем, тяжело больном, конечно, должны позаботиться только немногие его друзья, в то время как мы все — его должники благодаря ясности его ума и учености». Все письмо Гизе проникнуто любовью к Копернику. Он просит Доннера взять на себя заботы «о человеке, которого ты всегда вместе со мной любил».
К сожалению, нам совершенно неизвестно, в какой степени оказалось возможным Доннеру облегчить последние тяжелые дни жизни престарелого астронома; мы можем только с уверенностью утверждать, что о Копернике во время его последней болезни заботился один «врачебный советник». Это был фрауенбургский викарий Фабиан Эммерлих; ему завещал Коперник свою любимую медицинскую книгу Валеска Тарентского.