Равным образом Коперник был делегирован (тоже по просьбе епископа Маврикия) капитулом на сейм в Мариенбурге, состоявшийся в октябре месяце того же года. Затем Коперник был на сейме в Эльбинге в 1530 году; там же обсуждались вопросы, связанные с урегулированием монетного обращения в новом прусском герцогстве и других местах. В 1524, 1526 и 1531 годах Коперник занимал должность «нунция капитула», т. е. был чем-то вроде ревизора, и ездил не один раз в замок Алленштейн и в Мельзак для ревизии различных хозяйственных и административных дел. Он также устанавливал (и неоднократно) таксу на хлеб, — тоже в связи с неупорядоченным и хаотическим состоянием монетного обращения. Однако, административные дела всякого рода перестали интересовать Коперника: он стал сам отходить от них, не добиваясь для себя никакого служебного повышения. Надо еще сказать, что в 20-х и 30-х годах Коперник использовал свои медицинские познания, начал врачебную практику и приобрел славу знаменитого доктора. Между прочим, он лечил своего друга Тидемана Гизе, епископа Маврикия, даже герцога Альбрехта; и все эти пациенты великого астронома давали хорошие отзывы о его врачебном искусстве и внимательном отношении к больным. Нам известно в настоящее время достаточно хорошо, какие медицинские книги имелись у Коперника. Главным его руководством и справочником была знаменитая в его время книга Валеска Тарентского: «Медицинская практика»; у Коперника имелось издание 1490 года. (Эта книга, пользовавшаяся очень большой известностью, переиздавалась несколько раз). Книга Валеска имеет на полях своих много заметок, что показывает, насколько часто прибегал Коперник к этому произведению. Далее, среди медицинских книг, принадлежавших Копернику, были: «Хирургия» магистра Петра де Ларгелата; медицинский словарь Матвея Сильватика (врача, скончавшегося в 1340 году) под заглавием «Свод рецептов», издания 1498 года; «Сад здоровья» — весьма популярная в XV и XVI столетиях книга медицинского содержания; «Роза медицины» Иоанна Английского (издания 1492 года) и др. Все эти книги были написаны «ученой латынью» средневековья, авторы всех их были приверженцами арабской школы Авиценны, которая в то время главенствовала во всех университетах Европы. Эта школа ввела множество новых лекарств, причем рецепты тогдашних врачей отличались крайней сложностью.
Коперник в этом отношении не отставал от современных ему медиков. На полях его медицинских книг записаны, между прочим, рецепты «чудесных» по своему действию пилюль алхимика и врача Арнольда из Виллановы (умер в 1310 году), которые назывались иначе «императорскими» пилюлями и должны были исцелять от всех болезней. В эти пилюли входило шестнадцать ингредиентов, а именно: гвоздика, анис, кардамон, корица, смола, манна, шафран, сок алоэ и т. д.
Дважды встречается у Коперника запись сложного рецепта из двадцати двух ингредиентов, в число которых входили: лимон, шафран, жемчуг, смарагд, рог единорога, золото, серебро, красный коралл и пр. Подобные рецепты показывают, что как врач Коперник не стоял выше тогдашних врачей, преподносивших больным ужасающе сложные снадобья.
На одном из портретов Коперник изображен с ландышем в руках. Ландыш был эмблемой врачебного сословия; таким образом, врачебное искусство Коперника настолько ценили, что художнику, вероятно, посоветовали даже изобразить почтенного каноника и ученого астронома с ландышем в руке.
В 1538 году Коперник опять ездил в качестве «нунция» капитула в замок Алленштейн, а в 1535 году был командирован капитулом туда же в качестве «визитатора», иначе говоря — ревизора, но уже не по хозяйственной, а по церковной части. Он должен был обревизовать производство различных церковных дел. Заметим, что в 1538 году Копернику было уже 65 лет, и после своей хлопотливой административной деятельности он был в праве «удалиться на покой». Но, как мы видим, его административная деятельность все еще не кончилась. Правда, с 1531 года он большей частью оставался во Фрауенбурге, занимаясь главным образом своими астрономическими изысканиями и врачебной практикой. Кроме того, он посещал иногда заседания капитула и вообще не манкировал своими обязанностями каноника.
Коперник был еще бодр, но, видимо, не желал тратить свои силы на различные уже прискучившие ему административные и церковные дела. Главное дело его жизни — обработка сочинения, посвященного вопросу о новой системе мира, — было уже почти закончено; оставалось лишь кое-что доделать.
Работы Коперника не были тайной для его друзей и коллег по капитулу; его казавшиеся странными в то время идеи, столь противоречившие многовековой астрономической мудрости птолемеева «Альмагеста», не могли не возбуждать удивления у всех, кто с ними знакомился.